More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0162 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0162  amino acid ABC transporter permease  100 
 
 
220 aa  432  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269477  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1502  amino acid ABC transporter permease  86.82 
 
 
220 aa  348  3e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.895393  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3473  amino acid ABC transporter permease  66.2 
 
 
220 aa  296  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  68.35 
 
 
225 aa  292  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4064  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  72.22 
 
 
218 aa  289  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160055  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3668  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  64.35 
 
 
218 aa  275  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4512  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.93 
 
 
226 aa  248  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.194375  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1917  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.26 
 
 
221 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182238  normal  0.18588 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0305  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.09 
 
 
221 aa  234  6e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0297  amino acid ABC transporter permease  55.96 
 
 
221 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5460  amino acid ABC transporter permease  56.22 
 
 
226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5246  amino acid ABC transporter, permease protein  56.22 
 
 
221 aa  231  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5266  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.55 
 
 
223 aa  228  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6714  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  56.22 
 
 
254 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3468  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.53 
 
 
222 aa  225  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3312  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.8 
 
 
221 aa  223  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1512  ABC transporter membrane spanning protein  59.81 
 
 
223 aa  223  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.438204  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0878  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.16 
 
 
221 aa  222  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105888  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5542  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.26 
 
 
223 aa  221  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.645563 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.42 
 
 
224 aa  220  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.288979 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0933  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.76 
 
 
221 aa  219  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118003  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4963  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.46 
 
 
248 aa  215  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0584906  normal  0.053215 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1687  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  54.85 
 
 
248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763978  normal  0.68129 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0908  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.88 
 
 
222 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.258464  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.79 
 
 
227 aa  206  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3189  amino acid ABC transporter, permease protein  54.63 
 
 
222 aa  202  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3448  amino acid ABC transporter permease  54.63 
 
 
222 aa  202  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3328  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.63 
 
 
222 aa  202  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3335  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.5 
 
 
223 aa  199  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1032  amino acid ABC transporter permease  47.22 
 
 
227 aa  199  3e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000000922275  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1744  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3671  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.99 
 
 
223 aa  198  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.15 
 
 
222 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3248  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.53 
 
 
248 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350579  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0229  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.34 
 
 
242 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4670  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.04 
 
 
226 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.991129  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2104  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  52.8 
 
 
248 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3419  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.79 
 
 
223 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0448  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.01 
 
 
220 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0174  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.95 
 
 
227 aa  193  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1601  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.25 
 
 
227 aa  192  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2431  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  53 
 
 
222 aa  191  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.460682  normal  0.0698059 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4924  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.73 
 
 
251 aa  189  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.69133  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.07 
 
 
228 aa  188  5e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.08 
 
 
227 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0256845 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0013  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.38 
 
 
244 aa  185  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.38894  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.06 
 
 
227 aa  185  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3748  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.54 
 
 
222 aa  185  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0018  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.26 
 
 
244 aa  184  9e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6997  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.72 
 
 
228 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0515813 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1497  amino acid ABC transporter permease  48.72 
 
 
228 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.732768  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6332  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.72 
 
 
228 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2598  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.39 
 
 
223 aa  177  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670046  normal  0.181167 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5079  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.75 
 
 
222 aa  176  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0506194  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.67 
 
 
234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.917675  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3976  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.09 
 
 
234 aa  168  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.66874  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1492  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.06 
 
 
223 aa  164  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3975  amino acid ABC transporter permease  43.35 
 
 
233 aa  158  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3461  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.92 
 
 
222 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  41.29 
 
 
216 aa  149  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.87 
 
 
216 aa  148  7e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5459  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  38.07 
 
 
222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.79 
 
 
216 aa  146  3e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5949  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.03 
 
 
222 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.426102  normal  0.0201858 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7089  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.2 
 
 
222 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.107258  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0692  amino acid ABC transporter permease  38.32 
 
 
222 aa  138  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.194775  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.1 
 
 
503 aa  137  1e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  36.89 
 
 
216 aa  137  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.35 
 
 
216 aa  134  8e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.16 
 
 
216 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.58 
 
 
513 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1376  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.19 
 
 
223 aa  131  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000031441  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6678  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41 
 
 
241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0568  amino acid ABC transporter permease  31.16 
 
 
223 aa  129  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.47 
 
 
492 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2588  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.01 
 
 
221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449362  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1707  glutamine ABC transporter permease protein  37.31 
 
 
228 aa  128  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.165583  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6379  amino acid ABC transporter permease  37.44 
 
 
222 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6612  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
222 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0311568 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  37.62 
 
 
501 aa  127  9.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0582  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  30.7 
 
 
223 aa  127  9.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.5 
 
 
493 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3109  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.92 
 
 
222 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5181  cystine ABC transporter, permease protein, putative  38.65 
 
 
222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0357  amino acid ABC transporter permease  38.65 
 
 
222 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.25 
 
 
227 aa  125  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.972278  normal  0.0193849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1833  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.16 
 
 
224 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355125  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1960  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  36.32 
 
 
225 aa  125  6e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223037  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.86 
 
 
218 aa  124  9e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  35.64 
 
 
222 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18740  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.23 
 
 
222 aa  124  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.110609  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  38 
 
 
222 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2807  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37 
 
 
217 aa  123  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38 
 
 
222 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
222 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1568  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.96 
 
 
224 aa  122  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4224  amino acid ABC transporter, permease protein  35.29 
 
 
219 aa  121  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000683545  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0574  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.76 
 
 
510 aa  122  6e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0315  putative ABC transporter permease protein  34.8 
 
 
213 aa  122  6e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000179875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>