More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5243 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5243  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
283 aa  569  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.517304  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  53.28 
 
 
277 aa  310  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 
277 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1255  hypothetical protein  36.73 
 
 
273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0214745 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5590  extracellular solute-binding protein family 3  32.03 
 
 
277 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.332068  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3631  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 
282 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.867063  normal  0.017598 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0792  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 
294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3969  extracellular solute-binding protein family 3  31.4 
 
 
280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  29.92 
 
 
272 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
271 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  27.55 
 
 
273 aa  100  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  28.68 
 
 
266 aa  97.1  3e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6259  extracellular solute-binding protein family 3  32.34 
 
 
270 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000314466  normal  0.29457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  31.19 
 
 
277 aa  93.2  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 
277 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4837  extracellular solute-binding protein family 3  34.57 
 
 
276 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.630065  normal  0.0224847 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4588  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 
275 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0319028  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  26.36 
 
 
273 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.92 
 
 
272 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  27.91 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  27.13 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 
267 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.56 
 
 
272 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  27.17 
 
 
265 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0691  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 
277 aa  79  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344886  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.4 
 
 
267 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
263 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  28.91 
 
 
265 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2237  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
256 aa  76.6  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0917749  hitchhiker  0.00000401987 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.08 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  32.99 
 
 
265 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  29.96 
 
 
267 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 
268 aa  76.3  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
267 aa  75.5  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  27.14 
 
 
284 aa  75.5  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  29.76 
 
 
275 aa  75.5  0.0000000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  27.65 
 
 
274 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 
265 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.38 
 
 
279 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  27.41 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  29.46 
 
 
268 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  31.98 
 
 
295 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  31.98 
 
 
295 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
282 aa  73.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 
258 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.3 
 
 
274 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 
266 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.2 
 
 
281 aa  71.6  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.14 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.89 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  31.89 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  27.41 
 
 
268 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  27.41 
 
 
268 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.89 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.46 
 
 
485 aa  70.5  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
260 aa  70.1  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.46 
 
 
485 aa  70.5  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  31.38 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  31.38 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 
271 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  31.38 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6380  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
274 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6211  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
274 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  24.73 
 
 
290 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6613  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
274 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0305717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0736  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
279 aa  69.7  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580874  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.11 
 
 
284 aa  69.7  0.00000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  30.53 
 
 
278 aa  69.3  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  32 
 
 
271 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  22.34 
 
 
278 aa  69.3  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1628  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 
279 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625521  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 
264 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  25.67 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2589  extracellular solute-binding protein family 3  25.5 
 
 
268 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.11 
 
 
264 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  30.51 
 
 
278 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.93 
 
 
276 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0834  CjaC  29.28 
 
 
251 aa  67.8  0.0000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  25.93 
 
 
276 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  31.52 
 
 
266 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
264 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0757  cjaC protein  29.28 
 
 
251 aa  67.8  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.943565  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  29.01 
 
 
258 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
266 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
271 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.51 
 
 
276 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
271 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
271 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  29.53 
 
 
274 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
265 aa  67  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4313  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.438014  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.05 
 
 
264 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  28.8 
 
 
276 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>