288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2406 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_2406  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 
812 aa  1634    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1679  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.16 
 
 
847 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6324  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.03 
 
 
830 aa  445  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.798758  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.03 
 
 
830 aa  445  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0491  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.59 
 
 
793 aa  424  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4928  fimbrial usher protein  31.64 
 
 
802 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4894  fimbrial usher protein  31.89 
 
 
802 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4980  fimbrial usher protein  31.51 
 
 
802 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.39 
 
 
783 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4479  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.57 
 
 
913 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3870  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.81 
 
 
792 aa  270  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3782  fimbrial usher protein  26.81 
 
 
792 aa  269  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0670  fimbrial usher protein  26.69 
 
 
792 aa  267  5e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0189299  normal  0.787892 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0163  fimbrial usher family protein  27.16 
 
 
789 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1631  putative fimbrial usher protein  27.16 
 
 
855 aa  234  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.44 
 
 
844 aa  189  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.127861 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  27.31 
 
 
838 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.07 
 
 
831 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  27.31 
 
 
838 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  27.31 
 
 
838 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  27.19 
 
 
838 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.19 
 
 
838 aa  184  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.49 
 
 
837 aa  183  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  26.95 
 
 
863 aa  183  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  26.03 
 
 
837 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.95 
 
 
838 aa  179  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  26.45 
 
 
901 aa  178  3e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.23 
 
 
850 aa  176  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  26.51 
 
 
833 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  26.37 
 
 
850 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  26.73 
 
 
833 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  26.25 
 
 
833 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.33 
 
 
901 aa  175  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3835  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.92 
 
 
857 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.322059 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.85 
 
 
872 aa  174  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0431  outer membrane fimbrial usher protein  26.3 
 
 
853 aa  171  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000247284 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0371  outer membrane fimbrial usher protein  26.18 
 
 
853 aa  170  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0369  outer membrane fimbrial usher protein  26.3 
 
 
853 aa  170  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0391  outer membrane fimbrial usher protein  26.35 
 
 
853 aa  168  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0860729  normal  0.0225647 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.56 
 
 
850 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0378  outer membrane fimbrial usher protein  26.32 
 
 
853 aa  167  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  26.32 
 
 
842 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  26.53 
 
 
842 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.44 
 
 
851 aa  163  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  27.64 
 
 
939 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.86 
 
 
875 aa  162  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.86 
 
 
875 aa  162  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  26.19 
 
 
842 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  27.14 
 
 
913 aa  160  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.01 
 
 
833 aa  160  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.09 
 
 
852 aa  159  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  27.02 
 
 
914 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.31 
 
 
832 aa  159  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  26.96 
 
 
914 aa  158  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0084  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.4 
 
 
818 aa  158  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0614  fimbrial usher protein  25.79 
 
 
826 aa  158  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0695  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.43 
 
 
826 aa  155  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.54 
 
 
880 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  24.19 
 
 
865 aa  155  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.53 
 
 
884 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.65 
 
 
866 aa  154  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0252  fimbrial usher protein  26.41 
 
 
826 aa  154  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00772695  hitchhiker  0.00000864074 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.38 
 
 
1040 aa  154  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.27 
 
 
867 aa  154  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.51 
 
 
852 aa  154  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.23 
 
 
861 aa  153  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  24.67 
 
 
851 aa  153  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.71 
 
 
929 aa  152  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  24.7 
 
 
888 aa  152  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.86 
 
 
930 aa  151  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.26 
 
 
887 aa  150  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.66 
 
 
852 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.93 
 
 
866 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  26.94 
 
 
844 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2384  fimbrial usher protein  24.05 
 
 
829 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0771751  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2295  fimbrial usher protein  24.05 
 
 
829 aa  148  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  24.67 
 
 
848 aa  147  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.71 
 
 
841 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  23.94 
 
 
869 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  24.31 
 
 
848 aa  147  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  24.31 
 
 
848 aa  147  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  24.3 
 
 
869 aa  146  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  25.28 
 
 
870 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  24.3 
 
 
869 aa  146  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  24.3 
 
 
869 aa  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  24.19 
 
 
848 aa  146  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.68 
 
 
871 aa  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  25.17 
 
 
870 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.43 
 
 
864 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  25.84 
 
 
883 aa  145  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  25.97 
 
 
875 aa  145  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.17 
 
 
869 aa  144  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.86 
 
 
851 aa  144  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  23.11 
 
 
866 aa  144  8e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.03 
 
 
863 aa  143  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.78 
 
 
883 aa  143  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  24.3 
 
 
839 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  24.94 
 
 
870 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  24.89 
 
 
870 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  24.14 
 
 
854 aa  142  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>