37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5932 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5932  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 95 aa  193  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6926  XRE family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 110 aa  104  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6784  XRE family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 112 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118297 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4121  transcriptional regulator, XRE family  56.1 
 
 		 105 aa  93.6  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00277725  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6488  transcriptional regulator, XRE family  49.47 
 
 		 107 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4123  transcriptional regulator, XRE family  50.59 
 
 		 111 aa  89.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000445956  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1541  XRE family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 103 aa  89.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000893114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3494  I C protein  51.32 
 
 		 103 aa  84  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4406  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 108 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1513  transcriptional regulator, XRE family  48.24 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3859  XRE family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 103 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0153162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2922  XRE family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 96 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  hitchhiker  0.000558445 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1691  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 99 aa  77.4  0.00000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3425  transcriptional regulator, XRE family  47.89 
 
 		 86 aa  77.4  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0260423  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0429  XRE family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 109 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4267  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 108 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000043882  hitchhiker  0.0000172239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3893  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 107 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  43.02 
 
 		 104 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1692  transcriptional regulator, XRE family  50.68 
 
 		 104 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0144  transcriptional regulator, XRE family  39.56 
 
 		 109 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000142855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3154  XRE family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 102 aa  73.9  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000123737  hitchhiker  0.00000000000122255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28130  hypothetical protein  39.56 
 
 		 114 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00390916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0430  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 119 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00281269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3224  transcriptional regulator, XRE family  47.89 
 
 		 88 aa  73.6  0.0000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2452  hypothetical protein  39.56 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0103897  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4266  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 111 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000773837  hitchhiker  0.00000479642 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4126  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 84 aa  70.5  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1497  transcriptional regulator, XRE family  46.48 
 
 		 85 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4196  transcriptional regulator, XRE family  32.94 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3724  DNA binding protein  45.07 
 
 		 118 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3225  transcriptional regulator, XRE family  46.48 
 
 		 93 aa  68.2  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1512  putative transcriptional regulator  45.83 
 
 		 78 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0145  transcriptional regulator, XRE family  38.95 
 
 		 119 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2553  DNA-binding transcriptional regulator  34.62 
 
 		 87 aa  62  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1498  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 92 aa  56.2  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>