More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02611 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02611  transcriptional regulator  100 
 
 		 155 aa  325  2.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.55 
 
 		 314 aa  194  5.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  57.72 
 
 		 319 aa  187  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  55.7 
 
 		 311 aa  169  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  53.02 
 
 		 323 aa  164  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  52.35 
 
 		 315 aa  153  7e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  51.68 
 
 		 311 aa  152  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  51.68 
 
 		 311 aa  152  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  51.68 
 
 		 311 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  51.68 
 
 		 311 aa  152  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  51.68 
 
 		 311 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  53.02 
 
 		 312 aa  151  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  53.02 
 
 		 312 aa  151  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  53.02 
 
 		 307 aa  150  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  53.02 
 
 		 307 aa  150  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  53.02 
 
 		 312 aa  150  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  46.05 
 
 		 312 aa  140  7e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  48.67 
 
 		 309 aa  136  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.93 
 
 		 312 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.26 
 
 		 315 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 314 aa  94.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 314 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 313 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 313 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 295 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 299 aa  87.4  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 313 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 321 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 315 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 306 aa  85.1  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 		 303 aa  82  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 318 aa  81.6  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.54 
 
 		 303 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 300 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 303 aa  80.5  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01086  transcriptional regulator  31.41 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.54 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 303 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 303 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 308 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 318 aa  77  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4445  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4952  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3208  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.33 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.33 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.33 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.33 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32 
 
 		 303 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32 
 
 		 303 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 312 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 317 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  28.39 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.56 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 313 aa  72  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 302 aa  72  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  72  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 309 aa  72  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 291 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 308 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 313 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  31.61 
 
 		 294 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2424  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 322 aa  71.6  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 311 aa  71.6  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 290 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 290 aa  70.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 291 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 311 aa  70.5  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6807  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 313 aa  70.9  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.2 
 
 		 306 aa  70.5  0.000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004325  transcriptional regulator LysR family  28.12 
 
 		 305 aa  70.5  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0526  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 320 aa  70.5  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 310 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 321 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 304 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>