145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0268 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0268  hypothetical protein  100 
 
 		 105 aa  221  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  76.7 
 
 		 502 aa  169  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  65.85 
 
 		 500 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  52.73 
 
 		 472 aa  61.2  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  58.82 
 
 		 502 aa  61.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.87 
 
 		 513 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  58.49 
 
 		 502 aa  59.3  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  80.65 
 
 		 513 aa  58.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  80.65 
 
 		 513 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  69.44 
 
 		 509 aa  59.3  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  67.57 
 
 		 512 aa  59.3  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  80.65 
 
 		 513 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  80.65 
 
 		 514 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  41.54 
 
 		 455 aa  57.8  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3071  hypothetical protein  37.35 
 
 		 446 aa  57.8  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0195173  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  49.3 
 
 		 640 aa  57  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46 
 
 		 627 aa  54.7  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1502  component of copper transport system  58.54 
 
 		 417 aa  54.3  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000118001  normal  0.0300718 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  58.14 
 
 		 451 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  32.5 
 
 		 404 aa  54.3  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.94 
 
 		 526 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  55.26 
 
 		 527 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  70.97 
 
 		 526 aa  53.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6823  RND family efflux transporter MFP subunit  37.68 
 
 		 485 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  44.74 
 
 		 529 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.81 
 
 		 568 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.93 
 
 		 460 aa  52.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1505  hypothetical protein  39.13 
 
 		 87 aa  51.6  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000185503  normal  0.10684 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.62 
 
 		 607 aa  51.6  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1935  copper-translocating P-type ATPase  44.68 
 
 		 822 aa  51.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  45.61 
 
 		 650 aa  50.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6878  RND family efflux transporter MFP subunit  48.84 
 
 		 473 aa  50.8  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4101  hypothetical protein  39.29 
 
 		 86 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 472 aa  50.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0713  heavy metal translocating P-type ATPase  41.07 
 
 		 872 aa  50.1  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185288 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 		 627 aa  48.9  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1223  heavy metal translocating P-type ATPase  54.29 
 
 		 721 aa  48.9  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2005  heavy metal translocating P-type ATPase  43.64 
 
 		 753 aa  48.9  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2191  heavy metal translocating P-type ATPase  67.86 
 
 		 780 aa  48.5  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4171  hypothetical protein  35.9 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0212  hypothetical protein  41.54 
 
 		 192 aa  48.5  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  56.76 
 
 		 599 aa  48.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2667  heavy metal translocating P-type ATPase  75 
 
 		 846 aa  48.1  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  36.07 
 
 		 581 aa  48.1  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2554  heavy metal translocating P-type ATPase  50 
 
 		 786 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00876306 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.32 
 
 		 465 aa  47.8  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0180  copper-translocating P-type ATPase  47.5 
 
 		 801 aa  47.8  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11723  heavy-metal transporting P-type ATPase  68 
 
 		 835 aa  47.8  0.00006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0439709  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0164  hypothetical protein  37.8 
 
 		 86 aa  47.8  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0986  heavy metal translocating P-type ATPase  45.65 
 
 		 810 aa  47.4  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 468 aa  47.4  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.71 
 
 		 456 aa  47.4  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2110  heavy metal translocating P-type ATPase  70.83 
 
 		 776 aa  47.4  0.00007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3781  copper-transporting ATPase domain-containing protein  38.16 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0191  heavy metal translocating P-type ATPase  62.5 
 
 		 837 aa  47.4  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.562672  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.67 
 
 		 406 aa  47.4  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  41.3 
 
 		 466 aa  46.2  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  32.5 
 
 		 427 aa  47  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2229  copper-translocating P-type ATPase  41.51 
 
 		 787 aa  47  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.76869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6008  heavy metal translocating P-type ATPase  70.83 
 
 		 841 aa  46.2  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903237  normal  0.0729123 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7156  heavy metal translocating P-type ATPase  60 
 
 		 841 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.802165 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0385  heavy metal translocating P-type ATPase  52.78 
 
 		 729 aa  47  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.530219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  45.45 
 
 		 500 aa  45.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0129  Ni Fe-hydrogenase III large subunit-like protein  51.52 
 
 		 540 aa  45.4  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3981  copper-transporting ATPase domain-containing protein  33.33 
 
 		 100 aa  45.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3074  heavy metal translocating P-type ATPase  72 
 
 		 845 aa  45.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4302  hypothetical protein  35.53 
 
 		 86 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4596  copper-transporting ATPase domain-containing protein  34.29 
 
 		 86 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0155  hypothetical protein  34.21 
 
 		 86 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.220155  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2214  heavy metal translocating P-type ATPase  46.67 
 
 		 846 aa  45.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563688  normal  0.39359 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 547 aa  45.4  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3078  multicopper oxidase, type 3  28.28 
 
 		 871 aa  45.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3533  heavy metal translocating P-type ATPase  47.22 
 
 		 786 aa  45.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2710  heavy metal translocating P-type ATPase  54.05 
 
 		 835 aa  44.7  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.3034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4394  heavy metal translocating P-type ATPase  57.14 
 
 		 715 aa  44.7  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.880078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4609  heavy metal translocating P-type ATPase  47.22 
 
 		 786 aa  45.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4911  heavy metal translocating P-type ATPase  39.68 
 
 		 793 aa  45.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2964  copper-translocating P-type ATPase  48.48 
 
 		 753 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0148  heavy metal translocating P-type ATPase  38.57 
 
 		 730 aa  44.3  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3390  heavy metal translocating P-type ATPase  40.38 
 
 		 746 aa  44.7  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0864  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.83 
 
 		 345 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11368  heavy-metal transporting P-type ATPase  46.51 
 
 		 824 aa  44.3  0.0006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  70.83 
 
 		 460 aa  44.3  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1777  heavy metal translocating P-type ATPase  58.62 
 
 		 814 aa  44.3  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0428003 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  27.54 
 
 		 561 aa  44.3  0.0006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0151  copper-transporting ATPase domain-containing protein  35.9 
 
 		 86 aa  44.3  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.101264  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2356  hypothetical protein  41.86 
 
 		 736 aa  43.9  0.0008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1469  heavy metal translocating P-type ATPase  44.68 
 
 		 777 aa  43.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1645  P1 ATPase/HMA domain-containing protein  52.78 
 
 		 744 aa  43.9  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.321264 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3603  heavy metal translocating P-type ATPase  45.71 
 
 		 781 aa  43.9  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.385449 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3941  heavy metal translocating P-type ATPase  45.71 
 
 		 781 aa  43.9  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0708  heavy metal translocating P-type ATPase  48.78 
 
 		 736 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3854  copper-transporting ATPase domain-containing protein  35.53 
 
 		 100 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0087  heavy metal translocating P-type ATPase  52.63 
 
 		 792 aa  43.5  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.908745  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0284  hypothetical protein  34.21 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3233  heavy metal translocating P-type ATPase  66.67 
 
 		 795 aa  43.5  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  46.34 
 
 		 504 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1596  hypothetical protein  54.55 
 
 		 735 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2544  heavy metal translocating P-type ATPase  62.5 
 
 		 787 aa  42.4  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.874956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2020  heavy metal translocating P-type ATPase  59.26 
 
 		 809 aa  42.7  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>