More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5698 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 299 aa  603  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  59.35 
 
 		 284 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  55.91 
 
 		 304 aa  292  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  59.71 
 
 		 284 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  59.71 
 
 		 284 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  59.71 
 
 		 284 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 284 aa  288  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  59.07 
 
 		 291 aa  287  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 284 aa  287  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 284 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 284 aa  287  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 284 aa  287  1e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  59.21 
 
 		 284 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  58.63 
 
 		 284 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  59.71 
 
 		 284 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  59.71 
 
 		 284 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  59.71 
 
 		 284 aa  285  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  57.45 
 
 		 284 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  58.4 
 
 		 284 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  58.76 
 
 		 278 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  59.72 
 
 		 289 aa  278  7e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  55.68 
 
 		 296 aa  276  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  53.52 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  53.52 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  54.74 
 
 		 282 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  60.22 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  54.15 
 
 		 289 aa  270  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  54.18 
 
 		 282 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  54.18 
 
 		 282 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  56.32 
 
 		 284 aa  266  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  55.23 
 
 		 289 aa  266  5e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  54.18 
 
 		 282 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  51.61 
 
 		 286 aa  265  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  53.48 
 
 		 289 aa  252  6e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  54.64 
 
 		 292 aa  241  7e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  49.49 
 
 		 310 aa  228  8e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  47.5 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  47.86 
 
 		 293 aa  223  4e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  48.36 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  43.12 
 
 		 276 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  41.76 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.96 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  31.92 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  28.89 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 278 aa  126  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 286 aa  125  6e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 284 aa  125  6e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  27.08 
 
 		 280 aa  123  3e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.26 
 
 		 271 aa  122  5e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 		 286 aa  122  6e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 280 aa  122  6e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.43 
 
 		 271 aa  122  8e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 279 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.91 
 
 		 290 aa  119  3.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.26 
 
 		 271 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.18 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.64 
 
 		 284 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 279 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 		 268 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 		 268 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.53 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.88 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 271 aa  114  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1281  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  33.55 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 285 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  29.76 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  27.47 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  30.55 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  27.24 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 265 aa  102  6e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  27.68 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  32.52 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  29.7 
 
 		 276 aa  102  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  30.18 
 
 		 284 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  27.68 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  27.68 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 291 aa  102  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  30.97 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>