84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6407 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6407  hypothetical protein  100 
 
 		 312 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.579544 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6119  hypothetical protein  99.36 
 
 		 312 aa  623  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6917  hypothetical protein  90.38 
 
 		 312 aa  584  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3274  hypothetical protein  89.74 
 
 		 312 aa  580  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0193485 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4890  hypothetical protein  89.74 
 
 		 312 aa  580  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4527  hypothetical protein  53.33 
 
 		 310 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3195  hypothetical protein  48.8 
 
 		 313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03076  putative signal peptide protein  46.89 
 
 		 311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4267  hypothetical protein  47.65 
 
 		 297 aa  258  8e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0190  hypothetical protein  41.33 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2732  hypothetical protein  36.52 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.206778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2982  hypothetical protein  31.61 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000220614  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3305  MetA-pathway phenol degradation-like protein  30.87 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853243 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1588  hypothetical protein  31.4 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232894  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08780  hypothetical protein  31.15 
 
 		 268 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.299934  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1833  putative signal peptide protein  29.63 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.714906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0341  hypothetical protein  32.52 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.225999  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0355  hypothetical protein  31.54 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3157  meta-pathway phenol degradation-like protein  30.07 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0883  hypothetical protein  30.48 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00462477  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4501  MetA-pathway phenol degradation-like protein  30.74 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2107  putative signal peptide protein  31.21 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0368  hypothetical protein  29.53 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5460  hypothetical protein  29.08 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1838  phenol metabolism protein  25.33 
 
 		 310 aa  98.2  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394031  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2955  meta-pathway phenol degradation-like protein  28.75 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.148613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32260  signal peptide protein  27.36 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4488  protein involved in meta-pathway of phenol degradation  28.67 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.796292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32640  hypothetical protein  30.54 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00101125  hitchhiker  0.00152263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2763  hypothetical protein  29.24 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3482  meta-pathway phenol degradation-like protein  25.24 
 
 		 318 aa  88.2  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1931  hypothetical protein  29.63 
 
 		 327 aa  85.5  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7181  protein involved in meta-pathway of phenol degradation-like  28.53 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0516478 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30840  hypothetical protein  27.06 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.856206  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0164  hypothetical protein  26.07 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2845  phenol degradation-like protein  26.33 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3122  hypothetical protein  30.88 
 
 		 326 aa  81.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4832  hypothetical protein  27.89 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70300  putative enzyme  27.02 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6009  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  27.67 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05192  putative signal peptide protein  29.49 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00268581  normal  0.960066 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6305  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  27.67 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.477506  normal  0.244867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2203  hypothetical protein  34.22 
 
 		 349 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3168  hypothetical protein  25.22 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5144  hypothetical protein  30.09 
 
 		 331 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1272  meta-pathway phenol degradation-like protein  26.87 
 
 		 325 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6101  putative lipoprotein  26.32 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33380  hypothetical protein  27.59 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  0.084061 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5489  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like  27.3 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6775  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  27.3 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.617497 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6363  MetA-pathway-like protein  27.22 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2838  hypothetical protein  27.59 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2127  phenol degradation-like protein  24.2 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2795  hypothetical protein  28.1 
 
 		 327 aa  69.7  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1047  MetA-pathway of phenol degradation-like protein  27.62 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6752  hypothetical protein  27.3 
 
 		 337 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00609082 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0531  hypothetical protein  25.82 
 
 		 345 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1728  hypothetical protein  25.62 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000180313 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4536  phenol degradation protein  28.57 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375555  normal  0.225823 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2098  hypothetical protein  24.91 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.591796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3839  regulation of phenolics degradation protein  26.2 
 
 		 298 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0598  hypothetical protein  33.56 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161242  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1956  hypothetical protein  32.35 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.235366  hitchhiker  0.00028826 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2975  hypothetical protein  25.62 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1376  meta-pathway phenol degradation protein  23.47 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.768311 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2388  hypothetical protein  26.97 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.806824 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2732  putative signal peptide  26.96 
 
 		 315 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6970  hypothetical protein  28.65 
 
 		 340 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000157214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1676  hypothetical protein  31.94 
 
 		 328 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275603  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1377  MetA-pathway phenol degradation-like protein  28.32 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.351343  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3413  hypothetical protein  26.69 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591496  normal  0.708141 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5224  hypothetical protein  27.91 
 
 		 322 aa  60.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.347235 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3846  hypothetical protein  26.37 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0295  hypothetical protein  26.2 
 
 		 256 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000520717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1191  hypothetical protein  27.17 
 
 		 350 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2099  Protein involved in meta-pathway of phenol degradation  24.17 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119201  normal  0.245606 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0092  hypothetical protein  25.26 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.672977  normal  0.778879 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7148  protein involved in meta-pathway of phenol degradation  26.41 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00536985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5600  hypothetical protein  29.13 
 
 		 383 aa  55.5  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00091534  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0632  meta-pathway phenol degradation-like protein  24.34 
 
 		 316 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2404  hypothetical protein  28.12 
 
 		 329 aa  51.6  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.147622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1148  meta-pathway phenol degradation-like protein  25 
 
 		 324 aa  50.1  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0608  hypothetical protein  24.85 
 
 		 330 aa  49.3  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8068  hypothetical protein  25.82 
 
 		 341 aa  43.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>