More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2679 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  99.14 
 
 		 350 aa  717    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 350 aa  723    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  85.98 
 
 		 328 aa  593  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  85.98 
 
 		 337 aa  580  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  78.12 
 
 		 324 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  76.56 
 
 		 324 aa  517  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  76.56 
 
 		 324 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  76.56 
 
 		 324 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  76.25 
 
 		 324 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  49.85 
 
 		 321 aa  341  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 321 aa  300  3e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 321 aa  300  4e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 330 aa  281  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  45.91 
 
 		 318 aa  269  5e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 322 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 322 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 322 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  30.11 
 
 		 332 aa  87.4  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 321 aa  86.7  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  23.42 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  25.82 
 
 		 324 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  27.32 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  25.1 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 326 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  25.85 
 
 		 316 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  23.76 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  32.76 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  28.11 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 308 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 314 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  27.22 
 
 		 323 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  23.04 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.85 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 317 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  27.75 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.32 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  26.94 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 317 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.56 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  26.99 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2491  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5069  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.256969 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  26.18 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01219  putative LysR-family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  23 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3530  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 345 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  29.88 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 316 aa  57  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5360  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 345 aa  57  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516631  normal  0.350489 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3896  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 345 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590324  normal  0.42297 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  25.17 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3624  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0663919  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.71 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 323 aa  55.8  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>