More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0542 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0542  ABC transporter related  100 
 
 		 346 aa  699    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.999499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0122  ABC transporter related  46.29 
 
 		 347 aa  318  1e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.617953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1465  ABC transporter related  50.63 
 
 		 371 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.778579  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3233  ABC transporter related  47.7 
 
 		 344 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.611679  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2479  ABC transporter related  48.12 
 
 		 339 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1077  ABC transporter related  48.6 
 
 		 382 aa  301  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2734  ABC transporter related  48.12 
 
 		 339 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.367354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1946  ABC transporter related  46.05 
 
 		 353 aa  291  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259748 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3201  ABC transporter component  51.54 
 
 		 359 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1606  ABC transporter related  40.11 
 
 		 394 aa  265  8e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.256543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1592  ABC transporter related  41.52 
 
 		 356 aa  264  2e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.911818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17640  polyamine transport protein PotA  41.76 
 
 		 363 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1534  polyamine transport protein PotA  42.58 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4455  ABC transporter related  43.79 
 
 		 369 aa  259  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.044613  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4651  ABC transporter related  43.86 
 
 		 367 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3447  ABC transporter related  43.34 
 
 		 332 aa  259  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3637  ABC transporter related  43.45 
 
 		 347 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671698  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3556  ABC transporter related  40.85 
 
 		 359 aa  258  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1287  ABC transporter related  43.31 
 
 		 338 aa  257  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0254  ABC transporter related  45.79 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0297  ABC transporter related  43.3 
 
 		 359 aa  258  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.292775  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1537  ABC transporter related  44.26 
 
 		 355 aa  256  3e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0442847  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.46 
 
 		 380 aa  256  3e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3496  ABC transporter related  38.78 
 
 		 386 aa  256  3e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149399  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4842  ABC transporter related  43.93 
 
 		 332 aa  256  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0971  ABC transporter related  46.91 
 
 		 334 aa  255  9e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.103941 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1586  ABC transporter related  43.58 
 
 		 355 aa  255  9e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0281  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.92 
 
 		 354 aa  255  9e-67  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0225  ABC transporter related  43.2 
 
 		 349 aa  255  9e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.676299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4680  ABC transporter related  43.89 
 
 		 358 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0063  ABC transporter related  42.86 
 
 		 364 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4431  ABC transporter related  40.65 
 
 		 363 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140949  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1484  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  41.83 
 
 		 343 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.0950127 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2398  ABC transporter  38.98 
 
 		 384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0142955  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1047  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.29 
 
 		 345 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330018  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  39.27 
 
 		 384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0750  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter ATPase  41.02 
 
 		 363 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0659663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  38.57 
 
 		 361 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3315  ABC transporter related  46.88 
 
 		 342 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0775191  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0823  ABC transporter related  46.18 
 
 		 364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  39.14 
 
 		 361 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.57 
 
 		 361 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5505  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.86 
 
 		 362 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690258  normal  0.0976565 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.12 
 
 		 343 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2180  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  41.47 
 
 		 346 aa  253  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.23 
 
 		 364 aa  253  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0283  ABC transporter related  45.12 
 
 		 353 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.157903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5058  ABC transporter related  40.34 
 
 		 360 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.0933032 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4721  ABC transporter related  44.56 
 
 		 353 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4660  ABC transporter related  44.41 
 
 		 347 aa  253  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.934636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2481  ABC transporter related  46.05 
 
 		 316 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.869915  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5570  ABC transporter related protein  50.83 
 
 		 365 aa  253  4.0000000000000004e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1090  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.55 
 
 		 369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.460702  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3749  ABC transporter related  41.47 
 
 		 332 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1692  ABC transporter-related protein  44.63 
 
 		 355 aa  253  5.000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.291181 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1348  ABC transporter related  40.99 
 
 		 367 aa  252  5.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.232796  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1646  putrescine transporter ATP-binding subunit  41.52 
 
 		 377 aa  252  6e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.103128 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2119  ABC transporter related  43.29 
 
 		 355 aa  252  6e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5579  ABC transporter related  42.73 
 
 		 361 aa  251  9.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151489  normal  0.157659 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3843  ABC transporter related  43.7 
 
 		 353 aa  251  9.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4690  ABC transporter related  44.22 
 
 		 353 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.219476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3796  ABC transporter related  42.16 
 
 		 332 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.680907 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  42.49 
 
 		 373 aa  251  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4119  ABC transporter related  40.82 
 
 		 338 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.430229  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1888  ABC transporter related  44.92 
 
 		 359 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.2512 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2355  ABC transporter related  42.06 
 
 		 333 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3647  ABC transporter related  45.51 
 
 		 355 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.265226 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.9 
 
 		 363 aa  251  2e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1098  ABC transporter related  43.71 
 
 		 352 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1117  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.25 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.417968  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2864  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  42.12 
 
 		 368 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0758  ABC transporter related  42.77 
 
 		 365 aa  251  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3343  ABC transporter related protein  40.41 
 
 		 348 aa  249  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2056  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  41.07 
 
 		 355 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.938805  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0312  ABC transporter related  48.55 
 
 		 363 aa  250  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.982046  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1684  ABC transporter related  40 
 
 		 332 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.980555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5605  ABC transporter related  43.11 
 
 		 325 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.73396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4123  ABC transporter related  41.4 
 
 		 367 aa  250  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.61 
 
 		 355 aa  250  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1177  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  45.68 
 
 		 331 aa  249  4e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1179  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  45.68 
 
 		 331 aa  249  4e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00519424  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6516  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  40.99 
 
 		 406 aa  249  4e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.268585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1952  ABC transporter related  38.42 
 
 		 382 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  44.14 
 
 		 349 aa  249  4e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1398  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  45.68 
 
 		 327 aa  249  5e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.240911  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5708  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  41.24 
 
 		 366 aa  249  5e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1199  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.68 
 
 		 331 aa  249  5e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00119118  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1297  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.68 
 
 		 331 aa  249  5e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6541  ABC transporter related  40.92 
 
 		 359 aa  249  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131089 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1375  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  45.68 
 
 		 327 aa  249  5e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000557634 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1439  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  45.68 
 
 		 327 aa  249  5e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000273581  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2039  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  35.31 
 
 		 356 aa  249  6e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1702  ABC transporter related  43.53 
 
 		 359 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2664  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  44.37 
 
 		 384 aa  249  6e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379028  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0973  ABC transporter related protein  42.39 
 
 		 364 aa  249  6e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3323  ABC transporter related  44.3 
 
 		 354 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.89405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0636  ABC transporter related  42.07 
 
 		 380 aa  249  6e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0274  ABC transporter related  49.39 
 
 		 368 aa  249  6e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.533134 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2401  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.09 
 
 		 355 aa  249  6e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4361  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.72 
 
 		 362 aa  248  8e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000264978  normal  0.276396 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>