More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0604 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  100 
 
 		 478 aa  960    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  97.07 
 
 		 488 aa  907    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  87.15 
 
 		 484 aa  788    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  56.9 
 
 		 497 aa  498  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  60.05 
 
 		 493 aa  491  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  45.12 
 
 		 441 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  44.84 
 
 		 453 aa  332  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  44.52 
 
 		 450 aa  324  2e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  46.54 
 
 		 434 aa  324  3e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  38.74 
 
 		 512 aa  312  7.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.75 
 
 		 468 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  44.58 
 
 		 451 aa  296  5e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.03 
 
 		 469 aa  290  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.28 
 
 		 489 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3585  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.92 
 
 		 484 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.86 
 
 		 442 aa  276  8e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.84 
 
 		 405 aa  274  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.93 
 
 		 491 aa  272  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  39.45 
 
 		 437 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.95 
 
 		 446 aa  267  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1835  type I secretion outer membrane protein, TolC family  41.58 
 
 		 447 aa  266  7e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.36 
 
 		 480 aa  264  3e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2439  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.34 
 
 		 443 aa  258  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.690734 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0258  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.18 
 
 		 539 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.17913  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  35.96 
 
 		 482 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  36.18 
 
 		 481 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.76 
 
 		 477 aa  236  7e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.3 
 
 		 479 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.26 
 
 		 461 aa  233  8.000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  33.91 
 
 		 479 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.26 
 
 		 477 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.32 
 
 		 453 aa  227  4e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.64 
 
 		 498 aa  224  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  35.4 
 
 		 449 aa  224  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.14 
 
 		 450 aa  223  4e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.62 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.62 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0736  hypothetical protein  35.06 
 
 		 455 aa  221  3e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.27 
 
 		 478 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  35.87 
 
 		 454 aa  219  7.999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0754  hypothetical protein  34.32 
 
 		 455 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.68 
 
 		 480 aa  219  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.57 
 
 		 436 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  33.26 
 
 		 462 aa  216  5.9999999999999996e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1338  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.33 
 
 		 456 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728783  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  34.97 
 
 		 440 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0733  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.48 
 
 		 434 aa  209  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  32.23 
 
 		 470 aa  209  8e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.97 
 
 		 494 aa  208  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02621  outer membrane protein required for AvrXa21 activity C (raxC)  34.53 
 
 		 443 aa  206  7e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  31.11 
 
 		 493 aa  204  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.11 
 
 		 493 aa  204  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  31.11 
 
 		 493 aa  204  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  31.11 
 
 		 493 aa  204  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  31.11 
 
 		 495 aa  204  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  31.11 
 
 		 495 aa  204  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.32 
 
 		 446 aa  204  4e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  33.63 
 
 		 435 aa  203  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000555232  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  31.11 
 
 		 495 aa  203  5e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3453  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.68 
 
 		 432 aa  203  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3077  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.95 
 
 		 491 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.762548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  30.89 
 
 		 493 aa  202  8e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  30.89 
 
 		 493 aa  202  9e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  33.41 
 
 		 435 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  33.41 
 
 		 435 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000456355  hitchhiker  0.0000511139 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  33.26 
 
 		 435 aa  201  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.62 
 
 		 442 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2156  outer membrane export factor  32.57 
 
 		 452 aa  197  3e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  31.92 
 
 		 469 aa  197  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  32.11 
 
 		 438 aa  197  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000158125  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  31.22 
 
 		 463 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.89 
 
 		 452 aa  197  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  31.4 
 
 		 442 aa  197  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000301167  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  32.66 
 
 		 434 aa  196  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000135514  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  30.96 
 
 		 489 aa  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  30.96 
 
 		 489 aa  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  30.96 
 
 		 489 aa  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  30.96 
 
 		 489 aa  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  31.03 
 
 		 489 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.67 
 
 		 455 aa  195  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  30.75 
 
 		 494 aa  195  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.94 
 
 		 451 aa  195  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2047  type I secretion outer membrane protein  29.59 
 
 		 616 aa  195  2e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.35 
 
 		 452 aa  195  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  34.03 
 
 		 435 aa  194  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.52 
 
 		 445 aa  194  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0139  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.39 
 
 		 616 aa  193  4e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  32.87 
 
 		 431 aa  193  7e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  33.1 
 
 		 435 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000184345  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  33.1 
 
 		 435 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000408694  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  33.1 
 
 		 435 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000621601  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  33.1 
 
 		 435 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  30.26 
 
 		 463 aa  189  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000673159  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0611  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.07 
 
 		 464 aa  189  8e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.24 
 
 		 449 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  31.43 
 
 		 444 aa  187  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.75 
 
 		 442 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  29.62 
 
 		 464 aa  186  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  29.62 
 
 		 464 aa  186  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.52 
 
 		 452 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>