56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5224 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5224  hypothetical protein  100 
 
 		 322 aa  651    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.347235 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4536  phenol degradation protein  82.3 
 
 		 318 aa  552  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375555  normal  0.225823 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1676  hypothetical protein  65.84 
 
 		 328 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275603  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6970  hypothetical protein  65.22 
 
 		 340 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000157214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0092  hypothetical protein  37.66 
 
 		 334 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.672977  normal  0.778879 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3846  hypothetical protein  38.73 
 
 		 334 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3305  MetA-pathway phenol degradation-like protein  34.97 
 
 		 299 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853243 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2732  hypothetical protein  35.47 
 
 		 301 aa  92.4  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.206778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5460  hypothetical protein  30.86 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5144  hypothetical protein  27.36 
 
 		 331 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2982  hypothetical protein  30.9 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000220614  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0531  hypothetical protein  28.3 
 
 		 345 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3157  meta-pathway phenol degradation-like protein  32.2 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08780  hypothetical protein  29.53 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.299934  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3122  hypothetical protein  26.9 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1956  hypothetical protein  28.99 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.235366  hitchhiker  0.00028826 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4501  MetA-pathway phenol degradation-like protein  31.07 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6752  hypothetical protein  35.33 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00609082 
 
 
-
 
NC_003296  RS03076  putative signal peptide protein  26.94 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8068  hypothetical protein  25.33 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4267  hypothetical protein  30.11 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32260  signal peptide protein  25.67 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2404  hypothetical protein  28.32 
 
 		 329 aa  66.6  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.147622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2107  putative signal peptide protein  33.33 
 
 		 309 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3195  hypothetical protein  30.07 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0632  meta-pathway phenol degradation-like protein  36.44 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6917  hypothetical protein  29.07 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3274  hypothetical protein  29.07 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0193485 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4890  hypothetical protein  29.07 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3482  meta-pathway phenol degradation-like protein  26.32 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4527  hypothetical protein  31.21 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70300  putative enzyme  29.57 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3413  hypothetical protein  27.82 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591496  normal  0.708141 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6407  hypothetical protein  27.91 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.579544 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1833  putative signal peptide protein  28.49 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.714906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1191  hypothetical protein  29.35 
 
 		 350 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6101  putative lipoprotein  29.03 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6119  hypothetical protein  27.33 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0190  hypothetical protein  23.47 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0883  hypothetical protein  25.41 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00462477  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2795  hypothetical protein  26.71 
 
 		 327 aa  55.5  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0368  hypothetical protein  24.84 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30840  hypothetical protein  26.28 
 
 		 294 aa  51.6  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.856206  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3168  hypothetical protein  26.92 
 
 		 315 aa  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0598  hypothetical protein  32.77 
 
 		 364 aa  50.8  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161242  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1377  MetA-pathway phenol degradation-like protein  22.42 
 
 		 324 aa  49.7  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.351343  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2955  meta-pathway phenol degradation-like protein  30.37 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.148613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0355  hypothetical protein  24.2 
 
 		 295 aa  49.3  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1838  phenol metabolism protein  25.37 
 
 		 310 aa  48.5  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.394031  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2975  hypothetical protein  30.7 
 
 		 331 aa  48.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7148  protein involved in meta-pathway of phenol degradation  23.99 
 
 		 304 aa  47.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00536985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2388  hypothetical protein  26.43 
 
 		 310 aa  46.6  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.806824 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5600  hypothetical protein  25.38 
 
 		 383 aa  46.6  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00091534  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2838  hypothetical protein  25.63 
 
 		 306 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33380  hypothetical protein  26.13 
 
 		 306 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  0.084061 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4488  protein involved in meta-pathway of phenol degradation  25.09 
 
 		 302 aa  45.8  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.796292  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>