More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6166 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6166  response regulator receiver protein  100 
 
 		 125 aa  249  7e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5741  response regulator receiver protein  65.55 
 
 		 127 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621186  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6494  response regulator receiver protein  64.71 
 
 		 127 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.640412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7251  response regulator receiver protein  45.22 
 
 		 133 aa  107  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2885  response regulator receiver domain-containing protein  47.83 
 
 		 123 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.514979 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5691  response regulator receiver protein  46.3 
 
 		 127 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.263538 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7266  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 122 aa  104  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4620  response regulator receiver protein  46.73 
 
 		 128 aa  103  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2406  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 124 aa  98.6  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.88187 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3179  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 132 aa  97.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00699153  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5088  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 124 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2399  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 128 aa  96.7  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0182  response regulator receiver domain-containing protein  42.02 
 
 		 129 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1267  response regulator receiver protein  44.64 
 
 		 123 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5182  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 152 aa  87.8  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 210 aa  86.3  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1086  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 123 aa  85.9  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  36.07 
 
 		 210 aa  85.1  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5523  response regulator receiver protein  43.1 
 
 		 122 aa  82  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0212  response regulator receiver domain-containing protein  35.83 
 
 		 137 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2681  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 121 aa  81.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2318  response regulator receiver protein  46.4 
 
 		 125 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2455  response regulator receiver domain-containing protein  37.61 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2452  response regulator receiver domain-containing protein  35.9 
 
 		 140 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5521  response regulator receiver protein  39.25 
 
 		 120 aa  80.1  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2250  response regulator receiver domain-containing protein  39.13 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3728  response regulator receiver protein  38.83 
 
 		 117 aa  77.8  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2381  response regulator receiver protein  37.84 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  37.1 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5742  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5188  response regulator receiver protein  35.56 
 
 		 101 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701464 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 203 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 208 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 214 aa  74.7  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3866  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.34 
 
 		 224 aa  73.6  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6901  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 123 aa  73.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279255  normal  0.546779 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  36.45 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  36.45 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5502  response regulator receiver protein  43.4 
 
 		 136 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.020979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 209 aa  70.9  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2139  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.91 
 
 		 213 aa  70.9  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  33.07 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2460  response regulator receiver protein  40.4 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.732516  normal  0.518565 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1546  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0280611  normal  0.028816 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  33.87 
 
 		 226 aa  68.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  30.58 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1466  response regulator receiver protein  34.51 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6855  response regulator receiver protein  39.25 
 
 		 124 aa  67.8  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508442  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.71 
 
 		 213 aa  67.8  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2568  response regulator protein  39.81 
 
 		 214 aa  67.8  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0467638  hitchhiker  0.0000000292578 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  31.4 
 
 		 231 aa  67.8  0.00000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 208 aa  67.8  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1685  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.89 
 
 		 215 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166103  normal  0.907447 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.62 
 
 		 228 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 201 aa  67  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 214 aa  67  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  33.05 
 
 		 246 aa  67  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3049  response regulator receiver  35 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.651154  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2040  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0468442  hitchhiker  0.00313136 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  35.29 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1123  Fis family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  32.77 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5632  response regulator receiver protein  30.7 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.653856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  31.9 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5317  two-component response regulator  38.61 
 
 		 110 aa  65.5  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000227819  normal  0.530809 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2357  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.274737  normal  0.453516 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2407  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.48 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4126  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.77 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 202 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2461  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.77 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3839  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.97 
 
 		 210 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.287356  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 241 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 214 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  39.66 
 
 		 205 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>