93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4123 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4123  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 111 aa  229  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000445956  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4406  transcriptional regulator, XRE family  86.41 
 
 		 108 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4121  transcriptional regulator, XRE family  68.69 
 
 		 105 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00277725  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6488  transcriptional regulator, XRE family  56.67 
 
 		 107 aa  104  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0144  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 109 aa  97.8  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000142855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4267  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 108 aa  97.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000043882  hitchhiker  0.0000172239 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0429  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 109 aa  97.4  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3154  XRE family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 102 aa  95.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000123737  hitchhiker  0.00000000000122255 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1541  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 103 aa  91.7  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000893114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6926  XRE family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 110 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2452  hypothetical protein  47.78 
 
 		 126 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0103897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28130  hypothetical protein  46.67 
 
 		 114 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00390916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5932  transcriptional regulator, XRE family  50.59 
 
 		 95 aa  89.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0430  XRE family transcriptional regulator  43 
 
 		 119 aa  86.3  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00281269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4266  XRE family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 111 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000773837  hitchhiker  0.00000479642 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3893  XRE family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 107 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0145  transcriptional regulator, XRE family  48.72 
 
 		 119 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3859  XRE family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 103 aa  79  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0153162 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4196  transcriptional regulator, XRE family  41.11 
 
 		 103 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3494  I C protein  43.04 
 
 		 103 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6784  XRE family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 112 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118297 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3425  transcriptional regulator, XRE family  48.61 
 
 		 86 aa  76.6  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0260423  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3225  transcriptional regulator, XRE family  46.75 
 
 		 93 aa  75.1  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4126  XRE family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 84 aa  73.9  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3224  transcriptional regulator, XRE family  45.88 
 
 		 88 aa  73.6  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2922  XRE family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  hitchhiker  0.000558445 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3724  DNA binding protein  47.95 
 
 		 118 aa  71.6  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1497  transcriptional regulator, XRE family  43.84 
 
 		 85 aa  70.9  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1691  transcriptional regulator, XRE family  43.59 
 
 		 99 aa  70.1  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  40.66 
 
 		 104 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2553  DNA-binding transcriptional regulator  40.51 
 
 		 87 aa  65.1  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1692  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 104 aa  65.1  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1513  transcriptional regulator, XRE family  41.33 
 
 		 95 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1498  transcriptional regulator, XRE family  44.16 
 
 		 92 aa  63.5  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1512  putative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 78 aa  54.3  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  40.51 
 
 		 227 aa  51.2  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  39.24 
 
 		 234 aa  50.4  0.000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  32.11 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 137 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  33.65 
 
 		 121 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  30.83 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  35.29 
 
 		 357 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  33.8 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  28.46 
 
 		 135 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  33.68 
 
 		 355 aa  44.7  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  44.7  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 137 aa  44.3  0.0005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 119 aa  44.7  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 143 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  43.33 
 
 		 347 aa  44.3  0.0006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 		 142 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 161 aa  43.9  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  28.46 
 
 		 142 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 166 aa  43.9  0.0008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 135 aa  43.5  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  36.76 
 
 		 347 aa  43.5  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 82 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 174 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  33.67 
 
 		 134 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 370 aa  42.7  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  28.83 
 
 		 134 aa  42.4  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 139 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 139 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 139 aa  42  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 122 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  32.88 
 
 		 356 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 91 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 117 aa  41.6  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  38.81 
 
 		 264 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  38.81 
 
 		 264 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 138 aa  41.2  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 126 aa  41.2  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 138 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  36.56 
 
 		 376 aa  40.8  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  33.66 
 
 		 163 aa  40.8  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 134 aa  40.8  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.62 
 
 		 309 aa  40.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 137 aa  40.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 300 aa  40.4  0.009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 188 aa  40.4  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 139 aa  40  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 352 aa  40  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>