More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3020 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  100 
 
 
359 aa  735    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  79.67 
 
 
359 aa  625  1e-178  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  64.9 
 
 
359 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  65.17 
 
 
358 aa  501  1e-141  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  62.95 
 
 
359 aa  502  1e-141  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  65.18 
 
 
359 aa  500  1e-140  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  62.4 
 
 
359 aa  496  1e-139  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  61.56 
 
 
359 aa  494  9.999999999999999e-139  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  61 
 
 
359 aa  486  1e-136  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  62.08 
 
 
359 aa  480  1e-134  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  61.05 
 
 
362 aa  472  1e-132  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  58.71 
 
 
358 aa  462  1e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  60.22 
 
 
362 aa  460  9.999999999999999e-129  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  58.94 
 
 
360 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  61.06 
 
 
359 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  59.67 
 
 
362 aa  451  1.0000000000000001e-126  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  57.87 
 
 
358 aa  451  1.0000000000000001e-126  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  58.54 
 
 
358 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  60.5 
 
 
359 aa  449  1e-125  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  60.78 
 
 
359 aa  451  1e-125  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  54.49 
 
 
358 aa  419  1e-116  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  54.21 
 
 
358 aa  415  9.999999999999999e-116  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  41.32 
 
 
419 aa  323  2e-87  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  43.26 
 
 
409 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  42.11 
 
 
409 aa  310  2e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  44.13 
 
 
402 aa  304  1.0000000000000001e-81  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  40.4 
 
 
377 aa  301  1e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1885  NADH dehydrogenase (quinone)  39.72 
 
 
360 aa  300  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  41 
 
 
537 aa  300  2e-80  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0959  membrane bound hydrogenase subunit mbhL  40.65 
 
 
406 aa  298  1e-79  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.105572  normal  0.5876 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  39.57 
 
 
409 aa  296  5e-79  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  39.83 
 
 
366 aa  295  7e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  42.78 
 
 
561 aa  293  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  38.92 
 
 
414 aa  280  3e-74  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  40.34 
 
 
361 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  39.17 
 
 
361 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  40.17 
 
 
567 aa  272  6e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  37.64 
 
 
574 aa  266  2.9999999999999995e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.72 
 
 
557 aa  266  5e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.72 
 
 
557 aa  266  5e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.5 
 
 
575 aa  261  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  37.67 
 
 
575 aa  255  8e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0371  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.17 
 
 
378 aa  255  8e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  37.46 
 
 
362 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3409  F420H2 dehydrogenase subunit D  35.69 
 
 
374 aa  253  3e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.170957  normal  0.90197 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.67 
 
 
567 aa  253  5.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.15 
 
 
359 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  36.13 
 
 
571 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0773  NADH dehydrogenase (quinone)  37.33 
 
 
378 aa  250  2e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.597938  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  36.13 
 
 
571 aa  250  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  36.39 
 
 
569 aa  250  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.39 
 
 
569 aa  250  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  36.39 
 
 
576 aa  250  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  36.39 
 
 
569 aa  250  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  36.39 
 
 
576 aa  250  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  36.39 
 
 
569 aa  250  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  36.39 
 
 
569 aa  250  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.39 
 
 
569 aa  250  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  36.39 
 
 
569 aa  249  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  36.13 
 
 
571 aa  249  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  36.39 
 
 
569 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  36.39 
 
 
569 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  36.39 
 
 
569 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  36.39 
 
 
569 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  36.39 
 
 
569 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  36.01 
 
 
571 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  35.91 
 
 
582 aa  244  9.999999999999999e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  35.57 
 
 
571 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1294  F420H2 dehydrogenase subunit D  33.79 
 
 
374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.196635  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1313  NADH dehydrogenase I, D subunit  34.72 
 
 
401 aa  243  5e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  35.28 
 
 
569 aa  242  7.999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1211  NADH dehydrogenase (quinone)  35.65 
 
 
375 aa  241  1e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.29 
 
 
579 aa  241  2e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0116  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.38 
 
 
376 aa  238  9e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0707  NADH dehydrogenase (quinone)  35.1 
 
 
375 aa  238  1e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2105  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.19 
 
 
361 aa  238  2e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1052  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.94 
 
 
390 aa  235  7e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.718525  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.73 
 
 
578 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1184  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.64 
 
 
362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.721029  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2045  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.87 
 
 
406 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0264179 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1631  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.39 
 
 
358 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0926  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, D subunit  34.26 
 
 
367 aa  233  5e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  34.17 
 
 
578 aa  232  7.000000000000001e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3859  NADH dehydrogenase (quinone)  34.67 
 
 
420 aa  231  2e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2043  NADH dehydrogenase subunit D  34.86 
 
 
366 aa  229  5e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.004112  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3620  NADH dehydrogenase I, D subunit  32.56 
 
 
404 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.761398  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  34.27 
 
 
555 aa  229  6e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.27 
 
 
555 aa  229  6e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  34.27 
 
 
555 aa  229  6e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.27 
 
 
555 aa  229  6e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0810  NADH dehydrogenase I, D subunit  33.7 
 
 
367 aa  228  8e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2155  NADH dehydrogenase I, D subunit  32.56 
 
 
441 aa  228  1e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4983  NADH dehydrogenase (quinone)  33.7 
 
 
370 aa  227  2e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0173613  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  35.06 
 
 
378 aa  227  2e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_797  NADH:quinone oxidoreductase 49 kD subunit 7  33.7 
 
 
367 aa  226  4e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  33.99 
 
 
555 aa  226  7e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3082  NADH dehydrogenase I, D subunit  33.42 
 
 
422 aa  222  6e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3748  NADH dehydrogenase (quinone)  33.24 
 
 
370 aa  222  8e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000362019  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1662  NADH dehydrogenase I, D subunit  32.64 
 
 
383 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0202  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.08 
 
 
373 aa  219  7.999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.656565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>