More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0205 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0205  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  564  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.131478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2521  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 270 aa  222  4.9999999999999996e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146883  normal  0.194873 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0805  transcriptional regulator LysR family  34.29 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0306  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1124  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107658 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0403  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283636  hitchhiker  0.00259911 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0971  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0661405  normal  0.865045 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  31.89 
 
 		 312 aa  102  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  96.3  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 313 aa  95.9  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5812  LysR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 208 aa  95.5  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0557291 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 313 aa  92.8  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 313 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 298 aa  89.7  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 308 aa  89  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 294 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.86 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 311 aa  85.9  7e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4092  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.141925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.23 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  30.9 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4348  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.311004 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  27.92 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 328 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4156  transcriptional regulator, LysR family  26.5 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.638472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 328 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3369  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  26.18 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2389  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  25.27 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 316 aa  72.4  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 294 aa  72  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 319 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  27.41 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  27.04 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  28.64 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 283 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  32.81 
 
 		 328 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.95 
 
 		 281 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6193  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>