48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3724 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3724  DNA binding protein  100 
 
 		 118 aa  246  8e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3425  transcriptional regulator, XRE family  65 
 
 		 86 aa  115  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0260423  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3224  transcriptional regulator, XRE family  67.09 
 
 		 88 aa  113  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4126  XRE family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 84 aa  113  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1497  transcriptional regulator, XRE family  64.2 
 
 		 85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3225  transcriptional regulator, XRE family  59.34 
 
 		 93 aa  110  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1498  transcriptional regulator, XRE family  55.7 
 
 		 92 aa  97.4  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1541  XRE family transcriptional regulator  55 
 
 		 103 aa  95.5  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000893114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1691  transcriptional regulator, XRE family  54.55 
 
 		 99 aa  86.3  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1513  transcriptional regulator, XRE family  51.81 
 
 		 95 aa  86.7  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1692  transcriptional regulator, XRE family  51.25 
 
 		 104 aa  84  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2922  XRE family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 96 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  hitchhiker  0.000558445 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3893  XRE family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 107 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0144  transcriptional regulator, XRE family  49.3 
 
 		 109 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000142855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1512  putative transcriptional regulator  58.06 
 
 		 78 aa  77.4  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0429  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 109 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6926  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 110 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4123  transcriptional regulator, XRE family  47.95 
 
 		 111 aa  71.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000445956  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4267  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 108 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000043882  hitchhiker  0.0000172239 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0430  XRE family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 119 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00281269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4266  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 111 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000773837  hitchhiker  0.00000479642 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4121  transcriptional regulator, XRE family  44.59 
 
 		 105 aa  68.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00277725  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5932  transcriptional regulator, XRE family  45.07 
 
 		 95 aa  69.3  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28130  hypothetical protein  40.54 
 
 		 114 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00390916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2452  hypothetical protein  40.54 
 
 		 126 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0103897  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4406  transcriptional regulator, XRE family  44.59 
 
 		 108 aa  66.6  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3494  I C protein  50 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0145  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 119 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6784  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 112 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118297 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3859  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 103 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0153162 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3154  XRE family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 102 aa  63.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000123737  hitchhiker  0.00000000000122255 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 104 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4196  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 103 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6488  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 107 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2553  DNA-binding transcriptional regulator  44.23 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  30.23 
 
 		 234 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  37.88 
 
 		 144 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 		 256 aa  44.3  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0167  helix-turn-helix/TPR domain-containing protein  38.57 
 
 		 421 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0295  helix-turn-helix/TPR domain protein  38.57 
 
 		 421 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  29.17 
 
 		 272 aa  42  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  35.06 
 
 		 347 aa  42  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  31.34 
 
 		 395 aa  40.8  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 359 aa  40.8  0.007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 252 aa  40.4  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  31.82 
 
 		 227 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>