More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2832 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00777  glutamine ABC transporter permease protein  100 
 
 
219 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2832  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
219 aa  428  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.137324  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2538  glutamine ABC transporter permease protein  99.54 
 
 
219 aa  427  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998158  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0866  glutamine ABC transporter permease protein  100 
 
 
219 aa  428  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178122  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2833  glutamine ABC transporter permease protein  100 
 
 
219 aa  428  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.2982  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0959  glutamine ABC transporter permease protein  100 
 
 
219 aa  428  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000482918  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0879  glutamine ABC transporter permease protein  100 
 
 
219 aa  428  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563749  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0834  glutamine ABC transporter permease protein  100 
 
 
219 aa  428  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000546906  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00794  hypothetical protein  100 
 
 
219 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0924  glutamine ABC transporter permease protein  96.35 
 
 
219 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0141353  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0893  glutamine ABC transporter permease protein  96.35 
 
 
219 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.110521  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0977  glutamine ABC transporter permease protein  96.35 
 
 
219 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.034777  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0865  glutamine ABC transporter permease protein  96.35 
 
 
219 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.813603  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0956  glutamine ABC transporter permease protein  96.35 
 
 
219 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0688555  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1297  glutamine ABC transporter permease protein  94.06 
 
 
219 aa  409  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1478  glutamine ABC transporter permease protein  94.06 
 
 
219 aa  388  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2879  glutamine ABC transporter permease protein  84.02 
 
 
219 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0618158  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1583  glutamine ABC transporter permease protein  83.56 
 
 
219 aa  340  8e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1599  glutamine ABC transporter permease protein  83.56 
 
 
218 aa  338  2.9999999999999998e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.939142  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1774  glutamine ABC transporter permease protein  83.56 
 
 
218 aa  338  2.9999999999999998e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000313733  normal  0.0790705 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1494  glutamine ABC transporter permease protein  83.56 
 
 
218 aa  338  2.9999999999999998e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0612957  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2489  glutamine ABC transporter permease protein  83.56 
 
 
219 aa  335  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2392  glutamine ABC transporter permease protein  74.89 
 
 
219 aa  311  5.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303951  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1155  glutamine ABC transporter permease protein  60.73 
 
 
218 aa  275  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3440  glutamine ABC transporter permease protein  60.73 
 
 
218 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4283  glutamine ABC transporter permease protein  60.27 
 
 
235 aa  267  8e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4083  glutamine ABC transporter permease protein  60.27 
 
 
235 aa  267  8e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292626  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2097  glutamine ABC transporter permease protein  60.27 
 
 
218 aa  266  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0754215  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1486  glutamine ABC transporter permease protein  60.27 
 
 
218 aa  266  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1960  glutamine ABC transporter permease protein  59.82 
 
 
218 aa  266  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120832  normal  0.914602 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3698  glutamine ABC transporter permease protein  58.45 
 
 
218 aa  265  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143034  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3271  glutamine ABC transporter permease protein  59.82 
 
 
235 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.835494  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1405  glutamine ABC transporter permease protein  59.82 
 
 
235 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182596  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1125  glutamine ABC transporter permease protein  59.82 
 
 
235 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3157  glutamine ABC transporter permease protein  59.82 
 
 
235 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0481708  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2390  glutamine ABC transporter permease protein  59.82 
 
 
235 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2356  glutamine ABC transporter permease protein  59.82 
 
 
230 aa  260  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1707  glutamine ABC transporter permease protein  57.99 
 
 
228 aa  251  8.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.165583  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.67 
 
 
227 aa  231  7.000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.972278  normal  0.0193849 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1919  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.46 
 
 
223 aa  230  1e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0167  amino acid ABC transporter permease  54.17 
 
 
251 aa  229  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2856  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.09 
 
 
223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2140  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.97 
 
 
218 aa  205  5e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0354411 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3297  amino acid ABC transporter permease  55.14 
 
 
223 aa  200  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2368  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.84 
 
 
226 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3046  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.43 
 
 
237 aa  193  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.156389  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.61 
 
 
235 aa  180  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.199048  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  44.65 
 
 
216 aa  174  8e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.4 
 
 
221 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.15 
 
 
493 aa  168  6e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  44.66 
 
 
501 aa  167  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  38.39 
 
 
237 aa  167  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.65 
 
 
216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.79 
 
 
216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.18 
 
 
492 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.35 
 
 
233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5023  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  46.63 
 
 
320 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0963279  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.63 
 
 
320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4897  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.63 
 
 
320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
216 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
216 aa  161  9e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.15 
 
 
320 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3743  amino acid ABC transporter permease  41.47 
 
 
217 aa  157  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.870157  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  40.1 
 
 
216 aa  156  2e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2234  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.74 
 
 
255 aa  155  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.378867  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.17 
 
 
218 aa  155  6e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0835  amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.67 
 
 
219 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0932034 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1460  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.81 
 
 
268 aa  152  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3695  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42 
 
 
315 aa  152  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538203  normal  0.259206 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  38.07 
 
 
222 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0725  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 
226 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.164359  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1474  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.63 
 
 
226 aa  151  8e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0190453  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0214  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  38.6 
 
 
516 aa  150  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.002492  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1941  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.22 
 
 
220 aa  150  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00173617  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.79 
 
 
224 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3584  amino acid ABC transporter permease  39.05 
 
 
223 aa  149  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.495139  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1230  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.63 
 
 
226 aa  149  3e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1061  amino acid ABC transporter permease  39.07 
 
 
263 aa  149  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.958726  normal  0.719789 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0815  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.45 
 
 
246 aa  149  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.040259  normal  0.0721562 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  34.62 
 
 
727 aa  149  4e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0162  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.16 
 
 
222 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2504  amino acid ABC transporter permease  39.63 
 
 
220 aa  148  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12542  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0904  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.39 
 
 
246 aa  148  5e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  42.79 
 
 
319 aa  148  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67040  ABC transporter permease  44.23 
 
 
320 aa  148  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1819  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.07 
 
 
334 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.38 
 
 
219 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.41 
 
 
489 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4903  putative amino acid ABC transporter, permease protein  38.16 
 
 
230 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  43.41 
 
 
489 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.41 
 
 
489 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2776  amino acid ABC transporter, permease protein  39.17 
 
 
220 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.636718  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2596  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.79 
 
 
271 aa  145  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000547103  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2021  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.23 
 
 
337 aa  146  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.871277  normal  0.573389 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0136  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein/permease protein  38.14 
 
 
516 aa  145  4.0000000000000006e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000337877  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1376  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.21 
 
 
223 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000031441  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.95 
 
 
513 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2935  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.3 
 
 
220 aa  145  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1655  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.82 
 
 
213 aa  145  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0134455  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5814  ABC transporter permease  43.27 
 
 
320 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>