More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02610 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02610  transcriptional regulator  100 
 
 		 123 aa  252  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  79.51 
 
 		 314 aa  212  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  74.59 
 
 		 319 aa  200  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  69.03 
 
 		 315 aa  175  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  68.14 
 
 		 311 aa  174  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  68.14 
 
 		 311 aa  174  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  68.14 
 
 		 311 aa  174  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  68.14 
 
 		 311 aa  174  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  68.14 
 
 		 311 aa  174  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  62.3 
 
 		 323 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  65.49 
 
 		 307 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  65.49 
 
 		 312 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  65.49 
 
 		 312 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  65.49 
 
 		 307 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  64.6 
 
 		 312 aa  165  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  58.97 
 
 		 311 aa  157  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  57.38 
 
 		 312 aa  146  1.0000000000000001e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  60 
 
 		 309 aa  143  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  55.45 
 
 		 312 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  52.73 
 
 		 315 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  49.53 
 
 		 305 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  49.53 
 
 		 309 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  47.12 
 
 		 305 aa  101  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 314 aa  97.1  8e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 304 aa  95.5  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 308 aa  94.7  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.19 
 
 		 307 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.19 
 
 		 307 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  45.79 
 
 		 300 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 305 aa  90.9  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 305 aa  90.9  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 305 aa  90.9  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 305 aa  90.9  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.12 
 
 		 302 aa  90.9  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 311 aa  90.5  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 294 aa  89.4  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 308 aa  89.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 308 aa  89.7  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 306 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 317 aa  89.4  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 299 aa  89.4  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 306 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  43.27 
 
 		 305 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  43.27 
 
 		 305 aa  89  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  49.04 
 
 		 297 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  37.93 
 
 		 339 aa  88.6  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 301 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 303 aa  89.4  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  48.08 
 
 		 316 aa  89  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 305 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  43.27 
 
 		 305 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 296 aa  88.6  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 343 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 296 aa  88.6  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 299 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 303 aa  87.8  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 292 aa  88.2  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 299 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 299 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.15 
 
 		 306 aa  87.4  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 307 aa  87.4  6e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 296 aa  87  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 303 aa  87  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 308 aa  86.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 303 aa  86.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 313 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3147  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 293 aa  86.7  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 313 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 315 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 303 aa  86.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.23 
 
 		 303 aa  86.3  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0462  LysR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 309 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 321 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 307 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.31 
 
 		 303 aa  86.3  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 313 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 303 aa  85.9  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3201  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 307 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 303 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.19 
 
 		 303 aa  85.9  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 303 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.35 
 
 		 304 aa  85.5  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 303 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5166  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 307 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.862183 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.27 
 
 		 310 aa  85.1  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  45.19 
 
 		 306 aa  84.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4318  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.32 
 
 		 332 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.19 
 
 		 306 aa  84.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1190  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 291 aa  84.3  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5113  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 307 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>