274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2236 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2236  amide hydrolase  100 
 
 		 340 aa  698    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4003  hypothetical protein  54.35 
 
 		 335 aa  360  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3104  putative Beta-lactamase  47.96 
 
 		 463 aa  294  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3093  beta-lactamase  43.21 
 
 		 333 aa  250  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2025  beta-lactamase  29.78 
 
 		 401 aa  112  8.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3124  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.37 
 
 		 415 aa  102  8e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2861  beta-lactamase  27.27 
 
 		 530 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2731  beta-lactamase  26.91 
 
 		 640 aa  102  9e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0029  beta-lactamase  28.89 
 
 		 505 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.667975  normal  0.0405415 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5884  beta-lactamase  30.66 
 
 		 412 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0047  Beta-lactamase  30.77 
 
 		 397 aa  96.7  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.705226  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1544  beta-lactamase  28.7 
 
 		 389 aa  96.7  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.518663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6417  beta-lactamase  27.84 
 
 		 396 aa  96.3  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.131467  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1691  beta-lactamase  27.5 
 
 		 380 aa  92.4  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00227097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1495  putative hydrolase transmembrane protein  30.5 
 
 		 456 aa  91.3  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.713415  normal  0.585878 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2368  beta-lactamase  26.52 
 
 		 530 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21424  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1472  beta-lactamase  26.65 
 
 		 395 aa  91.7  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.210469  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1900  beta-lactamase  27.56 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5602  beta-lactamase  29.67 
 
 		 475 aa  89.4  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.887864 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2784  hypothetical protein  26.42 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0259253  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1926  beta-lactamase  25.64 
 
 		 387 aa  88.6  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.449475  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2564  hypothetical protein  25.61 
 
 		 309 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00591943  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2750  hypothetical protein  25.61 
 
 		 309 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2520  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.08 
 
 		 305 aa  86.3  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.155828  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5729  beta-lactamase  27.76 
 
 		 389 aa  85.9  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0255  beta-lactamase  29.82 
 
 		 503 aa  85.9  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4964  beta-lactamase  30.25 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.663595  normal  0.0104106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56530  hypothetical protein  28.71 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0905  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.03 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2758  hypothetical protein  24.92 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000446923 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0953  beta-lactamase  28.76 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.062274  normal  0.647225 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0282  beta-lactamase  25.25 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1202  beta-lactamase class C and other pencillin-binding proteins  26.12 
 
 		 340 aa  83.2  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1198  beta-lactamase  28.16 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.98564  normal  0.588017 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2485  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.91 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0277031  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3052  beta-lactamase  26.8 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2842  hypothetical protein  25.77 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.653108  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3056  hypothetical protein  25.77 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0766054  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0916  hypothetical protein  28.09 
 
 		 405 aa  82  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2763  beta-lactamase  24.83 
 
 		 305 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.403076  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2815  beta-lactamase class C and other pencillin-binding proteins  26.12 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.22186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1289  Beta-lactamase  28.57 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2556  beta-lactamase  24.83 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0443651  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2259  beta-lactamase  23.99 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777809  normal  0.254507 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2775  beta-lactamase class C and other pencillin-binding proteins  26.12 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.522634  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2529  beta-lactamase  24.83 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00060591 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4078  beta-lactamase  28.4 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119534  normal  0.98336 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3965  beta-lactamase  28.4 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4917  hypothetical protein  27.78 
 
 		 371 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.870689  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0474  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.23 
 
 		 449 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2998  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27 
 
 		 419 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520876  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2805  beta-lactamase  25.17 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.588828  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3306  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.44 
 
 		 419 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0177135  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3068  hypothetical protein  26.46 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1083  beta-lactamase  26.12 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5746  beta-lactamase  28.74 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0186796  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1926  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.62 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2835  beta-lactamase  25.97 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00277998  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4462  beta-lactamase  27.69 
 
 		 362 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.210437  hitchhiker  0.0088578 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6213  beta-lactamase  26.52 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3085  hypothetical protein  26.69 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.115457  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3087  hypothetical protein  25.98 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00657543  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0215  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.33 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1284  beta-lactamase  26.32 
 
 		 462 aa  76.6  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.149602  normal  0.973635 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3101  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.42 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0260575  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3346  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.42 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1179  beta-lactamase  25.76 
 
 		 449 aa  76.3  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2638  beta-lactamase  21.45 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3087  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.25 
 
 		 419 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.641141  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3323  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.76 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0992  beta-lactamase  26.76 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000425136 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0889  beta-lactamase  26.88 
 
 		 378 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3014  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  33.33 
 
 		 419 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00694763  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0822  beta-lactamase  26.6 
 
 		 483 aa  74.7  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.242788 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2235  hypothetical protein  28.42 
 
 		 346 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2416  beta-lactamase  28.11 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4710  beta-lactamase  30 
 
 		 396 aa  74.7  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4279  beta-lactamase  26.94 
 
 		 400 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1124  beta-lactamase  25.82 
 
 		 346 aa  73.6  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0928  beta-lactamase  26.8 
 
 		 359 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0832  beta-lactamase  26.01 
 
 		 378 aa  73.6  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.451427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1381  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29 
 
 		 405 aa  73.2  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3310  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.08 
 
 		 419 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6382  beta-lactamase  28.41 
 
 		 472 aa  72.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1524  beta-lactamase  28.25 
 
 		 404 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00136534  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0910  beta-lactamase  28.06 
 
 		 353 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0919  beta-lactamase  26.47 
 
 		 405 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.357433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5027  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  25.93 
 
 		 476 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.140335  decreased coverage  0.0061347 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1949  beta-lactamase  25.19 
 
 		 486 aa  71.6  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0635  beta-lactamase  26.88 
 
 		 327 aa  72  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6049  putative Beta-lactamase  24.18 
 
 		 524 aa  70.5  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3665  beta-lactamase  26.1 
 
 		 374 aa  70.1  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0974173 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1129  beta-lactamase  28.76 
 
 		 372 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1082  beta-lactamase  27.24 
 
 		 384 aa  69.7  0.00000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00482001  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4352  hydrolase, putative  24.93 
 
 		 368 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3687  beta-lactamase  26.86 
 
 		 342 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.057596  normal  0.380458 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1250  Beta-lactamase  26.46 
 
 		 338 aa  69.3  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3232  beta-lactamase  26.48 
 
 		 382 aa  69.3  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0995  putative hydrolase transmembrane protein  29.97 
 
 		 491 aa  69.3  0.00000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.730938  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2343  beta-lactamase  26.64 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>