More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0929 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
239 aa  479  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
256 aa  180  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
250 aa  171  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
249 aa  169  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
250 aa  166  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  38.78 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
251 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  41.63 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  37.65 
 
 
247 aa  162  6e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
252 aa  161  7e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
251 aa  159  4e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
271 aa  158  6e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0242  Short-chain alcohol dehydrogenase  39.2 
 
 
253 aa  157  9e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
250 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
252 aa  157  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
248 aa  155  4e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1368  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
261 aa  155  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
274 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
250 aa  155  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.84 
 
 
246 aa  153  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
246 aa  152  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
244 aa  152  4e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
256 aa  152  5e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
249 aa  152  7e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
253 aa  151  8e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.27 
 
 
250 aa  151  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0875  short chain dehydrogenase  39.61 
 
 
259 aa  150  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0875261  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
251 aa  150  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7132  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
257 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.928828  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
260 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  36.05 
 
 
258 aa  149  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
249 aa  148  8e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.65 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.6 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.55 
 
 
288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.6 
 
 
246 aa  146  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
254 aa  145  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.677514  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
245 aa  145  5e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
248 aa  145  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000504993 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
259 aa  145  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
247 aa  145  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
248 aa  145  6e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.37 
 
 
244 aa  145  8.000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.806753 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7123  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
249 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
261 aa  144  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.02 
 
 
239 aa  144  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  36.72 
 
 
259 aa  144  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
255 aa  144  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
255 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
255 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
295 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
249 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3534  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase  38.93 
 
 
244 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
258 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
250 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
258 aa  143  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
253 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  37.5 
 
 
256 aa  142  5e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1174  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
252 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.252044 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  142  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
262 aa  141  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
261 aa  141  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.877905  normal  0.0437007 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
257 aa  141  9e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
255 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00771979  normal  0.364643 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
251 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
268 aa  140  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
255 aa  139  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
252 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
252 aa  139  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
269 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
259 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3121  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
259 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
259 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
249 aa  138  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  39.53 
 
 
261 aa  139  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  38.08 
 
 
260 aa  138  7e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>