103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3859 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3859  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 103 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0153162 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4196  transcriptional regulator, XRE family  86 
 
 		 103 aa  185  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  54.26 
 
 		 104 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3893  XRE family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 107 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2553  DNA-binding transcriptional regulator  55.84 
 
 		 87 aa  97.8  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1541  XRE family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 103 aa  88.6  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000893114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0429  XRE family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 109 aa  84  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0144  transcriptional regulator, XRE family  44.94 
 
 		 109 aa  84  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000142855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2452  hypothetical protein  42.42 
 
 		 126 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0103897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28130  hypothetical protein  44.57 
 
 		 114 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00390916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4123  transcriptional regulator, XRE family  41.86 
 
 		 111 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000445956  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3154  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 102 aa  78.2  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000123737  hitchhiker  0.00000000000122255 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5932  transcriptional regulator, XRE family  38.37 
 
 		 95 aa  78.6  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4267  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 108 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000043882  hitchhiker  0.0000172239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4121  transcriptional regulator, XRE family  38.2 
 
 		 105 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00277725  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6926  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 110 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6488  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 107 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4406  transcriptional regulator, XRE family  38.37 
 
 		 108 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4266  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 111 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000773837  hitchhiker  0.00000479642 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0430  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 119 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00281269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6784  XRE family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 112 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118297 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3225  transcriptional regulator, XRE family  41.56 
 
 		 93 aa  67.8  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3425  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 86 aa  65.5  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0260423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3494  I C protein  34.67 
 
 		 103 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3724  DNA binding protein  42.86 
 
 		 118 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4126  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 84 aa  64.3  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0145  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1497  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 85 aa  57.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1691  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 99 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1498  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 92 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3224  transcriptional regulator, XRE family  35.63 
 
 		 88 aa  57.4  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2922  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  hitchhiker  0.000558445 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1513  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1692  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 104 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  40.62 
 
 		 347 aa  46.2  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0791  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 213 aa  46.2  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.49267e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2593  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 116 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  36.92 
 
 		 234 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1512  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 78 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 256 aa  45.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1480  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 198 aa  44.7  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  35.48 
 
 		 400 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 143 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 134 aa  44.7  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  39.68 
 
 		 95 aa  44.3  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  39.68 
 
 		 206 aa  44.3  0.0006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 137 aa  44.3  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  36.92 
 
 		 227 aa  44.3  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 135 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 229 aa  43.5  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 163 aa  43.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  39.34 
 
 		 347 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 184 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  36.07 
 
 		 342 aa  42.4  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  35.06 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 182 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  29.13 
 
 		 151 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 137 aa  42  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 137 aa  42  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 96 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 162 aa  42  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 138 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 184 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  41.2  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 184 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 184 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 147 aa  41.6  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 137 aa  41.2  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1788  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 184 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 140 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0495  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400235  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  35.96 
 
 		 141 aa  41.2  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  30.56 
 
 		 181 aa  41.2  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  30.56 
 
 		 181 aa  41.2  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 116 aa  40.8  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 140 aa  40.8  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 		 139 aa  40.4  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  25.23 
 
 		 122 aa  40.4  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  25.23 
 
 		 122 aa  40.4  0.008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 197 aa  40.4  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  34.33 
 
 		 184 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 110 aa  40.4  0.009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 137 aa  40.4  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 134 aa  40.4  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  31.51 
 
 		 363 aa  40.4  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 231 aa  40  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>