83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1833 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1833  putative signal peptide protein  100 
 
 		 297 aa  604  9.999999999999999e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.714906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3305  MetA-pathway phenol degradation-like protein  49.83 
 
 		 299 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3157  meta-pathway phenol degradation-like protein  46.88 
 
 		 295 aa  269  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08780  hypothetical protein  44.49 
 
 		 268 aa  266  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.299934  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32260  signal peptide protein  43.49 
 
 		 303 aa  261  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4501  MetA-pathway phenol degradation-like protein  47.48 
 
 		 295 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2107  putative signal peptide protein  37.42 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3482  meta-pathway phenol degradation-like protein  36 
 
 		 318 aa  185  8e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2732  hypothetical protein  38.19 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.206778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2955  meta-pathway phenol degradation-like protein  36 
 
 		 300 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.148613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2982  hypothetical protein  34.46 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000220614  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30840  hypothetical protein  33.56 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.856206  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0883  hypothetical protein  34.56 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00462477  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5460  hypothetical protein  31.16 
 
 		 296 aa  136  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1838  phenol metabolism protein  31.73 
 
 		 310 aa  135  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394031  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3168  hypothetical protein  28.15 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70300  putative enzyme  28.57 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6101  putative lipoprotein  29.41 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2127  phenol degradation-like protein  30.71 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1588  hypothetical protein  31.29 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2845  phenol degradation-like protein  29.29 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4832  hypothetical protein  31.06 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4890  hypothetical protein  29.15 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3274  hypothetical protein  29.15 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0193485 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6407  hypothetical protein  29.63 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.579544 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6119  hypothetical protein  29.63 
 
 		 312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4267  hypothetical protein  29.03 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6917  hypothetical protein  28.81 
 
 		 312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0355  hypothetical protein  30.74 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1931  hypothetical protein  29.41 
 
 		 327 aa  105  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0164  hypothetical protein  30.67 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0368  hypothetical protein  29.05 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03076  putative signal peptide protein  29.61 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4488  protein involved in meta-pathway of phenol degradation  29.47 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.796292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0341  hypothetical protein  30.25 
 
 		 295 aa  99.8  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.225999  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3195  hypothetical protein  26.33 
 
 		 313 aa  96.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0190  hypothetical protein  26.71 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3122  hypothetical protein  31.37 
 
 		 326 aa  94.4  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6752  hypothetical protein  27.86 
 
 		 337 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00609082 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4527  hypothetical protein  27.74 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8068  hypothetical protein  30.03 
 
 		 341 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1191  hypothetical protein  28.33 
 
 		 350 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161242  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05192  putative signal peptide protein  28.52 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00268581  normal  0.960066 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2795  hypothetical protein  30.07 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2732  putative signal peptide  28.08 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5144  hypothetical protein  27.47 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0531  hypothetical protein  28.03 
 
 		 345 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3413  hypothetical protein  29.01 
 
 		 328 aa  82  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591496  normal  0.708141 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1272  meta-pathway phenol degradation-like protein  25.47 
 
 		 325 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1728  hypothetical protein  25.94 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000180313 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6305  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  26.28 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.477506  normal  0.244867 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6009  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  25.96 
 
 		 319 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2838  hypothetical protein  25.62 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2098  hypothetical protein  24.64 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.591796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33380  hypothetical protein  24.06 
 
 		 306 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  0.084061 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7181  protein involved in meta-pathway of phenol degradation-like  25.27 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0516478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1956  hypothetical protein  28.17 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.235366  hitchhiker  0.00028826 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2975  hypothetical protein  28.12 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0632  meta-pathway phenol degradation-like protein  26.77 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0598  hypothetical protein  29.63 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0608  hypothetical protein  24.37 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32640  hypothetical protein  25.22 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00101125  hitchhiker  0.00152263 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2203  hypothetical protein  29.31 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1676  hypothetical protein  25.23 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275603  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1377  MetA-pathway phenol degradation-like protein  26.88 
 
 		 324 aa  63.9  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.351343  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1047  MetA-pathway of phenol degradation-like protein  24.05 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379936 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4536  phenol degradation protein  28.81 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375555  normal  0.225823 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2763  hypothetical protein  24.34 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6775  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  24.01 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.617497 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5489  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like  24.01 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2404  hypothetical protein  24.91 
 
 		 329 aa  62  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.147622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6970  hypothetical protein  34.85 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000157214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6363  MetA-pathway-like protein  24.1 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5224  hypothetical protein  28.49 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.347235 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7148  protein involved in meta-pathway of phenol degradation  26.13 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00536985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3839  regulation of phenolics degradation protein  26.52 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2388  hypothetical protein  30.72 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.806824 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0092  hypothetical protein  28.82 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.672977  normal  0.778879 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1768  meta-pathway phenol degradation-like protein  23.17 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0295  hypothetical protein  29.03 
 
 		 256 aa  54.7  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000520717 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3846  hypothetical protein  30.23 
 
 		 334 aa  52.8  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3016  phenol degradation enzyme  34.57 
 
 		 287 aa  49.7  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3742  putative phenol degradation enzyme  34.57 
 
 		 287 aa  49.7  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>