More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2505 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  84.92 
 
 
358 aa  647    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  100 
 
 
358 aa  738    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  66.48 
 
 
360 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  64.99 
 
 
359 aa  495  1e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  60.72 
 
 
359 aa  471  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  59.1 
 
 
359 aa  460  9.999999999999999e-129  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  58.54 
 
 
359 aa  453  1.0000000000000001e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  58.94 
 
 
358 aa  441  1e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  58.71 
 
 
359 aa  442  1e-123  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  57.98 
 
 
359 aa  436  1e-121  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  56.82 
 
 
359 aa  430  1e-119  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  57.82 
 
 
358 aa  426  1e-118  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  54.87 
 
 
359 aa  423  1e-117  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  56.27 
 
 
359 aa  423  1e-117  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  55.71 
 
 
359 aa  424  1e-117  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  53.93 
 
 
358 aa  417  9.999999999999999e-116  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  55.71 
 
 
359 aa  415  9.999999999999999e-116  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  52.81 
 
 
359 aa  411  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  53.07 
 
 
358 aa  391  1e-108  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  52.79 
 
 
362 aa  388  1e-107  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  53.89 
 
 
362 aa  377  1e-103  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  51.12 
 
 
362 aa  371  1e-102  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  43.89 
 
 
409 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  43.61 
 
 
409 aa  308  8e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  45 
 
 
402 aa  308  1.0000000000000001e-82  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  41.53 
 
 
419 aa  303  3.0000000000000004e-81  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  42.11 
 
 
537 aa  301  2e-80  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  41.55 
 
 
361 aa  288  9e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  41.24 
 
 
366 aa  278  7e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  40.11 
 
 
361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  41.11 
 
 
561 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  38.98 
 
 
377 aa  267  2e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.03 
 
 
409 aa  263  3e-69  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  40.16 
 
 
414 aa  263  4e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  39.04 
 
 
567 aa  262  4.999999999999999e-69  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.48 
 
 
574 aa  254  1.0000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  39.17 
 
 
557 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  39.17 
 
 
557 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1885  NADH dehydrogenase (quinone)  38.23 
 
 
360 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.38 
 
 
579 aa  252  8.000000000000001e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0959  membrane bound hydrogenase subunit mbhL  36.86 
 
 
406 aa  251  1e-65  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.105572  normal  0.5876 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  37.82 
 
 
571 aa  249  6e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  37.82 
 
 
571 aa  249  7e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0371  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39 
 
 
378 aa  248  1e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  37.82 
 
 
571 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  36.34 
 
 
362 aa  247  2e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.13 
 
 
575 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.85 
 
 
575 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  37.25 
 
 
571 aa  242  6e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  36.49 
 
 
571 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  37.05 
 
 
567 aa  236  5.0000000000000005e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1211  NADH dehydrogenase (quinone)  35.93 
 
 
375 aa  232  8.000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  36.03 
 
 
569 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.03 
 
 
569 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  36.03 
 
 
569 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.03 
 
 
569 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  36.03 
 
 
576 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  36.31 
 
 
569 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  36.31 
 
 
569 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0707  NADH dehydrogenase (quinone)  36.57 
 
 
375 aa  231  1e-59  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  36.31 
 
 
569 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  36.31 
 
 
569 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  36.03 
 
 
569 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  36.03 
 
 
569 aa  231  1e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  36.03 
 
 
569 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  36.31 
 
 
569 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  36.03 
 
 
576 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2105  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.64 
 
 
361 aa  230  2e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.57 
 
 
359 aa  230  3e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0116  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.65 
 
 
376 aa  229  4e-59  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  36.31 
 
 
578 aa  228  9e-59  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0773  NADH dehydrogenase (quinone)  33.61 
 
 
378 aa  228  1e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.597938  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  35.75 
 
 
578 aa  226  6e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  35.75 
 
 
569 aa  225  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  35.26 
 
 
582 aa  226  7e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  35.67 
 
 
555 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.67 
 
 
555 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.67 
 
 
555 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  35.67 
 
 
555 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  35.64 
 
 
576 aa  224  2e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3409  F420H2 dehydrogenase subunit D  34.88 
 
 
374 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.170957  normal  0.90197 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  35.39 
 
 
555 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1184  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.26 
 
 
362 aa  219  7e-56  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.721029  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1294  F420H2 dehydrogenase subunit D  33.79 
 
 
374 aa  217  2e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.196635  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0572  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  35.08 
 
 
361 aa  211  2e-53  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.591606  decreased coverage  0.000177209 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0401  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  34.17 
 
 
375 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.030434  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0434  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  34.81 
 
 
375 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.706219  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1289  NADH dehydrogenase I, D subunit  33.52 
 
 
381 aa  207  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.950756 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1208  NADH dehydrogenase subunit D  36.9 
 
 
367 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000066562  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1313  NADH dehydrogenase I, D subunit  32.22 
 
 
401 aa  205  9e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1604  NADH dehydrogenase (quinone)  33.97 
 
 
400 aa  204  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1518  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  33.89 
 
 
375 aa  205  1e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.100115  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0473  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
375 aa  204  2e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.330146  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1052  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.43 
 
 
390 aa  204  2e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.718525  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0926  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, D subunit  33.98 
 
 
367 aa  203  3e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3859  NADH dehydrogenase (quinone)  32.8 
 
 
420 aa  203  3e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2043  NADH dehydrogenase subunit D  33.14 
 
 
366 aa  203  5e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.004112  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0202  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.8 
 
 
373 aa  202  8e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.656565 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0306  NADH dehydrogenase (quinone)  32.03 
 
 
374 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0810  NADH dehydrogenase I, D subunit  33.43 
 
 
367 aa  201  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>