More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01722 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01722  transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  635    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0448  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1672  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127951  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0385  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0770  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0236  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.859767 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  28.67 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.89 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 325 aa  132  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05269  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1087  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 		 337 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2198  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599935 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.21 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0216  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000393101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4242  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000271565  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.14 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5886  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 306 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.437235  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5522  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 306 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0758082  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  29.97 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4393  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.38 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.15 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 342 aa  122  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  28.94 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 306 aa  122  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0940  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0270  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.72 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6112  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0482  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>