82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0632 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0632  meta-pathway phenol degradation-like protein  100 
 
 
316 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1377  MetA-pathway phenol degradation-like protein  42.01 
 
 
324 aa  262  4.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.351343  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1047  MetA-pathway of phenol degradation-like protein  32.08 
 
 
307 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.379936 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2732  hypothetical protein  30.5 
 
 
301 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.206778  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2982  hypothetical protein  32.3 
 
 
299 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000220614  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4832  hypothetical protein  26.58 
 
 
304 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3157  meta-pathway phenol degradation-like protein  29.05 
 
 
295 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5520  hypothetical protein  29.41 
 
 
284 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  0.155172 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2107  putative signal peptide protein  29.84 
 
 
309 aa  84  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3305  MetA-pathway phenol degradation-like protein  25.63 
 
 
299 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.853243 
 
 
-
 
NC_003296  RS03076  putative signal peptide protein  25.69 
 
 
311 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4527  hypothetical protein  28.97 
 
 
310 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0164  hypothetical protein  24.26 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4501  MetA-pathway phenol degradation-like protein  27.08 
 
 
295 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4179  hypothetical protein  28 
 
 
278 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5460  hypothetical protein  26.87 
 
 
296 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0883  hypothetical protein  26.75 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00462477  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1931  hypothetical protein  26.1 
 
 
327 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8068  hypothetical protein  27.56 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3195  hypothetical protein  27.23 
 
 
313 aa  72.8  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2810  hypothetical protein  28.53 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1417  hypothetical protein  26.73 
 
 
305 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.344999 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0355  hypothetical protein  24.01 
 
 
295 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0368  hypothetical protein  22.73 
 
 
295 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1256  hypothetical protein  26.4 
 
 
305 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.168978 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3482  meta-pathway phenol degradation-like protein  25.5 
 
 
318 aa  70.9  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2045  hypothetical protein  27.04 
 
 
331 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1956  hypothetical protein  34.17 
 
 
322 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.235366  hitchhiker  0.00028826 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2095  hypothetical protein  26.51 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0128666  normal  0.0122297 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4536  phenol degradation protein  38.33 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375555  normal  0.225823 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2629  hypothetical protein  24.49 
 
 
270 aa  68.9  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.712331  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5044  hypothetical protein  25.97 
 
 
297 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.205192  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3168  hypothetical protein  25.81 
 
 
315 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1206  hypothetical protein  26.47 
 
 
278 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.321887  normal  0.463504 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1462  hypothetical protein  26.2 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2498  hypothetical protein  28.52 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.250275  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2536  hypothetical protein  27.3 
 
 
295 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.70197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1833  putative signal peptide protein  26.35 
 
 
297 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.714906  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2261  hypothetical protein  27.3 
 
 
295 aa  66.2  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.106617 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2218  hypothetical protein  23.57 
 
 
294 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.062473 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70300  putative enzyme  25.63 
 
 
316 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30840  hypothetical protein  26.69 
 
 
294 aa  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.856206  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0531  hypothetical protein  26.42 
 
 
345 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4267  hypothetical protein  26.82 
 
 
297 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5224  hypothetical protein  36.44 
 
 
322 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.347235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4359  hypothetical protein  26.07 
 
 
313 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.100275  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7148  protein involved in meta-pathway of phenol degradation  24.2 
 
 
304 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00536985  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1569  hypothetical protein  25.08 
 
 
326 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0945587  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4258  hypothetical protein  25.74 
 
 
313 aa  63.2  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.930732  normal  0.515923 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1838  phenol metabolism protein  21.91 
 
 
310 aa  63.5  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394031  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3890  hypothetical protein  25.74 
 
 
330 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.295416 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5144  hypothetical protein  23.75 
 
 
331 aa  62.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2955  meta-pathway phenol degradation-like protein  24.33 
 
 
300 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.148613  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32260  signal peptide protein  29.07 
 
 
303 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0341  hypothetical protein  23.29 
 
 
295 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.225999  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3413  hypothetical protein  25.55 
 
 
328 aa  61.6  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591496  normal  0.708141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6101  putative lipoprotein  24.19 
 
 
316 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5693  hypothetical protein  24.92 
 
 
309 aa  60.1  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.721893  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2371  hypothetical protein  25.35 
 
 
296 aa  60.1  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.193146  normal  0.0336172 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1191  hypothetical protein  24.83 
 
 
350 aa  59.3  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161242  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2195  hypothetical protein  26.16 
 
 
334 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2677  hypothetical protein  27.24 
 
 
317 aa  57.4  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356132  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2388  hypothetical protein  22.87 
 
 
310 aa  57  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.806824 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6407  hypothetical protein  23.71 
 
 
312 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.579544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4890  hypothetical protein  23.16 
 
 
312 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3274  hypothetical protein  23.16 
 
 
312 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0193485 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6917  hypothetical protein  22.81 
 
 
312 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6752  hypothetical protein  25.08 
 
 
337 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00609082 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6119  hypothetical protein  23.79 
 
 
312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2404  hypothetical protein  24.12 
 
 
329 aa  53.9  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.147622  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1676  hypothetical protein  30.22 
 
 
328 aa  53.1  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275603  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6970  hypothetical protein  29.63 
 
 
340 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000157214  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5600  hypothetical protein  27.34 
 
 
383 aa  51.2  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00091534  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08780  hypothetical protein  27.52 
 
 
268 aa  50.8  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.299934  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0190  hypothetical protein  24.6 
 
 
307 aa  50.4  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2763  hypothetical protein  24.87 
 
 
301 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32640  hypothetical protein  23.62 
 
 
303 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00101125  hitchhiker  0.00152263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1728  hypothetical protein  23.43 
 
 
334 aa  46.6  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000180313 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2127  phenol degradation-like protein  26.36 
 
 
307 aa  45.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1588  hypothetical protein  24.48 
 
 
320 aa  45.8  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2845  phenol degradation-like protein  26.52 
 
 
306 aa  45.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2203  hypothetical protein  32.67 
 
 
349 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>