More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1748 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  83.45 
 
 		 290 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  83.45 
 
 		 290 aa  447  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  82.07 
 
 		 290 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  79.31 
 
 		 311 aa  427  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  68.28 
 
 		 288 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  68.51 
 
 		 288 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  68.17 
 
 		 288 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  68.62 
 
 		 289 aa  363  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  59.44 
 
 		 289 aa  295  6e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  59.09 
 
 		 289 aa  294  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  59.23 
 
 		 287 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  59.79 
 
 		 289 aa  279  4e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  59.15 
 
 		 288 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  47.39 
 
 		 290 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  44.06 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.06 
 
 		 289 aa  229  4e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  54.15 
 
 		 274 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  43.36 
 
 		 287 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  44.95 
 
 		 288 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  42.31 
 
 		 287 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  44.98 
 
 		 287 aa  209  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  45.77 
 
 		 289 aa  208  8e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  43.36 
 
 		 289 aa  208  9e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  38.81 
 
 		 285 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 287 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 288 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 315 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 305 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 288 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 286 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 290 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 313 aa  148  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.75 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.1 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  34.22 
 
 		 548 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 534 aa  142  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.81 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  34.24 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  34.35 
 
 		 336 aa  142  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  34.95 
 
 		 286 aa  142  9e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  36.79 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.92 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 542 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  35.36 
 
 		 285 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 537 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  38.3 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.04 
 
 		 537 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.75 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 295 aa  137  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.63 
 
 		 520 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  33.79 
 
 		 542 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 542 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 554 aa  137  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 296 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 296 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 527 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>