More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3798 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
593 aa  1186    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  65.87 
 
 
590 aa  692    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  62.35 
 
 
610 aa  669    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.22 
 
 
545 aa  619  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.33 
 
 
609 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  60.44 
 
 
677 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.16 
 
 
787 aa  602  1.0000000000000001e-171  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.64 
 
 
545 aa  597  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  55.98 
 
 
659 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  55.67 
 
 
673 aa  588  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.79 
 
 
776 aa  585  1e-166  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  53.55 
 
 
691 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.61 
 
 
651 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.96 
 
 
659 aa  581  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.37 
 
 
583 aa  569  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  56.99 
 
 
679 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  57.9 
 
 
656 aa  567  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.59 
 
 
626 aa  567  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.41 
 
 
574 aa  565  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.74 
 
 
644 aa  561  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.5 
 
 
568 aa  558  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.57 
 
 
577 aa  560  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.59 
 
 
596 aa  561  1e-158  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.3 
 
 
568 aa  555  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.08 
 
 
691 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.19 
 
 
764 aa  553  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.08 
 
 
626 aa  551  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.17 
 
 
567 aa  549  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.9 
 
 
626 aa  548  1e-154  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.37 
 
 
793 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.53 
 
 
687 aa  538  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  53.76 
 
 
706 aa  529  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.4 
 
 
585 aa  525  1e-147  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.88 
 
 
730 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  53.38 
 
 
710 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  58.85 
 
 
602 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.07 
 
 
505 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.3 
 
 
565 aa  490  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.15 
 
 
565 aa  488  1e-136  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  54.27 
 
 
565 aa  486  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  64.89 
 
 
340 aa  355  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.15 
 
 
527 aa  282  2e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.16 
 
 
533 aa  278  2e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.22 
 
 
594 aa  277  4e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.65 
 
 
532 aa  276  6e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.36 
 
 
632 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.53 
 
 
558 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.87 
 
 
664 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.24 
 
 
653 aa  271  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.87 
 
 
664 aa  271  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.87 
 
 
664 aa  271  2.9999999999999997e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.12 
 
 
624 aa  267  4e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.02 
 
 
571 aa  266  5.999999999999999e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0067613  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.55 
 
 
625 aa  265  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.58 
 
 
590 aa  265  1e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.68 
 
 
643 aa  265  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2267  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.14 
 
 
561 aa  265  2e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.84 
 
 
529 aa  265  2e-69  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3389  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.82 
 
 
590 aa  264  4e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03029  ATP-dependent RNA helicase  32.33 
 
 
629 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0543  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.33 
 
 
629 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  33.58 
 
 
606 aa  263  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.33 
 
 
629 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3458  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.33 
 
 
629 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.438364 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3354  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.33 
 
 
651 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02980  hypothetical protein  32.33 
 
 
629 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3644  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.33 
 
 
651 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3609  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.33 
 
 
651 aa  263  4.999999999999999e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.33 
 
 
629 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419869 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2250  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.5 
 
 
574 aa  262  1e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.460178  normal  0.714612 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.15 
 
 
629 aa  262  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  35.35 
 
 
570 aa  262  1e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.15 
 
 
629 aa  262  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.15 
 
 
629 aa  262  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.15 
 
 
629 aa  262  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.14 
 
 
584 aa  261  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0522  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.8 
 
 
562 aa  261  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3635  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.15 
 
 
629 aa  261  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  32.03 
 
 
589 aa  261  3e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.89 
 
 
530 aa  261  3e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  35.5 
 
 
561 aa  261  3e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0626  inducible ATP-independent RNA helicase  32.82 
 
 
591 aa  260  5.0000000000000005e-68  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2473  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.74 
 
 
530 aa  259  8e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  31.84 
 
 
601 aa  259  8e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1182  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.94 
 
 
541 aa  259  9e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00431867  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.37 
 
 
621 aa  259  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0456  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.21 
 
 
546 aa  258  2e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.441946  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0145  ATP-dependent RNA helicase  35.25 
 
 
579 aa  258  2e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432053  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.48 
 
 
514 aa  257  5e-67  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.85 
 
 
637 aa  256  7e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.15 
 
 
550 aa  256  9e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.21 
 
 
546 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.77 
 
 
541 aa  256  1.0000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.24 
 
 
627 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.835563  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.23 
 
 
532 aa  255  2.0000000000000002e-66  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.31 
 
 
527 aa  254  3e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.35 
 
 
640 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.64 
 
 
565 aa  254  4.0000000000000004e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3981  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.21 
 
 
557 aa  254  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124844  normal  0.0163927 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4041  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.21 
 
 
557 aa  254  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>