More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5459 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5459  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  100 
 
 
222 aa  435  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3461  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  72.52 
 
 
222 aa  322  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7089  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  68.47 
 
 
222 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.107258  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5949  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  68.47 
 
 
222 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.426102  normal  0.0201858 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3671  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.2 
 
 
223 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1744  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.73 
 
 
223 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3748  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.73 
 
 
222 aa  206  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5079  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.71 
 
 
222 aa  200  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0506194  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
227 aa  187  7e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3335  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.95 
 
 
223 aa  185  6e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.78 
 
 
227 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0256845 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2598  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.04 
 
 
223 aa  181  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670046  normal  0.181167 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.69 
 
 
227 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3419  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.55 
 
 
223 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.81 
 
 
234 aa  175  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.917675  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1032  amino acid ABC transporter permease  41.28 
 
 
227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000000922275  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1917  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.56 
 
 
221 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182238  normal  0.18588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0174  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.63 
 
 
227 aa  171  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0297  amino acid ABC transporter permease  43.18 
 
 
221 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5246  amino acid ABC transporter, permease protein  42.73 
 
 
221 aa  168  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3473  amino acid ABC transporter permease  41.58 
 
 
220 aa  168  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.89 
 
 
222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5460  amino acid ABC transporter permease  40.37 
 
 
226 aa  161  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3312  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
221 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1601  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.46 
 
 
227 aa  159  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4924  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.17 
 
 
251 aa  159  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.69133  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1687  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.57 
 
 
248 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763978  normal  0.68129 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3468  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
222 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0878  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.53 
 
 
221 aa  156  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105888  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0933  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.95 
 
 
221 aa  155  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118003  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0908  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.95 
 
 
222 aa  155  6e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.258464  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6714  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  39.91 
 
 
254 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.4 
 
 
225 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4963  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.08 
 
 
248 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0584906  normal  0.053215 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0305  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.74 
 
 
221 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1492  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.05 
 
 
223 aa  152  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3975  amino acid ABC transporter permease  40.91 
 
 
233 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3668  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.64 
 
 
218 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4670  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.57 
 
 
226 aa  149  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.991129  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3976  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.5 
 
 
234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.66874  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3328  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.8 
 
 
222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3448  amino acid ABC transporter permease  41.8 
 
 
222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3189  amino acid ABC transporter, permease protein  41.8 
 
 
222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.2 
 
 
216 aa  146  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.11 
 
 
216 aa  146  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.56 
 
 
216 aa  145  5e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.41 
 
 
224 aa  145  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.288979 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  40.51 
 
 
216 aa  145  6e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3297  amino acid ABC transporter permease  41.31 
 
 
223 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.46 
 
 
216 aa  144  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1497  amino acid ABC transporter permease  42.57 
 
 
228 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.732768  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6997  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.57 
 
 
228 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0515813 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6332  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.57 
 
 
228 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.97 
 
 
216 aa  143  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.54 
 
 
228 aa  142  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0229  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.5 
 
 
242 aa  141  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4512  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.58 
 
 
226 aa  142  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.194375  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3475  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.12 
 
 
219 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.646385  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5266  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.01 
 
 
223 aa  141  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3744  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  40.12 
 
 
219 aa  141  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3057  polar amino acid ABC transporter permease  37.69 
 
 
219 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4064  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.33 
 
 
218 aa  138  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160055  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3004  polar amino acid ABC transporter permease  37.69 
 
 
219 aa  138  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2135  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  37.69 
 
 
219 aa  138  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3092  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  37.69 
 
 
219 aa  138  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0776  polar amino acid ABC transporter permease  37.69 
 
 
219 aa  138  7e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2610  polar amino acid ABC transporter permease  37.69 
 
 
219 aa  138  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703731  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2004  polar amino acid ABC transporter permease  37.69 
 
 
219 aa  138  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.695709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3046  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.62 
 
 
237 aa  137  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.156389  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3248  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.57 
 
 
248 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350579  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5810  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.17 
 
 
227 aa  137  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.709635  normal  0.465789 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6678  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.94 
 
 
241 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2104  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  39.49 
 
 
248 aa  136  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0692  amino acid ABC transporter permease  35.68 
 
 
222 aa  136  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.194775  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5542  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.63 
 
 
223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.645563 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0013  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.79 
 
 
244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.38894  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0018  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.06 
 
 
244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2431  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  37.61 
 
 
222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.460682  normal  0.0698059 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1548  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  37.69 
 
 
219 aa  135  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1297  glutamine ABC transporter permease protein  38.61 
 
 
219 aa  135  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.63 
 
 
227 aa  135  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.972278  normal  0.0193849 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0448  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.4 
 
 
220 aa  134  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1502  amino acid ABC transporter permease  38.58 
 
 
220 aa  134  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.895393  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2881  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.69 
 
 
219 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00777  glutamine ABC transporter permease protein  38.19 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2832  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.19 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.137324  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0959  glutamine ABC transporter permease protein  38.19 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000482918  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0879  glutamine ABC transporter permease protein  38.19 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563749  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0834  glutamine ABC transporter permease protein  38.19 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000546906  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0866  glutamine ABC transporter permease protein  38.19 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178122  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00794  hypothetical protein  38.19 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2538  glutamine ABC transporter permease protein  38.69 
 
 
219 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998158  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2833  glutamine ABC transporter permease protein  38.19 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.2982  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1919  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.31 
 
 
223 aa  132  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37 
 
 
218 aa  132  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1512  ABC transporter membrane spanning protein  41.01 
 
 
223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.438204  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2504  amino acid ABC transporter permease  40 
 
 
220 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12542  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0835  amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.67 
 
 
219 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0932034 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0924  glutamine ABC transporter permease protein  37.69 
 
 
219 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0141353  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.64 
 
 
224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>