More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4570 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  67.6 
 
 
555 aa  818    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  67.78 
 
 
555 aa  822    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  66.96 
 
 
569 aa  818    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  66.96 
 
 
569 aa  818    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  67.78 
 
 
555 aa  822    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  66.96 
 
 
569 aa  818    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  70.05 
 
 
571 aa  859    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  70.49 
 
 
575 aa  857    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  67.49 
 
 
569 aa  822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  67.78 
 
 
555 aa  822    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  67.14 
 
 
576 aa  820    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  67.49 
 
 
569 aa  822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  68.27 
 
 
567 aa  825    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  67.49 
 
 
569 aa  822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  67.49 
 
 
569 aa  822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  66.96 
 
 
569 aa  818    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  70.23 
 
 
571 aa  861    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  70.4 
 
 
571 aa  864    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  67.08 
 
 
574 aa  790    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  67.78 
 
 
555 aa  822    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  64.73 
 
 
576 aa  785    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  67.49 
 
 
569 aa  822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  66.61 
 
 
569 aa  815    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  100 
 
 
571 aa  1183    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  67.14 
 
 
569 aa  819    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  70.4 
 
 
571 aa  863    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  66.96 
 
 
576 aa  819    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  66.96 
 
 
569 aa  818    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  69.61 
 
 
575 aa  854    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  66.96 
 
 
569 aa  818    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  52.82 
 
 
578 aa  616  1e-175  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  51.85 
 
 
578 aa  615  1e-175  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  50.86 
 
 
582 aa  611  1e-173  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  51.05 
 
 
579 aa  600  1e-170  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  53.46 
 
 
567 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.35 
 
 
557 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.35 
 
 
557 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  40 
 
 
561 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0795  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.99 
 
 
525 aa  313  7.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.68 
 
 
537 aa  297  3e-79  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4284  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.26 
 
 
551 aa  292  1e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2464  NADH dehydrogenase (quinone)  35.71 
 
 
531 aa  288  2e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.511351  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1687  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.33 
 
 
530 aa  287  2.9999999999999996e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  43.47 
 
 
402 aa  285  1.0000000000000001e-75  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  39.84 
 
 
409 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  39.83 
 
 
409 aa  272  1e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  39.51 
 
 
419 aa  265  2e-69  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1123  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  33.33 
 
 
526 aa  258  3e-67  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.165135  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0959  membrane bound hydrogenase subunit mbhL  38.13 
 
 
406 aa  258  3e-67  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.105572  normal  0.5876 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.6 
 
 
359 aa  255  1.0000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.57 
 
 
359 aa  255  2.0000000000000002e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  36.01 
 
 
359 aa  249  1e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  38.23 
 
 
359 aa  248  3e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  38.74 
 
 
361 aa  248  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  37.4 
 
 
414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  37.92 
 
 
377 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.31 
 
 
359 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.08 
 
 
366 aa  243  6e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  38.02 
 
 
360 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0699  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  28.73 
 
 
524 aa  242  2e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.758996  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.92 
 
 
359 aa  240  5e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.2 
 
 
409 aa  240  5e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.49 
 
 
358 aa  236  6e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.83 
 
 
359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  36.29 
 
 
359 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.47 
 
 
358 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1885  NADH dehydrogenase (quinone)  35.93 
 
 
360 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  34.82 
 
 
358 aa  229  8e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  35.33 
 
 
362 aa  227  6e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.49 
 
 
358 aa  226  7e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  37.05 
 
 
359 aa  226  1e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.57 
 
 
361 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  35.47 
 
 
358 aa  225  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  36.77 
 
 
359 aa  223  6e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.34 
 
 
358 aa  223  8e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35 
 
 
359 aa  223  8e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  34.71 
 
 
362 aa  223  9.999999999999999e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  36.21 
 
 
359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  32.74 
 
 
524 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289137 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1138  hydrogenase subunit  32.22 
 
 
527 aa  217  5e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0311036  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0325  putative formate hydrogenlyase subunit  33.78 
 
 
515 aa  216  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  32.87 
 
 
359 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  34.07 
 
 
362 aa  211  3e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0153  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  30.93 
 
 
791 aa  209  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3444  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  30.97 
 
 
792 aa  206  8e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0333  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  30.31 
 
 
793 aa  206  9e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1294  F420H2 dehydrogenase subunit D  32.88 
 
 
374 aa  206  1e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.196635  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0206  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  29.51 
 
 
794 aa  205  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000609108  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0473  NADH dehydrogenase (quinone)  34.52 
 
 
375 aa  204  3e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.330146  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3188  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  31.62 
 
 
503 aa  204  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.377236  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  32.02 
 
 
362 aa  203  6e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1942  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  28.82 
 
 
787 aa  203  6e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1303  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  30.08 
 
 
478 aa  203  8e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1818  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  32.07 
 
 
519 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.207478  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1317  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  29.75 
 
 
526 aa  201  3e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1073  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.13 
 
 
503 aa  200  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.1537600000000002e-34 
 
 
-
 
NC_002936  DET1571  hydrogenase, group 4, HycE subunit, putative  29.34 
 
 
526 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0265592  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4707  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  33.04 
 
 
486 aa  198  3e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3409  F420H2 dehydrogenase subunit D  32.33 
 
 
374 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.170957  normal  0.90197 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0175  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit  32.18 
 
 
522 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>