58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4359 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4359  general secretion pathway protein C  100 
 
 		 303 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4735  general secretion pathway protein C  80.13 
 
 		 301 aa  501  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000515077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0143  general secretion pathway protein C  75.08 
 
 		 305 aa  471  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3620  general secretion pathway protein C  75.82 
 
 		 305 aa  450  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00688552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0150  general secretion pathway protein C  68.93 
 
 		 308 aa  427  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00215157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0155  general secretion pathway protein C  69.26 
 
 		 308 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0113591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0152  general secretion pathway protein C  68.39 
 
 		 309 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.641233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0148  general secretion pathway protein C  68.39 
 
 		 309 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4207  general secretion pathway protein C  68.39 
 
 		 309 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000718713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0152  general secretion pathway protein C  68.39 
 
 		 309 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30752  normal  0.16929 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0104  general secretion pathway protein C  67.87 
 
 		 304 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0150  general secretion pathway protein C  68.93 
 
 		 308 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.752354  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0165  general secretion pathway protein C  68.28 
 
 		 308 aa  423  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3568  general secretion pathway protein C  68.28 
 
 		 308 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00690915  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0168  general secretion pathway protein C  64.4 
 
 		 307 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0176873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0120  type II secretion system protein C  63.93 
 
 		 303 aa  377  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000735781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4592  general secretion pathway protein C  37.87 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03955  general secretion pathway protein C  38.68 
 
 		 307 aa  195  6e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0096  general secretion pathway protein C  38.72 
 
 		 277 aa  193  3e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.140441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0230  general secretion pathway protein C  36.36 
 
 		 284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001893  general secretion pathway protein C  37.46 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2925  general secretion pathway protein C  37.98 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00600  zinc metallopeptidase  35.31 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2307  general secretion pathway protein C  36.24 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1411  general secretion pathway protein C  35.48 
 
 		 290 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2861  general secretion pathway protein C  39.02 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3581  general secretion pathway protein C  29.97 
 
 		 323 aa  115  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.703805  normal  0.317854 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2402  general secretion pathway protein C  28.87 
 
 		 328 aa  112  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237406  hitchhiker  0.00100026 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1469  general secretion pathway protein C  29.67 
 
 		 274 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.954989  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1298  general secretion pathway protein C  26.55 
 
 		 272 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0224  general secretion pathway protein C  29.28 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0002  general secretion pathway protein C  29.26 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.856958  normal  0.237385 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3139  putative type II secretion protein GspC  26.74 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02789  hypothetical protein  26.71 
 
 		 276 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000559492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02839  predicted secretion pathway protein, C-type protein  26.71 
 
 		 276 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000549793  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3428  putative type II secretion protein GspC  26.87 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3248  putative type II secretion protein GspC  27.08 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0726  general secretion pathway protein C  26.1 
 
 		 284 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2028  general secretion pathway protein C  25.98 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2376  general secretion pathway protein C  22.05 
 
 		 359 aa  70.5  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.490477  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0140  general secretion pathway protein C  23.01 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0249  hypothetical protein  24.49 
 
 		 259 aa  62.4  0.000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00883556  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2590  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  25.27 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2607  general secretion pathway protein C  24.11 
 
 		 317 aa  55.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144051  normal  0.867603 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4252  hypothetical protein  37.14 
 
 		 177 aa  52.8  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760837 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1040  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  23.15 
 
 		 293 aa  50.4  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000638276  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03175  general secretory pathway component, cryptic  23.91 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.016563  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03126  hypothetical protein  23.91 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.013931  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0389  general secretion pathway protein C  23.91 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  0.017456 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3518  general secretion pathway protein C  23.91 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000156607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0389  general secretion pathway protein C  23.91 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000776949  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1348  hypothetical protein  28.77 
 
 		 218 aa  48.1  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.671423  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0684  Type II secretory pathway component PulC-like protein  25.21 
 
 		 292 aa  45.4  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000617001  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0611  type II secretory pathway component PulC-like protein  22.5 
 
 		 296 aa  44.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78694e-21 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0731  hypothetical protein  24.47 
 
 		 342 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0148909  normal  0.986214 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1003  general secretion pathway protein C  21.6 
 
 		 167 aa  43.5  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0952  general secretion pathway protein C-like protein  21.6 
 
 		 167 aa  43.5  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.257011  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1955  putative general secretion pathway protein  22.79 
 
 		 300 aa  43.1  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00138161  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>