84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5460 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5460  hypothetical protein  100 
 
 		 296 aa  607  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1931  hypothetical protein  37.33 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3305  MetA-pathway phenol degradation-like protein  35.49 
 
 		 299 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32260  signal peptide protein  37.32 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2732  hypothetical protein  36.6 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.206778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08780  hypothetical protein  34.73 
 
 		 268 aa  169  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.299934  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4501  MetA-pathway phenol degradation-like protein  34.35 
 
 		 295 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3157  meta-pathway phenol degradation-like protein  34.43 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0164  hypothetical protein  31.73 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4832  hypothetical protein  31.99 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2982  hypothetical protein  31.65 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000220614  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0883  hypothetical protein  32.05 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00462477  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4488  protein involved in meta-pathway of phenol degradation  30.77 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.796292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2955  meta-pathway phenol degradation-like protein  32.98 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.148613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0190  hypothetical protein  32.13 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3482  meta-pathway phenol degradation-like protein  32.54 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1833  putative signal peptide protein  31.16 
 
 		 297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.714906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1838  phenol metabolism protein  32.99 
 
 		 310 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394031  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30840  hypothetical protein  32.13 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.856206  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03076  putative signal peptide protein  31.65 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4267  hypothetical protein  31.06 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4527  hypothetical protein  29.86 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6101  putative lipoprotein  28.39 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70300  putative enzyme  27.87 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3195  hypothetical protein  30.32 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2388  hypothetical protein  30.14 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.806824 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1588  hypothetical protein  29.27 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232894  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3168  hypothetical protein  26.82 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0368  hypothetical protein  30.45 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0355  hypothetical protein  31.14 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0341  hypothetical protein  29.96 
 
 		 295 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.225999  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2107  putative signal peptide protein  30.45 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6407  hypothetical protein  29.08 
 
 		 312 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.579544 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6119  hypothetical protein  28.76 
 
 		 312 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6917  hypothetical protein  28.57 
 
 		 312 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3274  hypothetical protein  28.25 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0193485 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4890  hypothetical protein  28.25 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4536  phenol degradation protein  32.37 
 
 		 318 aa  96.7  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375555  normal  0.225823 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2127  phenol degradation-like protein  27.16 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5144  hypothetical protein  27.56 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1676  hypothetical protein  31.62 
 
 		 328 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275603  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2975  hypothetical protein  35.8 
 
 		 331 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1191  hypothetical protein  29.64 
 
 		 350 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3413  hypothetical protein  30.95 
 
 		 328 aa  93.2  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591496  normal  0.708141 
 
 
-
 
NC_003296  RS05192  putative signal peptide protein  26.73 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00268581  normal  0.960066 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1728  hypothetical protein  26.52 
 
 		 334 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000180313 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1272  meta-pathway phenol degradation-like protein  26.1 
 
 		 325 aa  90.1  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5224  hypothetical protein  30.86 
 
 		 322 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.347235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6752  hypothetical protein  29.14 
 
 		 337 aa  87  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00609082 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0531  hypothetical protein  26.35 
 
 		 345 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3122  hypothetical protein  27.63 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2098  hypothetical protein  26.59 
 
 		 269 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.591796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2845  phenol degradation-like protein  26.22 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2795  hypothetical protein  27.88 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6970  hypothetical protein  31.25 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000157214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2203  hypothetical protein  33.15 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32640  hypothetical protein  25.18 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00101125  hitchhiker  0.00152263 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8068  hypothetical protein  27.8 
 
 		 341 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2732  putative signal peptide  28.47 
 
 		 315 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2838  hypothetical protein  26.15 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33380  hypothetical protein  25.8 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  0.084061 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0092  hypothetical protein  28.36 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.672977  normal  0.778879 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2763  hypothetical protein  24.1 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0598  hypothetical protein  29.22 
 
 		 364 aa  71.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5600  hypothetical protein  25.15 
 
 		 383 aa  69.3  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00091534  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1956  hypothetical protein  33.08 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.235366  hitchhiker  0.00028826 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0632  meta-pathway phenol degradation-like protein  24.54 
 
 		 316 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3846  hypothetical protein  25.91 
 
 		 334 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0295  hypothetical protein  24.55 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000520717 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0608  hypothetical protein  25.27 
 
 		 330 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2404  hypothetical protein  24.3 
 
 		 329 aa  65.1  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.147622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6009  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  23.81 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6305  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  23.81 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.477506  normal  0.244867 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7181  protein involved in meta-pathway of phenol degradation-like  23.81 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0516478 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5489  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like  23.17 
 
 		 318 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6775  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  23.17 
 
 		 318 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.617497 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6363  MetA-pathway-like protein  23.17 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3839  regulation of phenolics degradation protein  23.43 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2099  Protein involved in meta-pathway of phenol degradation  25.7 
 
 		 319 aa  53.1  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119201  normal  0.245606 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1377  MetA-pathway phenol degradation-like protein  26.91 
 
 		 324 aa  53.1  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.351343  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7148  protein involved in meta-pathway of phenol degradation  21.93 
 
 		 304 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00536985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1047  MetA-pathway of phenol degradation-like protein  23.47 
 
 		 307 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379936 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1768  meta-pathway phenol degradation-like protein  22.94 
 
 		 316 aa  46.2  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1148  meta-pathway phenol degradation-like protein  25.43 
 
 		 324 aa  46.2  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>