97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4358 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4358  hypothetical protein  100 
 
 		 279 aa  549  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.798369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3357  response regulator receiver protein  29.24 
 
 		 283 aa  109  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4150  response regulator receiver protein  31.32 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0666389 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3004  response regulator receiver protein  27.01 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3932  response regulator receiver protein  26.91 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3981  response regulator receiver protein  26.91 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0000307852  hitchhiker  0.00111731 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1518  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 		 769 aa  62.4  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 553 aa  62.4  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2816  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.71 
 
 		 682 aa  59.3  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0864703 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0264  Signal transduction histidine kinase-like  32.82 
 
 		 666 aa  58.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0170548 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0862  response regulator receiver protein  35.79 
 
 		 293 aa  57.4  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.747276  normal  0.358 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2541  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 		 874 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3293  NarL family two-component response regulator  30.69 
 
 		 275 aa  53.9  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.85 
 
 		 735 aa  52.8  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  25.17 
 
 		 746 aa  51.2  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0788  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 		 634 aa  50.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.18 
 
 		 653 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.697975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0056  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.88 
 
 		 418 aa  50.1  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.287626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1263  response regulator receiver modulated serine phosphatase  36.56 
 
 		 425 aa  50.1  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.799731  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3910  two component transcriptional regulator  32.99 
 
 		 219 aa  49.3  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.598174  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1576  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.35 
 
 		 406 aa  48.9  0.00009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0296276 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2718  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 407 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453118  normal  0.333299 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3484  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.23 
 
 		 395 aa  48.5  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1522  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.42 
 
 		 389 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1495  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.42 
 
 		 389 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2688  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.82 
 
 		 407 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2732  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 407 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.276002  normal  0.519614 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  27.14 
 
 		 824 aa  48.1  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.37 
 
 		 479 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0620  putative PAS/PAC sensor protein  30.61 
 
 		 390 aa  47.8  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 		 490 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1275  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 472 aa  47.8  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0891685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  26.42 
 
 		 235 aa  48.1  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4253  two component transcriptional regulator  34.29 
 
 		 228 aa  47.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3854  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  26.4 
 
 		 386 aa  48.1  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 		 659 aa  47.4  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.52 
 
 		 647 aa  47.4  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25 
 
 		 357 aa  47  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3015  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 		 500 aa  46.6  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3268  response regulator receiver protein  26.4 
 
 		 391 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4152  histidine kinase  33.11 
 
 		 662 aa  46.6  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3033  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.1 
 
 		 218 aa  46.6  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.190199 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4645  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.69 
 
 		 644 aa  46.6  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.224961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2735  two component transcriptional regulator  33.01 
 
 		 219 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0934  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.36 
 
 		 461 aa  46.2  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0738273 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0037  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24 
 
 		 387 aa  46.2  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2987  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 391 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.143541  normal  0.900637 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1884  response regulator receiver protein  26.89 
 
 		 244 aa  45.8  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.365735  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1364  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.21 
 
 		 224 aa  45.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0732  cell cycle transcriptional regulator  29.23 
 
 		 256 aa  45.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2540  two component transcriptional regulator  31.43 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  33.01 
 
 		 221 aa  45.4  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2826  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 461 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.244879  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2902  two component transcriptional regulator  26.95 
 
 		 246 aa  45.4  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0101674 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  33.01 
 
 		 221 aa  45.4  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.62 
 
 		 670 aa  45.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5226  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.38 
 
 		 388 aa  44.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.61 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1208  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 		 619 aa  44.3  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0242207  normal  0.0474084 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0303  two component transcriptional regulator  26.19 
 
 		 233 aa  44.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01273  putative two-component sensor histidine kinase and response regulator hybrid  25.97 
 
 		 702 aa  44.3  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4412  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.61 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22970  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  28.12 
 
 		 423 aa  44.7  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.376006 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5361  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.33 
 
 		 392 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.155785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0845  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  28.15 
 
 		 508 aa  44.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.903712  hitchhiker  0.00198769 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 		 759 aa  44.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0224  two component transcriptional regulator  31.07 
 
 		 221 aa  44.3  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0104787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  24.21 
 
 		 300 aa  44.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5165  two component LuxR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 231 aa  43.9  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.162111 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1421  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 		 404 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3038  signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 		 878 aa  43.9  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1421  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.39 
 
 		 230 aa  43.9  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283266  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0694  two component LuxR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 252 aa  43.9  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.770061  normal  0.351457 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2405  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 		 376 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.90978  normal  0.0505439 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2259  response regulator receiver and unknown domain protein  30.16 
 
 		 223 aa  43.1  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00555688  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2344  response regulator receiver:protein phosphatase 2C-like  27.21 
 
 		 409 aa  43.5  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0332  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.14 
 
 		 469 aa  43.5  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.465248 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5392  winged helix family two component transcriptional regulator  30.21 
 
 		 219 aa  43.5  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.890679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3399  two component transcriptional regulator  33.01 
 
 		 223 aa  43.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1193  response regulator receiver protein  23.53 
 
 		 119 aa  43.1  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.21 
 
 		 650 aa  43.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1653  guanylate cyclase  30 
 
 		 433 aa  43.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.181095  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 447 aa  42.7  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 477 aa  42.7  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 465 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.18 
 
 		 438 aa  42.7  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  32.11 
 
 		 219 aa  42.7  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0054  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 401 aa  42.7  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3762  putative adenylate/guanylate cyclase  30.77 
 
 		 520 aa  42.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.978534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1343  signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 		 350 aa  42.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.54395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5197  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.88 
 
 		 223 aa  42.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47869  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2344  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.91 
 
 		 227 aa  42.4  0.009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0176  two-component response regulator AlgB  27.78 
 
 		 450 aa  42.4  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1911  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.85 
 
 		 787 aa  42.4  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0413731  normal  0.503462 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  30.1 
 
 		 219 aa  42.4  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6523  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.99 
 
 		 422 aa  42  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.98735  normal  0.0636909 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 248 aa  42.4  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>