299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2716 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 310 aa  592  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  61.36 
 
 		 302 aa  345  4e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  60.68 
 
 		 302 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  64.03 
 
 		 302 aa  338  9e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  59.32 
 
 		 302 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  59.07 
 
 		 302 aa  322  4e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  58.39 
 
 		 307 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  58.39 
 
 		 302 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  58.39 
 
 		 302 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  59.93 
 
 		 304 aa  318  7.999999999999999e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  59.73 
 
 		 302 aa  317  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  62.12 
 
 		 321 aa  311  9e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  59.17 
 
 		 313 aa  305  7e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  56.71 
 
 		 311 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  60.52 
 
 		 312 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  55.93 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  60.19 
 
 		 312 aa  295  8e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  57.14 
 
 		 326 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  56.95 
 
 		 317 aa  288  7e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  53.65 
 
 		 326 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  61.82 
 
 		 314 aa  279  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  59.71 
 
 		 312 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  59.71 
 
 		 312 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  59.71 
 
 		 312 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  59.11 
 
 		 326 aa  277  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  58.92 
 
 		 300 aa  276  2e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  57.79 
 
 		 326 aa  275  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  62.27 
 
 		 312 aa  275  6e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  58.67 
 
 		 314 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  57.14 
 
 		 314 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  55.24 
 
 		 331 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  52.78 
 
 		 301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  53.08 
 
 		 319 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  53.4 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  57.19 
 
 		 311 aa  258  9e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  55.87 
 
 		 314 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.33 
 
 		 330 aa  251  2e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  57.52 
 
 		 314 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  57.52 
 
 		 314 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  57.52 
 
 		 314 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  56.6 
 
 		 310 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  56.6 
 
 		 310 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  56.6 
 
 		 310 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  56.6 
 
 		 310 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  49.13 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.05 
 
 		 308 aa  231  9e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.16 
 
 		 351 aa  212  7e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  39.3 
 
 		 344 aa  203  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  45.85 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.64 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.3 
 
 		 369 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  43.12 
 
 		 332 aa  185  9e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  43.12 
 
 		 333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.13 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  45 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  45 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  45 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.76 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.12 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.24 
 
 		 317 aa  175  8e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.84 
 
 		 314 aa  175  8e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  41.92 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.21 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.36 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.5 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  41.72 
 
 		 321 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.18 
 
 		 311 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  42.66 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  37.16 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  37.79 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.18 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  43.6 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  43.37 
 
 		 317 aa  170  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.36 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  40.58 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  42.33 
 
 		 324 aa  166  6.9999999999999995e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3102  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.89 
 
 		 330 aa  165  9e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0194792  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  40.31 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.75 
 
 		 317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.4 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.16 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.24 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.56 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.07 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  42.61 
 
 		 319 aa  159  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.07 
 
 		 316 aa  159  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1529  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.44 
 
 		 317 aa  158  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.292471  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  41.58 
 
 		 322 aa  157  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.03 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  41.01 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.76 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  38.36 
 
 		 325 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.46 
 
 		 319 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.87 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.27 
 
 		 320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.65 
 
 		 319 aa  155  9e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  37.34 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  41.55 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  34.94 
 
 		 315 aa  152  7e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.36 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>