More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1285 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
425 aa  834    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.04 
 
 
451 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.89 
 
 
470 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.04 
 
 
451 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.04 
 
 
458 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.42 
 
 
451 aa  302  9e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1686  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  61.11 
 
 
378 aa  295  8e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104208  hitchhiker  0.00189944 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  49.39 
 
 
471 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.26 
 
 
463 aa  295  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0051  Torf protein  61.11 
 
 
378 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  49.1 
 
 
471 aa  292  7e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  49.7 
 
 
470 aa  292  8e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  58 
 
 
378 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.125212  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.58 
 
 
447 aa  287  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  49.4 
 
 
473 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  48.44 
 
 
445 aa  286  5.999999999999999e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.79 
 
 
481 aa  285  8e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.68 
 
 
435 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.61 
 
 
469 aa  284  2.0000000000000002e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.51 
 
 
452 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.43 
 
 
497 aa  283  4.0000000000000003e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.47 
 
 
446 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.16 
 
 
446 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  47.15 
 
 
446 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.59 
 
 
446 aa  281  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  46.88 
 
 
446 aa  280  4e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.01 
 
 
433 aa  280  5e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.71 
 
 
446 aa  279  5e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  48.16 
 
 
446 aa  279  5e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.51 
 
 
447 aa  279  6e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.4 
 
 
448 aa  279  7e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.75 
 
 
450 aa  277  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  49.54 
 
 
457 aa  276  4e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  46.79 
 
 
434 aa  276  4e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  47.76 
 
 
443 aa  276  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
469 aa  276  6e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  46.75 
 
 
449 aa  275  8e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.2 
 
 
436 aa  275  8e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.9 
 
 
452 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.71 
 
 
447 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.71 
 
 
447 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.4 
 
 
447 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.4 
 
 
447 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.47 
 
 
444 aa  271  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  45.17 
 
 
437 aa  271  1e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  44.86 
 
 
437 aa  271  1e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  43.98 
 
 
469 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  42.77 
 
 
478 aa  269  8e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  49.06 
 
 
455 aa  268  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  43.53 
 
 
479 aa  268  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  42.82 
 
 
469 aa  268  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  47.78 
 
 
449 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  42.65 
 
 
446 aa  266  4e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
473 aa  265  8e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.96 
 
 
433 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.85 
 
 
457 aa  261  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.2 
 
 
453 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.57 
 
 
469 aa  259  7e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.04 
 
 
457 aa  259  8e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.02 
 
 
459 aa  258  1e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.15 
 
 
451 aa  257  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
476 aa  257  3e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  43.95 
 
 
342 aa  256  6e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.95 
 
 
342 aa  256  6e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.37 
 
 
452 aa  256  7e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.05 
 
 
461 aa  255  9e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.74 
 
 
461 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  44.74 
 
 
461 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.74 
 
 
461 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.74 
 
 
461 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  44.74 
 
 
461 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.18 
 
 
480 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.63 
 
 
342 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  46.95 
 
 
466 aa  252  9.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.02 
 
 
456 aa  252  1e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.5 
 
 
485 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.5 
 
 
483 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.32 
 
 
459 aa  251  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.18 
 
 
483 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.7 
 
 
457 aa  250  3e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.57 
 
 
453 aa  250  3e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4153  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.18 
 
 
466 aa  250  4e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.11717 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.71 
 
 
488 aa  249  5e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.525369 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1657  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.03 
 
 
456 aa  249  5e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0365007  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.81 
 
 
464 aa  249  5e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0380  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
522 aa  249  6e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0200588 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.43 
 
 
575 aa  249  7e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  43.29 
 
 
531 aa  249  8e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.17 
 
 
451 aa  247  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.25 
 
 
455 aa  247  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  40.42 
 
 
522 aa  246  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  49.35 
 
 
448 aa  246  4.9999999999999997e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0214  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.55 
 
 
455 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.662344 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.15 
 
 
477 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.08 
 
 
462 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  44.87 
 
 
441 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.03 
 
 
458 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.44 
 
 
455 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.48 
 
 
452 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  46.1 
 
 
517 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>