More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0129 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0129  Ni Fe-hydrogenase III large subunit-like protein  100 
 
 
540 aa  1026    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  30.88 
 
 
359 aa  97.1  7e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2266  Ni Fe-hydrogenase III large subunit-like protein  58 
 
 
110 aa  95.9  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.430798  normal  0.0483089 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4884  Ni Fe-hydrogenase III large subunit-like protein  58 
 
 
110 aa  95.9  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.65267 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  27.87 
 
 
359 aa  92  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  27.84 
 
 
362 aa  89.4  2e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  26.36 
 
 
359 aa  87  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  27.67 
 
 
359 aa  86.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3298  NADH dehydrogenase subunit D  27.04 
 
 
366 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  30.1 
 
 
359 aa  84  0.000000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  28.61 
 
 
359 aa  83.6  0.000000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  27.33 
 
 
359 aa  81.3  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.52 
 
 
358 aa  80.9  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3816  NADH dehydrogenase subunit D  25.63 
 
 
366 aa  80.5  0.00000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  27.12 
 
 
359 aa  80.5  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3410  NADH dehydrogenase subunit D  26.2 
 
 
367 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1596  NADH dehydrogenase (quinone)  27.81 
 
 
406 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  26.29 
 
 
359 aa  79  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  29.61 
 
 
358 aa  79.3  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  28.75 
 
 
359 aa  78.2  0.0000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.27 
 
 
359 aa  77.8  0.0000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  28.09 
 
 
358 aa  77  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  28.93 
 
 
358 aa  76.3  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  27.27 
 
 
362 aa  75.1  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  26.82 
 
 
366 aa  74.7  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0746  NADH dehydrogenase (quinone)  28.49 
 
 
399 aa  73.9  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2105  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  24.7 
 
 
361 aa  73.6  0.000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  28.12 
 
 
362 aa  73.6  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  27.91 
 
 
359 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1184  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  26.3 
 
 
362 aa  72  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.721029  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  28.09 
 
 
359 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1743  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  23.81 
 
 
394 aa  71.2  0.00000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134879  normal  0.321495 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2740  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.33 
 
 
358 aa  71.2  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  27.57 
 
 
360 aa  70.5  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  29.3 
 
 
358 aa  70.1  0.00000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  26.69 
 
 
358 aa  69.3  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0375  NADH dehydrogenase (quinone)  24.53 
 
 
375 aa  69.7  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1211  NADH dehydrogenase (quinone)  24.93 
 
 
375 aa  70.1  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5147  NADH dehydrogenase subunit D  24.51 
 
 
366 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0170  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  30.66 
 
 
501 aa  68.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.679833  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5539  NADH dehydrogenase subunit D  24.51 
 
 
366 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1429  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  29.01 
 
 
368 aa  68.9  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.519726 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5388  NADH dehydrogenase subunit D  24.51 
 
 
366 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9747399999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5418  NADH dehydrogenase subunit D  24.51 
 
 
366 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5422  NADH dehydrogenase subunit D  24.51 
 
 
366 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4979  NADH dehydrogenase subunit D  24.51 
 
 
366 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1897  NADH dehydrogenase subunit D  25.18 
 
 
405 aa  68.6  0.0000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.412503  normal  0.283556 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5095  NADH dehydrogenase subunit D  24.23 
 
 
366 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5532  NADH dehydrogenase subunit D  24.51 
 
 
366 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277354 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0707  NADH dehydrogenase (quinone)  24.79 
 
 
375 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5473  NADH dehydrogenase subunit D  24.51 
 
 
366 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4997  NADH dehydrogenase subunit D  24.51 
 
 
366 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1540  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  22.43 
 
 
394 aa  68.2  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2112  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  22.96 
 
 
394 aa  68.2  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.11577  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2989  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.05 
 
 
506 aa  68.2  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.016212  hitchhiker  0.00562837 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0116  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  24.79 
 
 
376 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02471  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  22.43 
 
 
394 aa  68.2  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27241  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  24.24 
 
 
394 aa  68.2  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3444  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  23.7 
 
 
792 aa  67.8  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2432  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  22.96 
 
 
394 aa  67.8  0.0000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0877111  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  24.58 
 
 
409 aa  67.8  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0572  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  24.53 
 
 
361 aa  67.4  0.0000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.591606  decreased coverage  0.000177209 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02011  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  23.26 
 
 
395 aa  67.4  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0852756  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0188  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  27.67 
 
 
543 aa  66.2  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0153  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  23.44 
 
 
791 aa  66.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1313  NADH dehydrogenase I, D subunit  22.73 
 
 
401 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1321  NADH dehydrogenase I, D subunit  27.01 
 
 
417 aa  66.6  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735553  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3859  NADH dehydrogenase (quinone)  25.55 
 
 
420 aa  65.9  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1571  hydrogenase, group 4, HycE subunit, putative  29.17 
 
 
526 aa  65.9  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0265592  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  35.43 
 
 
362 aa  65.5  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0366  NADH dehydrogenase I, D subunit  25.33 
 
 
417 aa  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  24.58 
 
 
537 aa  65.5  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1081  NADH dehydrogenase subunit D  26.68 
 
 
404 aa  65.9  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.152309  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0473  NADH dehydrogenase (quinone)  24.6 
 
 
375 aa  65.9  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.330146  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1628  NADH dehydrogenase I, D subunit  23.78 
 
 
369 aa  65.1  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.963572  normal  0.66391 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3675  NADH dehydrogenase I, D subunit  27.23 
 
 
417 aa  65.5  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0132867 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  40.96 
 
 
512 aa  65.1  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0306  NADH dehydrogenase (quinone)  25.57 
 
 
374 aa  65.1  0.000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0174  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  23.26 
 
 
395 aa  64.7  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3394  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  26.28 
 
 
394 aa  64.3  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.397939  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3071  hypothetical protein  67.65 
 
 
446 aa  64.3  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0195173  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01901  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  22.96 
 
 
395 aa  64.3  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.468613  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01921  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  22.96 
 
 
395 aa  63.9  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.132694  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  26.48 
 
 
402 aa  63.2  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4983  NADH dehydrogenase (quinone)  24.13 
 
 
370 aa  63.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0173613  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3440  NADH dehydrogenase  27.65 
 
 
392 aa  63.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.592652  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0773  NADH dehydrogenase (quinone)  25.88 
 
 
378 aa  63.2  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.597938  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0202  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  25.35 
 
 
373 aa  63.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.656565 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  25.36 
 
 
414 aa  62.8  0.00000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4497  NADH dehydrogenase (quinone)  28.85 
 
 
385 aa  62.4  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0746  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  26.38 
 
 
395 aa  62.8  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.946717 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01901  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H  24.82 
 
 
394 aa  62.8  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4492  hypothetical protein  32.72 
 
 
364 aa  62  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0292561  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0270  NADH dehydrogenase subunit D  26.08 
 
 
440 aa  62.4  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.877752  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0206  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  26.12 
 
 
794 aa  61.6  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000609108  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  26.42 
 
 
561 aa  62  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3620  NADH dehydrogenase I, D subunit  25.31 
 
 
404 aa  62  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.761398  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  25.84 
 
 
409 aa  62  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1046  NADH dehydrogenase I, D subunit  26.05 
 
 
411 aa  61.6  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2045  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.72 
 
 
406 aa  61.2  0.00000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0264179 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>