87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0728 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0728  OstA family protein  100 
 
 		 217 aa  433  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.201644 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4238  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  76.19 
 
 		 196 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000789736 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3309  OstA family protein  77.78 
 
 		 181 aa  278  4e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000684229  normal  0.786006 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  68.28 
 
 		 184 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  68.28 
 
 		 184 aa  254  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  68.28 
 
 		 184 aa  254  7e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  68.28 
 
 		 184 aa  254  7e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3614  cell envelope biogenesis YhbN  69.52 
 
 		 179 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0599225  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  68.28 
 
 		 183 aa  249  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0675  OstA family protein  67.74 
 
 		 183 aa  248  5e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.155422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0674  OstA family protein  68.28 
 
 		 183 aa  248  5e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20726  normal  0.0960529 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0717  OstA family protein  67.2 
 
 		 184 aa  246  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.184609  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3959  hypothetical protein  68.28 
 
 		 183 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0491  OstA-like protein  63.86 
 
 		 184 aa  209  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3375  OstA family protein  58.62 
 
 		 193 aa  202  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.25365  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3086  OstA-like protein  49.73 
 
 		 184 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431766  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  41.77 
 
 		 184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  34.73 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  39.24 
 
 		 166 aa  108  8.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.23 
 
 		 190 aa  107  9.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  36.81 
 
 		 190 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  34.94 
 
 		 172 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  40.44 
 
 		 164 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4541  OstA family protein  37.43 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  41.18 
 
 		 164 aa  105  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  39.16 
 
 		 179 aa  105  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.37 
 
 		 202 aa  103  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0566  OstA-like protein  37.65 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.256416  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.52 
 
 		 189 aa  99.8  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.2 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.2 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.2 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.2 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.2 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.93 
 
 		 157 aa  94.7  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.16 
 
 		 185 aa  92  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.16 
 
 		 185 aa  92  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.16 
 
 		 185 aa  92  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.16 
 
 		 185 aa  92  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.16 
 
 		 185 aa  92  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.16 
 
 		 185 aa  92  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.16 
 
 		 185 aa  92  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.62 
 
 		 185 aa  89  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  32.62 
 
 		 185 aa  89  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.74 
 
 		 179 aa  88.2  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.25 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.56 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.56 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.07 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0899  hypothetical protein  29.38 
 
 		 169 aa  64.7  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0868  hypothetical protein  28.75 
 
 		 169 aa  63.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  32.14 
 
 		 179 aa  62.8  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  28.88 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  31.41 
 
 		 189 aa  62  0.000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  28.48 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  30.06 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.94 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  30.32 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  28.39 
 
 		 184 aa  57.8  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  27.72 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  29.14 
 
 		 175 aa  57  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0758  hypothetical protein  29.7 
 
 		 176 aa  57  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02229  hypothetical protein  33.33 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.70202  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  28.99 
 
 		 188 aa  54.3  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2124  OstA family protein  27.54 
 
 		 175 aa  54.3  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0956  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.45 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226208 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  27.98 
 
 		 175 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  26.79 
 
 		 175 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2416  cell envelope biogenesis YhbN  29.3 
 
 		 175 aa  52.4  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.972183  normal  0.0334942 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.82 
 
 		 180 aa  50.8  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.57 
 
 		 174 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  25.33 
 
 		 161 aa  47.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.68 
 
 		 182 aa  45.8  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  28.68 
 
 		 182 aa  45.8  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0760  hypothetical protein  31.36 
 
 		 171 aa  45.4  0.0006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.879513  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1205  cell envelope biogenesis protein YhbN  31.36 
 
 		 171 aa  45.4  0.0006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  26.09 
 
 		 167 aa  45.1  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  25.62 
 
 		 181 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  26.4 
 
 		 190 aa  42.7  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  31.18 
 
 		 177 aa  43.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4145  OstA-like protein  26.21 
 
 		 182 aa  42.4  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  25 
 
 		 174 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25 
 
 		 174 aa  42.7  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  25 
 
 		 174 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4451  ostA family protein  26.03 
 
 		 182 aa  42  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.953915  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  26.14 
 
 		 176 aa  41.6  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.03 
 
 		 170 aa  41.6  0.01  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>