More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5079 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5079  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
222 aa  437  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0506194  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3748  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  67.57 
 
 
222 aa  317  7.999999999999999e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3671  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.92 
 
 
223 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3335  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  61.54 
 
 
223 aa  246  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1744  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.47 
 
 
223 aa  246  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3419  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.63 
 
 
223 aa  245  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5949  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.25 
 
 
222 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.426102  normal  0.0201858 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7089  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.91 
 
 
222 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.107258  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1917  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.06 
 
 
221 aa  205  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182238  normal  0.18588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5460  amino acid ABC transporter permease  46.15 
 
 
226 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5459  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  47.71 
 
 
222 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0297  amino acid ABC transporter permease  45.37 
 
 
221 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5246  amino acid ABC transporter, permease protein  44.91 
 
 
221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2598  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.98 
 
 
223 aa  191  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670046  normal  0.181167 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3461  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.17 
 
 
222 aa  191  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0174  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.29 
 
 
227 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1492  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.37 
 
 
223 aa  186  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0305  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.2 
 
 
221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3473  amino acid ABC transporter permease  45.77 
 
 
220 aa  182  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0878  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.76 
 
 
221 aa  182  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105888  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3312  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.12 
 
 
221 aa  182  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.05 
 
 
227 aa  182  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3668  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.15 
 
 
218 aa  182  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.05 
 
 
225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3468  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47 
 
 
222 aa  181  7e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0908  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.76 
 
 
222 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.258464  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.99 
 
 
234 aa  179  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.917675  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.19 
 
 
222 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0933  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.12 
 
 
221 aa  178  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118003  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6714  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  44.34 
 
 
254 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0229  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.49 
 
 
242 aa  178  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.6 
 
 
227 aa  178  7e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0256845 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1687  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.89 
 
 
248 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763978  normal  0.68129 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3976  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 
234 aa  175  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.66874  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.35 
 
 
227 aa  175  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4963  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.99 
 
 
248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0584906  normal  0.053215 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.19 
 
 
228 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.26 
 
 
224 aa  170  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.288979 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2104  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  48.19 
 
 
248 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1032  amino acid ABC transporter permease  40.74 
 
 
227 aa  169  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000000922275  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4924  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.26 
 
 
251 aa  169  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.69133  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6997  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.75 
 
 
228 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0515813 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1497  amino acid ABC transporter permease  44.75 
 
 
228 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.732768  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6332  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.75 
 
 
228 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3448  amino acid ABC transporter permease  46.36 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3328  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.36 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3189  amino acid ABC transporter, permease protein  46.36 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0448  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.15 
 
 
220 aa  165  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4670  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.29 
 
 
226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.991129  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4512  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.35 
 
 
226 aa  164  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.194375  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1512  ABC transporter membrane spanning protein  43.89 
 
 
223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.438204  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3248  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.8 
 
 
248 aa  162  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350579  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0013  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.22 
 
 
244 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.38894  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0018  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.19 
 
 
244 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2431  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  42.92 
 
 
222 aa  159  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.460682  normal  0.0698059 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1502  amino acid ABC transporter permease  44.61 
 
 
220 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.895393  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1601  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41 
 
 
227 aa  156  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3975  amino acid ABC transporter permease  42.5 
 
 
233 aa  156  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.09 
 
 
216 aa  156  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  40.7 
 
 
216 aa  156  3e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0162  amino acid ABC transporter permease  43.75 
 
 
220 aa  155  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269477  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6678  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.85 
 
 
241 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5266  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.99 
 
 
223 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5542  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.63 
 
 
223 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.645563 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0692  amino acid ABC transporter permease  39 
 
 
222 aa  149  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.194775  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.51 
 
 
216 aa  149  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.8 
 
 
216 aa  147  9e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.8 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.1 
 
 
227 aa  145  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.972278  normal  0.0193849 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.59 
 
 
216 aa  145  6e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4064  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.22 
 
 
218 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160055  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3109  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.29 
 
 
245 aa  143  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.63 
 
 
221 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1655  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
213 aa  140  1.9999999999999998e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0134455  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6379  amino acid ABC transporter permease  36.87 
 
 
222 aa  138  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6612  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.87 
 
 
222 aa  138  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0311568 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1919  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.27 
 
 
223 aa  137  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2807  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.64 
 
 
217 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.36 
 
 
222 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2491  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.85 
 
 
335 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  39.9 
 
 
319 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1046  L-cystine ABC transporter, permease protein  34.63 
 
 
222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0095554  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1026  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36 
 
 
221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  39.11 
 
 
485 aa  135  4e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
218 aa  135  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0342  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.06 
 
 
219 aa  135  5e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1376  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.86 
 
 
223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000031441  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2505  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.74 
 
 
222 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.110474  normal  0.780737 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.63 
 
 
222 aa  134  9e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000424447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1264  L-cystine ABC transporter, permease protein  34.63 
 
 
222 aa  134  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0917804  normal  0.0118842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  38.58 
 
 
222 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2017  L-cystine ABC transporter, permease protein  34.63 
 
 
222 aa  134  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0245386  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.58 
 
 
222 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1721  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.63 
 
 
222 aa  134  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.796808 
 
 
-
 
NC_004310  BR1955  amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
240 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2152  L-cystine ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 
222 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00489018  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2692  L-cystine ABC transporter, permease protein  34.63 
 
 
222 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0324102  normal  0.0361809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.07 
 
 
222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0359  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.27 
 
 
260 aa  133  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.87 
 
 
320 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>