More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0430 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 
436 aa  876    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  54.51 
 
 
462 aa  462  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  50.36 
 
 
435 aa  404  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  52.66 
 
 
432 aa  402  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000929322  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  48.97 
 
 
435 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  48.73 
 
 
434 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000135514  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  47.95 
 
 
443 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000611538  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  50.11 
 
 
448 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  49.88 
 
 
435 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000621601  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  49.88 
 
 
435 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  49.88 
 
 
435 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000408694  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  49.4 
 
 
435 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000456355  hitchhiker  0.0000511139 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  49.4 
 
 
435 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000555232  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  52.63 
 
 
431 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  49.4 
 
 
435 aa  397  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  49.88 
 
 
435 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000184345  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  48.31 
 
 
449 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  49.64 
 
 
441 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000983275  unclonable  0.000000000104798 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  49.78 
 
 
442 aa  388  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000301167  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  48.29 
 
 
441 aa  375  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3048  outer membrane channel protein  50.48 
 
 
432 aa  376  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000973822  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  47.95 
 
 
438 aa  378  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000158125  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  48.78 
 
 
445 aa  362  5.0000000000000005e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  45.33 
 
 
494 aa  348  8e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  45.19 
 
 
489 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  45.19 
 
 
489 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  45.19 
 
 
489 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  45.19 
 
 
489 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  45.19 
 
 
489 aa  344  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  45.11 
 
 
493 aa  339  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  45.11 
 
 
493 aa  339  7e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  45.11 
 
 
493 aa  338  9e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  45.11 
 
 
493 aa  338  9e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  45.11 
 
 
493 aa  338  9e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  45.11 
 
 
495 aa  338  9e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  45.11 
 
 
493 aa  338  9e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  45.11 
 
 
495 aa  338  9e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  45.2 
 
 
497 aa  338  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  44.89 
 
 
495 aa  338  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  45.84 
 
 
463 aa  334  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  44.73 
 
 
470 aa  333  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  45.13 
 
 
463 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000673159  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  43.19 
 
 
469 aa  326  6e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  42.82 
 
 
464 aa  322  7e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  42.82 
 
 
464 aa  322  7e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  42.35 
 
 
465 aa  306  3e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  41.42 
 
 
444 aa  295  9e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  40.95 
 
 
440 aa  280  4e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.74 
 
 
450 aa  277  3e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0736  hypothetical protein  36.77 
 
 
455 aa  276  4e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0754  hypothetical protein  36.55 
 
 
455 aa  273  6e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  38.08 
 
 
454 aa  270  4e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.81 
 
 
478 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  37.9 
 
 
449 aa  265  1e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.44 
 
 
477 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.95 
 
 
453 aa  262  8.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.69 
 
 
477 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.69 
 
 
477 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.14 
 
 
479 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.96 
 
 
461 aa  261  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  37.5 
 
 
479 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.95 
 
 
480 aa  253  6e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.32 
 
 
477 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  35.83 
 
 
481 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  35.36 
 
 
482 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.49 
 
 
494 aa  226  4e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  34.38 
 
 
493 aa  226  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2047  type I secretion outer membrane protein  31.24 
 
 
616 aa  225  1e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0139  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.24 
 
 
616 aa  225  1e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.5 
 
 
468 aa  223  4e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.62 
 
 
441 aa  222  8e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  33.41 
 
 
437 aa  218  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.51 
 
 
480 aa  218  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.68 
 
 
445 aa  216  5e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.71 
 
 
446 aa  216  9e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.84 
 
 
489 aa  212  9e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.36 
 
 
450 aa  211  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  34.29 
 
 
484 aa  211  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.04 
 
 
488 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1277  outer membrane protein TolC, putative  36.07 
 
 
479 aa  209  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271455  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.5 
 
 
452 aa  208  1e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.17 
 
 
434 aa  208  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2156  outer membrane export factor  34.27 
 
 
452 aa  207  3e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.57 
 
 
478 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.01 
 
 
497 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.98 
 
 
453 aa  206  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1338  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.46 
 
 
456 aa  204  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728783  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0611  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.21 
 
 
464 aa  204  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.79 
 
 
498 aa  203  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3077  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.77 
 
 
491 aa  200  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.762548  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.85 
 
 
469 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2883  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.67 
 
 
442 aa  197  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00170075  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.15 
 
 
405 aa  196  7e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.41 
 
 
452 aa  194  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0744  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.95 
 
 
449 aa  193  5e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.291612  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02621  outer membrane protein required for AvrXa21 activity C (raxC)  34.19 
 
 
443 aa  192  7e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  34.42 
 
 
451 aa  192  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.5 
 
 
491 aa  191  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.5 
 
 
446 aa  190  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.17 
 
 
455 aa  190  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>