109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2967 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2967  CobD-related protein  100 
 
 		 335 aa  677    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1114  cobalamin biosynthesis protein CbiB  46.06 
 
 		 327 aa  291  8e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2802  CobD-related protein  46.36 
 
 		 332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.294176  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1216  cobalamin biosynthesis protein CbiB  46.97 
 
 		 328 aa  286  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  46.25 
 
 		 329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1133  cobalamin biosynthesis protein CbiB  47.88 
 
 		 329 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.339799  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1000  cobalamin biosynthesis protein CbiB  44.34 
 
 		 326 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1252  cobalamin biosynthesis protein CbiB  46.67 
 
 		 329 aa  272  7e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1321  CobD-related protein  46.97 
 
 		 329 aa  271  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3138  cobalamin biosynthesis protein CbiB  45.76 
 
 		 329 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.645518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1219  cobalamin biosynthesis protein CbiB  46.06 
 
 		 329 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51829  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2957  cobalamin biosynthesis protein CbiB  45.97 
 
 		 330 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.948861  normal  0.0341254 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2875  cobalamin biosynthesis protein CbiB  45.67 
 
 		 330 aa  267  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0980593  hitchhiker  0.000833797 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3053  cobalamin biosynthesis protein CbiB  46.06 
 
 		 329 aa  267  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0327642 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1026  cobalamin biosynthesis protein CbiB  43.17 
 
 		 327 aa  255  7e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.188551  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  29.58 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.37 
 
 		 317 aa  92.4  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  23 
 
 		 304 aa  85.9  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.81 
 
 		 300 aa  85.9  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  24.76 
 
 		 326 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.92 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.77 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.68 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  23.9 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  22.89 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  24.69 
 
 		 310 aa  75.5  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  21.69 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  23.55 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.5 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.86 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  26.33 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  21.91 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  22.11 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  23.36 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  21.45 
 
 		 344 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  21.72 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01626  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.38 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  22.15 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.18 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  23.39 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  21.95 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  23.05 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4742  cobD/cbiB family protein  25.78 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  23.14 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  22.75 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.11 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  22.78 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  22.78 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  22.78 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  22.78 
 
 		 319 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  22.78 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  21.43 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.15 
 
 		 339 aa  59.3  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  23.33 
 
 		 315 aa  59.3  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  22.78 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.54 
 
 		 321 aa  59.3  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  21.63 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  23.39 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0538  cobalamin biosynthesis protein CobD  20.91 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.404725  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  21.36 
 
 		 313 aa  57  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  21.84 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.22 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  20.08 
 
 		 326 aa  56.6  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.73 
 
 		 320 aa  55.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  19.8 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29 
 
 		 304 aa  55.5  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  23.08 
 
 		 312 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  23.08 
 
 		 312 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  23.08 
 
 		 312 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1682  cobalamin biosynthesis protein CobD  21.96 
 
 		 330 aa  55.8  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  21.07 
 
 		 311 aa  54.3  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.14 
 
 		 313 aa  53.1  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3805  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.72 
 
 		 327 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.62 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3857  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.72 
 
 		 327 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.932338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23 
 
 		 318 aa  51.2  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  20.4 
 
 		 323 aa  51.6  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  21.83 
 
 		 312 aa  50.8  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  21.71 
 
 		 314 aa  50.1  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.56 
 
 		 328 aa  49.7  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.48 
 
 		 308 aa  49.3  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.73 
 
 		 330 aa  49.3  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  21.84 
 
 		 317 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  21.71 
 
 		 314 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  20.64 
 
 		 301 aa  47.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  19.61 
 
 		 305 aa  47  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3127  cobalamin biosynthesis protein  21.75 
 
 		 320 aa  46.2  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  21.03 
 
 		 326 aa  46.2  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  20.25 
 
 		 331 aa  45.8  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  18.92 
 
 		 314 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  21.4 
 
 		 320 aa  45.8  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  20.73 
 
 		 322 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3150  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.2 
 
 		 351 aa  45.8  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000125584  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  18.92 
 
 		 314 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  18.92 
 
 		 314 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  19.61 
 
 		 333 aa  45.8  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  20.25 
 
 		 331 aa  45.4  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.78 
 
 		 315 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  20.18 
 
 		 325 aa  45.4  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  20 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>