More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5461 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 325 aa  651    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  56.35 
 
 		 312 aa  358  5e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.65 
 
 		 315 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 309 aa  315  5e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 309 aa  315  5e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 309 aa  315  7e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 309 aa  315  7e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 309 aa  315  7e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  50.33 
 
 		 310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 309 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 309 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 309 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 507 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  50.33 
 
 		 508 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 307 aa  288  9e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 394 aa  286  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 316 aa  282  4.0000000000000003e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  45.72 
 
 		 316 aa  280  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 315 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  45.07 
 
 		 315 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 326 aa  259  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 325 aa  252  5.000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  43.44 
 
 		 326 aa  252  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 326 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 342 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 327 aa  242  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 315 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 310 aa  229  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  45 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  45 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 315 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 390 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 315 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 388 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 315 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 314 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 314 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 391 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 315 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 394 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  38.64 
 
 		 333 aa  206  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4028  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 394 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4338  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 394 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4558  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 386 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.82117 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 329 aa  160  3e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 310 aa  156  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 317 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 329 aa  152  8e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  33.57 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.94 
 
 		 314 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.67 
 
 		 309 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.41 
 
 		 321 aa  145  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 326 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  34.45 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 336 aa  142  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 327 aa  142  9e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>