More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1425 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  100 
 
 
361 aa  748    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  73.13 
 
 
361 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  65.64 
 
 
377 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  63.48 
 
 
366 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1885  NADH dehydrogenase (quinone)  56.94 
 
 
360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  55.15 
 
 
359 aa  432  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  50.56 
 
 
362 aa  381  1e-105  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  43.21 
 
 
358 aa  305  8.000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  40.44 
 
 
409 aa  293  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  42.98 
 
 
359 aa  293  3e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  41.55 
 
 
358 aa  288  9e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  39.51 
 
 
419 aa  287  2e-76  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.78 
 
 
409 aa  286  4e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  41.74 
 
 
574 aa  284  2.0000000000000002e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  42.38 
 
 
358 aa  278  1e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  41.5 
 
 
360 aa  277  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  40.34 
 
 
359 aa  277  2e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  38.86 
 
 
537 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  39 
 
 
358 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.53 
 
 
359 aa  271  1e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.04 
 
 
359 aa  269  5.9999999999999995e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  39.61 
 
 
359 aa  268  2e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  39.34 
 
 
359 aa  267  2e-70  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.1 
 
 
359 aa  267  2e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  40.17 
 
 
402 aa  265  8e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  39.06 
 
 
359 aa  265  1e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  38.23 
 
 
358 aa  260  2e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.2 
 
 
409 aa  258  1e-67  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.1 
 
 
567 aa  258  1e-67  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  39.55 
 
 
557 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  39.55 
 
 
557 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.02 
 
 
575 aa  252  6e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.29 
 
 
575 aa  252  8.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.06 
 
 
358 aa  251  1e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  38.76 
 
 
359 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  38.12 
 
 
359 aa  251  1e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  38.27 
 
 
561 aa  250  3e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  38.4 
 
 
359 aa  249  4e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  37.22 
 
 
567 aa  249  7e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0959  membrane bound hydrogenase subunit mbhL  35.85 
 
 
406 aa  248  1e-64  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.105572  normal  0.5876 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  36.91 
 
 
414 aa  247  2e-64  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  37.25 
 
 
571 aa  247  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.74 
 
 
571 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  37.25 
 
 
571 aa  246  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  37.25 
 
 
571 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  37.78 
 
 
569 aa  244  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  37.36 
 
 
359 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  37.22 
 
 
576 aa  242  7e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  37.22 
 
 
576 aa  242  7e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  37.22 
 
 
569 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  37.22 
 
 
569 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  37.22 
 
 
569 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  37.22 
 
 
569 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  37.22 
 
 
569 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  37.22 
 
 
569 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  37.22 
 
 
569 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  37.22 
 
 
569 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  37.22 
 
 
569 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  37.22 
 
 
569 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  37.22 
 
 
569 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  37.22 
 
 
569 aa  241  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  36.69 
 
 
571 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  36.03 
 
 
362 aa  236  5.0000000000000005e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  36.36 
 
 
576 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.93 
 
 
578 aa  230  3e-59  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0926  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, D subunit  34.15 
 
 
367 aa  228  1e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_797  NADH:quinone oxidoreductase 49 kD subunit 7  34.16 
 
 
367 aa  228  1e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  36.21 
 
 
578 aa  227  2e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.64 
 
 
579 aa  228  2e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1184  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.28 
 
 
362 aa  225  9e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.721029  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0371  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.59 
 
 
378 aa  224  1e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0810  NADH dehydrogenase I, D subunit  33.61 
 
 
367 aa  225  1e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1289  NADH dehydrogenase I, D subunit  36.29 
 
 
381 aa  224  1e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.950756 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  34.63 
 
 
362 aa  222  6e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  35.29 
 
 
555 aa  222  7e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.29 
 
 
555 aa  222  7e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  35.29 
 
 
555 aa  222  7e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.29 
 
 
555 aa  222  7e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1541  NADH dehydrogenase I, D subunit  34.73 
 
 
400 aa  222  9e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1631  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.82 
 
 
358 aa  221  9.999999999999999e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3409  F420H2 dehydrogenase subunit D  32.32 
 
 
374 aa  219  5e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.170957  normal  0.90197 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  35.01 
 
 
555 aa  219  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  34.62 
 
 
582 aa  219  7e-56  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1294  F420H2 dehydrogenase subunit D  32.07 
 
 
374 aa  218  8.999999999999998e-56  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.196635  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  35.18 
 
 
362 aa  218  1e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3620  NADH dehydrogenase I, D subunit  33.77 
 
 
404 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.761398  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1052  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.07 
 
 
390 aa  217  2e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.718525  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0773  NADH dehydrogenase (quinone)  34.08 
 
 
378 aa  211  2e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.597938  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1628  NADH dehydrogenase I, D subunit  35.42 
 
 
369 aa  211  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.963572  normal  0.66391 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4241  NADH dehydrogenase I, D subunit  33.5 
 
 
390 aa  210  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0411944  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4983  NADH dehydrogenase (quinone)  35.25 
 
 
370 aa  208  9e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0173613  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0707  NADH dehydrogenase (quinone)  33.61 
 
 
375 aa  208  1e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0116  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.61 
 
 
376 aa  208  2e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0757  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  33.07 
 
 
571 aa  207  2e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000017258  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1614  NADH dehydrogenase I, D subunit  32.38 
 
 
414 aa  207  2e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1211  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
375 aa  206  6e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1208  NADH dehydrogenase subunit D  34.73 
 
 
367 aa  206  7e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000066562  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0341  NADH dehydrogenase I, D subunit  32.23 
 
 
390 aa  205  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0211499  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2105  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  33.43 
 
 
361 aa  205  1e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1662  NADH dehydrogenase I, D subunit  32.3 
 
 
383 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>