50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4121 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4121  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 105 aa  210  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00277725  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4406  transcriptional regulator, XRE family  75.96 
 
 		 108 aa  157  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4123  transcriptional regulator, XRE family  68.69 
 
 		 111 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000445956  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6488  transcriptional regulator, XRE family  60.44 
 
 		 107 aa  104  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5932  transcriptional regulator, XRE family  56.1 
 
 		 95 aa  93.6  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0429  XRE family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 109 aa  92.8  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0430  XRE family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 119 aa  92.8  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00281269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4267  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 108 aa  92  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000043882  hitchhiker  0.0000172239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1541  XRE family transcriptional regulator  54.32 
 
 		 103 aa  90.9  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000893114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0144  transcriptional regulator, XRE family  49.47 
 
 		 109 aa  90.1  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000142855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3154  XRE family transcriptional regulator  56.96 
 
 		 102 aa  88.6  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000123737  hitchhiker  0.00000000000122255 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4266  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 111 aa  86.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000773837  hitchhiker  0.00000479642 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6926  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 110 aa  84  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2452  hypothetical protein  47.56 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0103897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28130  hypothetical protein  47.56 
 
 		 114 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00390916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0145  transcriptional regulator, XRE family  45.19 
 
 		 119 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1691  transcriptional regulator, XRE family  47.44 
 
 		 99 aa  75.5  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2922  XRE family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 96 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  hitchhiker  0.000558445 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6784  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 112 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118297 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3859  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 103 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0153162 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4196  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 103 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4126  XRE family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 84 aa  73.6  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3225  transcriptional regulator, XRE family  44.16 
 
 		 93 aa  72.8  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3893  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 107 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 104 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3425  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 86 aa  70.9  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0260423  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1692  transcriptional regulator, XRE family  44.87 
 
 		 104 aa  70.9  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1513  transcriptional regulator, XRE family  44.87 
 
 		 95 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3724  DNA binding protein  44.59 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1497  transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 85 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3224  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 88 aa  67.4  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3494  I C protein  44.12 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2553  DNA-binding transcriptional regulator  41.46 
 
 		 87 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1512  putative transcriptional regulator  49.15 
 
 		 78 aa  60.8  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1498  transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 92 aa  59.7  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 142 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 137 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  39.34 
 
 		 82 aa  43.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  33.78 
 
 		 131 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  41.43 
 
 		 137 aa  42  0.003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  33.33 
 
 		 395 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 117 aa  41.6  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 210 aa  41.6  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 174 aa  40.8  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 126 aa  40.8  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 128 aa  40.4  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>