More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3419 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3419  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
223 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3335  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  81.61 
 
 
223 aa  355  1.9999999999999998e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1492  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  85.65 
 
 
223 aa  308  5e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3748  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.63 
 
 
222 aa  276  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5079  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.63 
 
 
222 aa  266  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0506194  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3671  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.85 
 
 
223 aa  261  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1744  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.5 
 
 
223 aa  261  8e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.94 
 
 
227 aa  224  6e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2598  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.93 
 
 
223 aa  217  8.999999999999998e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670046  normal  0.181167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0174  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.99 
 
 
227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3668  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.91 
 
 
218 aa  211  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.79 
 
 
227 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3461  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.65 
 
 
222 aa  207  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6714  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  47.98 
 
 
254 aa  205  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1917  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.93 
 
 
221 aa  205  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182238  normal  0.18588 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1512  ABC transporter membrane spanning protein  50.23 
 
 
223 aa  202  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.438204  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3473  amino acid ABC transporter permease  46.08 
 
 
220 aa  203  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5266  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.42 
 
 
223 aa  202  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5949  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.4 
 
 
222 aa  202  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.426102  normal  0.0201858 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.25 
 
 
225 aa  202  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.85 
 
 
227 aa  202  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0256845 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.35 
 
 
224 aa  201  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.288979 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0878  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.42 
 
 
221 aa  201  5e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105888  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7089  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.4 
 
 
222 aa  201  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.107258  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.98 
 
 
234 aa  200  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.917675  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5542  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.88 
 
 
223 aa  197  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.645563 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4512  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.26 
 
 
226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.194375  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4963  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.73 
 
 
248 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0584906  normal  0.053215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0162  amino acid ABC transporter permease  49.06 
 
 
220 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269477  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0908  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.74 
 
 
222 aa  196  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.258464  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3312  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.37 
 
 
221 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5459  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  44.55 
 
 
222 aa  195  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3468  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.71 
 
 
222 aa  195  6e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1601  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.03 
 
 
227 aa  193  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1687  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  47.78 
 
 
248 aa  192  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763978  normal  0.68129 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5246  amino acid ABC transporter, permease protein  47.25 
 
 
221 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4064  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
218 aa  191  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160055  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1032  amino acid ABC transporter permease  46.73 
 
 
227 aa  189  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000000922275  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4924  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.12 
 
 
251 aa  189  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.69133  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0297  amino acid ABC transporter permease  46.33 
 
 
221 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5460  amino acid ABC transporter permease  44.84 
 
 
226 aa  185  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.5 
 
 
222 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0933  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.77 
 
 
221 aa  182  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118003  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3248  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.26 
 
 
248 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350579  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0305  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.74 
 
 
221 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2431  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  48.13 
 
 
222 aa  177  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.460682  normal  0.0698059 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1502  amino acid ABC transporter permease  47.03 
 
 
220 aa  176  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.895393  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4670  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.57 
 
 
226 aa  175  5e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.991129  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1497  amino acid ABC transporter permease  45.69 
 
 
228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.732768  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3976  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.89 
 
 
234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.66874  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6332  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.69 
 
 
228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6997  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.69 
 
 
228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0515813 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3328  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.74 
 
 
222 aa  171  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3189  amino acid ABC transporter, permease protein  49.74 
 
 
222 aa  171  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3448  amino acid ABC transporter permease  49.74 
 
 
222 aa  171  7.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0448  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.27 
 
 
220 aa  168  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0229  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
242 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.88 
 
 
228 aa  164  8e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2104  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  45.96 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6379  amino acid ABC transporter permease  40.91 
 
 
222 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6612  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.91 
 
 
222 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0311568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.91 
 
 
222 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0013  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.39 
 
 
244 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.38894  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3975  amino acid ABC transporter permease  41.87 
 
 
233 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0692  amino acid ABC transporter permease  38.21 
 
 
222 aa  158  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.194775  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.29 
 
 
216 aa  157  9e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.79 
 
 
216 aa  157  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0018  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.81 
 
 
244 aa  156  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.62 
 
 
216 aa  155  4e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  37.38 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.04 
 
 
227 aa  146  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.972278  normal  0.0193849 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0167  amino acid ABC transporter permease  34.38 
 
 
251 aa  143  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2368  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.88 
 
 
226 aa  141  9e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1655  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
213 aa  140  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0134455  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.8 
 
 
221 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3698  glutamine ABC transporter permease protein  34.27 
 
 
218 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143034  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2062  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
499 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1919  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.48 
 
 
223 aa  137  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6678  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35 
 
 
241 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  33.65 
 
 
216 aa  136  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1026  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.66 
 
 
221 aa  136  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.19 
 
 
250 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00777  glutamine ABC transporter permease protein  38.14 
 
 
219 aa  134  8e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2832  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.14 
 
 
219 aa  134  8e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.137324  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0834  glutamine ABC transporter permease protein  38.14 
 
 
219 aa  134  8e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000546906  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0959  glutamine ABC transporter permease protein  38.14 
 
 
219 aa  134  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000482918  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0879  glutamine ABC transporter permease protein  38.14 
 
 
219 aa  134  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563749  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00794  hypothetical protein  38.14 
 
 
219 aa  134  8e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2833  glutamine ABC transporter permease protein  38.14 
 
 
219 aa  134  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.2982  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0866  glutamine ABC transporter permease protein  38.14 
 
 
219 aa  134  8e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3405  amino acid ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.679621  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  38.38 
 
 
501 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.81 
 
 
224 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2538  glutamine ABC transporter permease protein  37.67 
 
 
219 aa  134  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998158  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.49 
 
 
221 aa  132  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0574  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.71 
 
 
510 aa  133  3e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2596  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.29 
 
 
271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000547103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.05 
 
 
320 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1516  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  34.5 
 
 
223 aa  132  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219421  normal  0.124176 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.05 
 
 
320 aa  131  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>