125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0613 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 		 313 aa  623  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  79.81 
 
 		 313 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  80.19 
 
 		 313 aa  481  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  79.81 
 
 		 313 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  79.49 
 
 		 313 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  80.13 
 
 		 313 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  77.96 
 
 		 313 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  77 
 
 		 313 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  77 
 
 		 313 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  77 
 
 		 313 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  69.01 
 
 		 313 aa  441  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  69.97 
 
 		 313 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  69.97 
 
 		 313 aa  427  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  67.41 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  65.92 
 
 		 316 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  67.42 
 
 		 313 aa  378  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  68.06 
 
 		 313 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  50.8 
 
 		 318 aa  291  1e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  47.63 
 
 		 323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  46.06 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.6 
 
 		 318 aa  255  8e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  45.28 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.28 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  45.28 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  45.28 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  45.28 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  45.28 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  45.28 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  44.97 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  42.45 
 
 		 318 aa  248  9e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  41.64 
 
 		 320 aa  245  8e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  41.77 
 
 		 320 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.08 
 
 		 318 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  42.06 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  43.71 
 
 		 318 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.71 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.71 
 
 		 318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.71 
 
 		 318 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.2 
 
 		 320 aa  229  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  38.89 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  38.71 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  40.13 
 
 		 320 aa  202  6e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  38.06 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  36.51 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  37.1 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  38.06 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  38.24 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  38.06 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  38.59 
 
 		 315 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  38.26 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  38.26 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  37.94 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  36.62 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  35.96 
 
 		 323 aa  180  4e-44  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  36.7 
 
 		 328 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  36.69 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  37.01 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  38.14 
 
 		 315 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  36.04 
 
 		 315 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  37.82 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  39.67 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  37.34 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  37.34 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  36.22 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  37.69 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  35.05 
 
 		 315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  34.71 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  36.98 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  37.7 
 
 		 311 aa  159  6e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  37.22 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  38.39 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  35.03 
 
 		 324 aa  149  6e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  35.67 
 
 		 315 aa  149  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  34.62 
 
 		 315 aa  146  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  34.95 
 
 		 315 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  31.73 
 
 		 345 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  30.94 
 
 		 288 aa  88.6  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  29.64 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  29.14 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  30.39 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  30.7 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  28.66 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  28.7 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  30.75 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  27.6 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  28.45 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.24 
 
 		 297 aa  65.5  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  30.86 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  26.5 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  23.85 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  27.9 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  25.87 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1888  Polysulphide reductase NrfD  27.22 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  31.33 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  26.02 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  27.83 
 
 		 348 aa  59.3  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0309  Polysulphide reductase NrfD  27.99 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000856639  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  30.28 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  24.69 
 
 		 400 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  26.06 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>