52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0968 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  100 
 
 		 412 aa  808    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  44.85 
 
 		 406 aa  308  8e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  46.88 
 
 		 417 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  46.25 
 
 		 415 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  45.73 
 
 		 431 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  40.98 
 
 		 415 aa  265  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  32.55 
 
 		 379 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.81 
 
 		 390 aa  136  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  30.58 
 
 		 367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.8 
 
 		 368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  30.32 
 
 		 367 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  29.58 
 
 		 379 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  30.32 
 
 		 385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  28.94 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  29.31 
 
 		 366 aa  106  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.73 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  27.85 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  29.06 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  28.95 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  30.06 
 
 		 412 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  26.77 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.61 
 
 		 393 aa  98.2  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.49 
 
 		 392 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.82 
 
 		 402 aa  97.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.19 
 
 		 516 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  30.36 
 
 		 494 aa  94  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27 
 
 		 495 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  26.25 
 
 		 466 aa  92.4  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  29.46 
 
 		 407 aa  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.21 
 
 		 372 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.03 
 
 		 523 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.03 
 
 		 420 aa  87  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.16 
 
 		 552 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  26.62 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  26.62 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  29.3 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.46 
 
 		 384 aa  74.3  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.93 
 
 		 374 aa  73.9  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  25 
 
 		 436 aa  63.5  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  33.86 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  33.86 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  23.2 
 
 		 337 aa  59.3  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  27.17 
 
 		 424 aa  54.7  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  24.07 
 
 		 279 aa  53.9  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  26.03 
 
 		 283 aa  51.2  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.88 
 
 		 399 aa  51.2  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  21.9 
 
 		 418 aa  49.7  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  27.47 
 
 		 389 aa  48.9  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  23.72 
 
 		 293 aa  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  24.14 
 
 		 395 aa  47  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  26.49 
 
 		 316 aa  45.8  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  25.91 
 
 		 399 aa  44.7  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>