More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002811 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  78.48 
 
 
488 aa  801    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  100 
 
 
488 aa  1004    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  92.42 
 
 
488 aa  935    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  67.35 
 
 
493 aa  692    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  56.94 
 
 
477 aa  533  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.03 
 
 
477 aa  533  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.7 
 
 
477 aa  531  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.53 
 
 
477 aa  529  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.53 
 
 
477 aa  528  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.4 
 
 
477 aa  530  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.23 
 
 
477 aa  527  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.85 
 
 
477 aa  521  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  57.03 
 
 
476 aa  523  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.11 
 
 
477 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  56.01 
 
 
477 aa  521  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.09 
 
 
477 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.11 
 
 
477 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.92 
 
 
477 aa  518  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  55.38 
 
 
476 aa  520  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.11 
 
 
477 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  53.23 
 
 
509 aa  500  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  52.85 
 
 
487 aa  499  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.5 
 
 
477 aa  496  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.09 
 
 
491 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.89 
 
 
491 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.21 
 
 
491 aa  462  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.89 
 
 
491 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  50.5 
 
 
491 aa  458  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  50.5 
 
 
491 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.1 
 
 
491 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.51 
 
 
482 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  51.59 
 
 
490 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  51.59 
 
 
490 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  50.9 
 
 
471 aa  442  1e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  50 
 
 
471 aa  442  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.6 
 
 
491 aa  443  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.2 
 
 
479 aa  437  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  48.91 
 
 
479 aa  435  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  48.47 
 
 
491 aa  418  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.17 
 
 
501 aa  400  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.77 
 
 
466 aa  399  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  47.78 
 
 
501 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  45.88 
 
 
494 aa  393  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  45.88 
 
 
494 aa  393  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.3 
 
 
366 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.59 
 
 
473 aa  359  5e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.31 
 
 
489 aa  351  2e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60.14 
 
 
560 aa  348  1e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.1 
 
 
463 aa  317  2e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.23 
 
 
457 aa  306  6e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  45.89 
 
 
533 aa  302  1e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.95 
 
 
452 aa  301  2e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.61 
 
 
448 aa  301  2e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  43.43 
 
 
470 aa  300  6e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.25 
 
 
457 aa  297  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.81 
 
 
515 aa  296  4e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.25 
 
 
466 aa  296  5e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.1 
 
 
457 aa  295  9e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.05 
 
 
748 aa  295  9e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.1 
 
 
454 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.6 
 
 
472 aa  295  2e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36 
 
 
457 aa  294  3e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  36.46 
 
 
459 aa  293  3e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.14 
 
 
454 aa  293  4e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.72 
 
 
463 aa  293  4e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.33 
 
 
448 aa  293  5e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.87 
 
 
350 aa  293  7e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  36 
 
 
465 aa  292  8e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.97 
 
 
459 aa  292  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.49 
 
 
458 aa  291  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.92 
 
 
335 aa  291  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.39 
 
 
379 aa  290  4e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.3 
 
 
459 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.21 
 
 
453 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.14 
 
 
453 aa  290  6e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.32 
 
 
472 aa  289  7e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  44.6 
 
 
517 aa  289  7e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  43.45 
 
 
471 aa  289  8e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.82 
 
 
458 aa  289  8e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.66 
 
 
366 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  45.61 
 
 
522 aa  288  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.66 
 
 
409 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.68 
 
 
466 aa  288  2e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.05 
 
 
366 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.87 
 
 
453 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.73 
 
 
464 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.87 
 
 
460 aa  286  4e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.7 
 
 
458 aa  287  4e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.6 
 
 
469 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.97 
 
 
442 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  44.76 
 
 
493 aa  286  7e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.05 
 
 
491 aa  285  9e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.750458 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  44.19 
 
 
539 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  36.67 
 
 
483 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  47.95 
 
 
668 aa  284  2.0000000000000002e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.51 
 
 
460 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.36 
 
 
466 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  43.91 
 
 
537 aa  283  3.0000000000000004e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  42.61 
 
 
455 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.6 
 
 
668 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>