More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1066 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1066  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 425 aa  824    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1457  amino acid permease-associated region  32.26 
 
 		 446 aa  153  5e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0069  amino acid transporter  29.76 
 
 		 433 aa  146  6e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.266806  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1315  amino acid permease-associated region  30.24 
 
 		 441 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.172576  normal  0.0920117 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0278  amino acid permease-associated region  29.81 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1136  amino acid permease-associated region  32.73 
 
 		 447 aa  135  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.304278 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00437  predicted transporter  30.52 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.936072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3124  amino acid permease-associated region  30.52 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.554048  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3130  amino acid permease-associated region  30.52 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  hitchhiker  0.000108674 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00442  hypothetical protein  30.52 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0565  amino acid permease family protein  30.52 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0579  amino acid permease family protein  30.52 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0421  amino acid permease family protein  30.27 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0529  amino acid permease family protein  30.52 
 
 		 430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0525  amino acid permease family protein  30.52 
 
 		 430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1908  amino acid permease-associated region  29.44 
 
 		 440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00117224  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0803  amino acid transporter  32.81 
 
 		 429 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  25.58 
 
 		 439 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0717  amino acid permease-associated region  29.35 
 
 		 434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.00000167398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0181  amino acid permease-associated region  29.64 
 
 		 443 aa  110  5e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00403  Amino acid permease-associated region  27.88 
 
 		 441 aa  109  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.613152  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  24.66 
 
 		 436 aa  101  2e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1735  amino acid permease-associated region  26.17 
 
 		 452 aa  100  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51734  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  25.95 
 
 		 486 aa  100  6e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2346  amino acid permease-associated region  26.68 
 
 		 447 aa  99.8  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2206  amino acid permease-associated region  26.87 
 
 		 452 aa  99.4  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.218547  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2530  amino acid permease-associated region  27.51 
 
 		 449 aa  99.4  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.480015  normal  0.105308 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3942  amino acid permease-associated region  26.38 
 
 		 445 aa  97.1  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3604  amino acid permease-associated region  26.38 
 
 		 445 aa  97.1  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.466276 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1932  amino acid transporter  28.71 
 
 		 437 aa  96.7  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.392371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2108  amino acid permease-associated region  25.86 
 
 		 445 aa  95.5  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2084  amino acid permease-associated region  27.07 
 
 		 770 aa  94.4  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1584  amino acid permease-associated region  27.22 
 
 		 796 aa  94.7  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1855  amino acid transporter  26.1 
 
 		 443 aa  94  4e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.599049  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0566  amino acid permease-associated region  28.53 
 
 		 764 aa  93.2  8e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2693  amino acid permease-associated region  27.3 
 
 		 786 aa  92.4  1e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0129  amino acid permease-associated region  25.65 
 
 		 451 aa  92.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2649  amino acid permease-associated region  28.44 
 
 		 450 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2694  amino acid permease-associated region  28.44 
 
 		 450 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0425419 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1266  amino acid permease-associated region  27.96 
 
 		 474 aa  90.9  4e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3228  amino acid permease-associated region  27.84 
 
 		 473 aa  90.1  7e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  26.19 
 
 		 494 aa  90.1  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1272  amino acid permease-associated region  27.49 
 
 		 431 aa  89  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1930  amino acid permease-associated region  25.63 
 
 		 489 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0070  amino acid transporter  39.2 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.462473  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10825  amino acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G04990)  27.3 
 
 		 609 aa  84  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0074  amino acid permease family protein  24.8 
 
 		 447 aa  84  0.000000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1109  amino acid permease-associated region  26.23 
 
 		 538 aa  83.6  0.000000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.332112  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1577  amino acid permease-associated region  27.54 
 
 		 479 aa  83.2  0.000000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1603  amino acid permease-associated region  26.4 
 
 		 494 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0963262  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1663  amino acid permease-associated region  26.4 
 
 		 496 aa  82.8  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.191833  normal  0.1203 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  25.23 
 
 		 422 aa  82.4  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4660  amino acid permease-associated region  27.73 
 
 		 467 aa  80.9  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.87278  normal  0.151026 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1510  amino acid permease-associated region  26.43 
 
 		 495 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1185  amino acid permease-associated region  26.5 
 
 		 500 aa  80.5  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000031704 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03221  predicted fructoselysine transporter  25.06 
 
 		 445 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0342  amino acid permease-associated region  25.06 
 
 		 445 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4706  alanine permease  25.26 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.34441 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3911  amino acid permease-associated region  25.55 
 
 		 452 aa  78.6  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03173  hypothetical protein  25.06 
 
 		 445 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0195  amino acid permease-associated region  26.54 
 
 		 745 aa  78.6  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0342  putative fructoselysine transporter  24.94 
 
 		 445 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  27.15 
 
 		 500 aa  78.2  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3840  putative fructoselysine transporter  24.94 
 
 		 462 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3566  putative fructoselysine transporter  24.94 
 
 		 462 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4682  putative fructoselysine transporter  25.06 
 
 		 445 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0321  amino acid permease family protein  25.41 
 
 		 460 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0838341  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  25.53 
 
 		 489 aa  77.4  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2625  amino acid permease-associated region  25.66 
 
 		 482 aa  77.4  0.0000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0475967  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2679  amino acid permease-associated region  25.66 
 
 		 482 aa  77.4  0.0000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1342  amino acid permease-associated region  26.5 
 
 		 438 aa  77  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3674  amino acid permease-associated region  23 
 
 		 549 aa  77  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0328426  normal  0.284517 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0554  amino acid transporter  25.13 
 
 		 476 aa  77  0.0000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00163593  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3748  putative fructoselysine transporter  24.69 
 
 		 462 aa  76.6  0.0000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.211488  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0507  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 471 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.778672  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1095  amino acid permease  25.93 
 
 		 441 aa  76.6  0.0000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1733  amino acid permease-associated region  24.58 
 
 		 421 aa  76.6  0.0000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0204884 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1785  amino acid permease-associated region  27.82 
 
 		 491 aa  75.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0272  amino acid permease-associated region  25.52 
 
 		 478 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.656438  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2158  amino acid permease family protein  25.07 
 
 		 483 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1394  amino acid permease-associated region  26.17 
 
 		 443 aa  75.5  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0506  amino acid permease (amino acid transporter)  26.18 
 
 		 471 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0357  hypothetical protein  25.32 
 
 		 394 aa  75.1  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0069  amino acid permease-associated region  25.84 
 
 		 447 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.480186 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1820  amino acid transport protein  23.21 
 
 		 542 aa  75.1  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0544653 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  25.92 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0660  amino acid permease family protein  25.92 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0562  amino acid permease family protein  25.92 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0504  amino acid permease (amino acid transporter)  25.92 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.140308  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2221  amino acid permease-associated region  26.78 
 
 		 495 aa  74.7  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000300523  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0650  amino acid permease family protein  25.92 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000109071 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0593  amino acid permease family protein  25.92 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0408  amino acid permease-associated region  25.85 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2678  amino acid permease-associated region  27.99 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0723531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  25.79 
 
 		 471 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1073  amino acid permease-associated region  26.7 
 
 		 475 aa  74.7  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00231031  normal  0.0754239 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2434  amino acid transporter  24.1 
 
 		 446 aa  74.3  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0692  amino acid permease-associated region  27.44 
 
 		 820 aa  73.9  0.000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.145008  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0619  amino acid permease-associated region  25.72 
 
 		 430 aa  73.6  0.000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00318387  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1784  amino acid transporter  22.34 
 
 		 462 aa  73.6  0.000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000562371  hitchhiker  4.50262e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>