More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003047 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003047  type I secretion TolC precursor  100 
 
 		 423 aa  850    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02837  hypothetical protein  83.22 
 
 		 423 aa  728    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1170  putative outer membrane protein TolC  49.02 
 
 		 419 aa  389  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109696  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.99 
 
 		 436 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  25 
 
 		 462 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.71 
 
 		 441 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  23.97 
 
 		 454 aa  104  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  24.53 
 
 		 434 aa  104  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000135514  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  23.11 
 
 		 449 aa  101  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3048  outer membrane channel protein  23.87 
 
 		 432 aa  101  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000973822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.31 
 
 		 442 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  24.83 
 
 		 448 aa  99  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.71 
 
 		 449 aa  99.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  24.07 
 
 		 435 aa  99  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.32 
 
 		 451 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  23.79 
 
 		 432 aa  98.2  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000929322  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.93 
 
 		 461 aa  97.1  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.76 
 
 		 446 aa  96.7  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.46 
 
 		 479 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  25 
 
 		 453 aa  96.7  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.08 
 
 		 452 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1705  Outer membrane efflux protein  25.06 
 
 		 436 aa  96.7  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.370592  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.09 
 
 		 459 aa  96.7  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2883  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.29 
 
 		 442 aa  96.3  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00170075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  23.45 
 
 		 435 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000456355  hitchhiker  0.0000511139 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  23.71 
 
 		 435 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.85 
 
 		 489 aa  95.1  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.07 
 
 		 442 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  23.11 
 
 		 435 aa  94.4  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000555232  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  23.36 
 
 		 435 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  23.46 
 
 		 435 aa  92.8  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  23.78 
 
 		 443 aa  92.8  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000611538  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  23.36 
 
 		 435 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000184345  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  23.36 
 
 		 435 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000408694  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.31 
 
 		 445 aa  92.4  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  23.36 
 
 		 435 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000621601  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  25.23 
 
 		 479 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.53 
 
 		 452 aa  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  23.81 
 
 		 431 aa  90.5  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  23.79 
 
 		 497 aa  89.7  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1304  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.23 
 
 		 446 aa  89  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000151154  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  24.12 
 
 		 441 aa  88.6  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000983275  unclonable  0.000000000104798 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.33 
 
 		 468 aa  87.4  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0744  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.82 
 
 		 449 aa  87  6e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.291612  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.97 
 
 		 489 aa  86.7  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.5 
 
 		 477 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02621  outer membrane protein required for AvrXa21 activity C (raxC)  25.89 
 
 		 443 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.81 
 
 		 494 aa  85.9  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.37 
 
 		 477 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.06 
 
 		 478 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  24.04 
 
 		 445 aa  84  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0139  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.44 
 
 		 616 aa  83.6  0.000000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.12 
 
 		 477 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1282  outer membrane efflux protein  22.84 
 
 		 446 aa  83.6  0.000000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0406152  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2047  type I secretion outer membrane protein  23.44 
 
 		 616 aa  83.2  0.000000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  22.99 
 
 		 494 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  24.05 
 
 		 441 aa  82.8  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.17 
 
 		 480 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  22.73 
 
 		 442 aa  82  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000301167  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  23.77 
 
 		 470 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  21.56 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  25.45 
 
 		 482 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  25.06 
 
 		 493 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  25.29 
 
 		 495 aa  80.9  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  25.06 
 
 		 495 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  24.31 
 
 		 445 aa  80.5  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  25.06 
 
 		 495 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  25.12 
 
 		 493 aa  80.5  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.12 
 
 		 493 aa  80.5  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 493 aa  80.5  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  25.12 
 
 		 493 aa  80.5  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  25 
 
 		 493 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0364  outer membrane channel protein  24.94 
 
 		 500 aa  79.7  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  22.63 
 
 		 484 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  23.99 
 
 		 464 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1282  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.06 
 
 		 465 aa  79  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  23.99 
 
 		 464 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1642  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.13 
 
 		 446 aa  79.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.779397 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0736  hypothetical protein  23.24 
 
 		 455 aa  78.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  24.88 
 
 		 489 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  24.54 
 
 		 419 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  24.88 
 
 		 489 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  24.88 
 
 		 489 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  24.88 
 
 		 489 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  23.94 
 
 		 438 aa  79  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000158125  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  24.88 
 
 		 489 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  23.02 
 
 		 437 aa  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0754  hypothetical protein  23.24 
 
 		 455 aa  77.4  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.91 
 
 		 488 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  25.06 
 
 		 481 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  22.25 
 
 		 423 aa  77  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.31 
 
 		 477 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  25.36 
 
 		 465 aa  75.9  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  20.32 
 
 		 437 aa  75.5  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  24.17 
 
 		 469 aa  75.5  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.42 
 
 		 480 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3585  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.37 
 
 		 484 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0611  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.79 
 
 		 464 aa  74.3  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.66 
 
 		 478 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0585  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.46 
 
 		 456 aa  74.3  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.449084  normal  0.127961 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>