More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5317 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5317  two-component response regulator  100 
 
 		 110 aa  216  7.999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000227819  normal  0.530809 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5691  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 127 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.263538 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  38.78 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5741  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621186  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1879  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000557668  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0844  response regulator receiver protein  38.78 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6494  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.640412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2250  response regulator receiver domain-containing protein  37.62 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3839  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.61 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.287356  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2317  two component LuxR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 209 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1118  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 		 452 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000972917  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5240  response regulator  37.14 
 
 		 122 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0212  response regulator receiver domain-containing protein  37.89 
 
 		 137 aa  71.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5742  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2681  response regulator receiver protein  39.58 
 
 		 121 aa  70.5  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2399  response regulator receiver protein  39.42 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5182  response regulator receiver protein  38.24 
 
 		 152 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5150  response regulator receiver protein  37.14 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.56838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0182  response regulator receiver domain-containing protein  38.1 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1458  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 445 aa  68.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.47036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  43.43 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7251  response regulator receiver protein  33.01 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1574  DNA-binding response regulator OmpR  50 
 
 		 232 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.172544  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0993  DNA-binding response regulator OmpR  50 
 
 		 232 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0750  DNA-binding response regulator OmpR  50 
 
 		 232 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3023  DNA-binding response regulator OmpR  50 
 
 		 232 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0975164  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  36.54 
 
 		 205 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0528  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.24 
 
 		 230 aa  67.4  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4620  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 128 aa  67  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  67  0.00000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2381  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 124 aa  67  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.247452 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  38.32 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1252  DNA-binding response regulator OmpR  50 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3569  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.9 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0893  DNA-binding response regulator OmpR  50 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1099  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662709  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2160  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71041  hitchhiker  0.000000282055 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1094  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  44.71 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  35.64 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2446  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3416  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 		 878 aa  65.9  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2311  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.24 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0889  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147318 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6166  response regulator receiver protein  38.61 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2405  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.343281  normal  0.0119317 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5728  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  37.62 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1125  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3387  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  35.87 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1789  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2401  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0573  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.437899  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1832  two component LuxR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5468  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.25 
 
 		 223 aa  64.7  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 330 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1018  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 441 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00729938  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 202 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0515  two component transcriptional regulator  36.7 
 
 		 244 aa  64.7  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000767404  normal  0.580599 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1494  response regulator receiver protein  40.38 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.86 
 
 		 226 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  34.65 
 
 		 223 aa  64.3  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 		 235 aa  64.3  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2579  response regulator FixJ  40 
 
 		 205 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0232  response regulator receiver protein  37.86 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.156918  normal  0.401209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  33.33 
 
 		 205 aa  64.3  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 		 440 aa  64.3  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0035  two component transcriptional regulator  45.88 
 
 		 236 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475833  normal  0.306601 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 		 995 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0608  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.37 
 
 		 461 aa  64.3  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  35.64 
 
 		 209 aa  63.9  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3179  response regulator receiver protein  34.88 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00699153  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  33.66 
 
 		 206 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0447  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.37 
 
 		 461 aa  64.3  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5088  response regulator receiver protein  34.88 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 449 aa  63.9  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  42.31 
 
 		 243 aa  63.9  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1071  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.57 
 
 		 238 aa  63.9  0.0000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1334  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 243 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 330 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.48 
 
 		 234 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1806  two-component response regulator  34.04 
 
 		 220 aa  63.5  0.0000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43670  putative sensor/response regulator hybrid  36.27 
 
 		 651 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.46 
 
 		 275 aa  63.5  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7267  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.35 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  36.78 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0458  DNA-binding response regulator  32.67 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396749 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2787  response regulator receiver protein  34.69 
 
 		 134 aa  63.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.058704  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.35 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0507  two component transcriptional regulator  31.33 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  37.08 
 
 		 227 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>